Содержание

Как правильно оформить приказ о снятии доплаты за интенсивность

Если Вам необходима помощь справочно-правового характера (у Вас сложный случай, и Вы не знаете как оформить документы, в МФЦ необоснованно требуют дополнительные бумаги и справки или вовсе отказывают), то мы предлагаем бесплатную юридическую консультацию:

  • Для жителей Москвы и МО - +7 (499) 110-86-37
  • Санкт-Петербург и Лен. область - +7 (812) 426-14-07 Доб. 366

Иногда работодатели считают нужным выплачивать своим сотрудникам сверх зарплаты дополнительные средства, чтобы поощрить их за хорошую работу или что-либо компенсировать.

Само название надбавки свидетельствует о том, что он назначается не всем, а только конкретным работникам по определенным показателям. Проясним, на каком основании может устанавливаться персональная надбавка, каким категориям работников она вообще не положена, как правильно оформить ее, а если потребуется, отменить. Входящая в состав заработной платы, отраженная в трудовом договоре или допсоглашении к нему надбавка является общей для всего персонала при наступлении определенных условий, например, за работу в некоторых климатических зонах, за вахтовый труд и др. Если же назначать надбавку работодатель не обязан, но он делает это для отдельных сотрудников в индивидуальном порядке, отражая условия назначения в специальном Положении, колдоговоре или другом локальном акте, такая выплата и будет персональной надбавкой. Право назначать такие выплаты работодателем предоставляет ст.

Приказ о надбавке к заработной плате является важным первичным документом в сфере мотивационного управления персоналом организации.

Здесь только оговаривается, что размер выплат ограничен экономией фонда заработной платы незанятой ставки и устанавливается по согласию сторон. Основанием для завершения совмещения могут служить:. Особенности процедуры отмены Процедура отмены совмещений сильно зависит от документального оформления этих отношений. Если совмещение представляет собой срочные отношения, то по истечении срока процедура завершается автоматически и никакого приказа выпускать не нужно.

Как правильно оформить приказ о снятии доплаты за интенсивность

Иногда работодатели считают нужным выплачивать своим сотрудникам сверх зарплаты дополнительные средства, чтобы поощрить их за хорошую работу или что-либо компенсировать. Само название надбавки свидетельствует о том, что он назначается не всем, а только конкретным работникам по определенным показателям.

Проясним, на каком основании может устанавливаться персональная надбавка, каким категориям работников она вообще не положена, как правильно оформить ее, а если потребуется, отменить.

Входящая в состав заработной платы, отраженная в трудовом договоре или допсоглашении к нему надбавка является общей для всего персонала при наступлении определенных условий, например, за работу в некоторых климатических зонах, за вахтовый труд и др. Если же назначать надбавку работодатель не обязан, но он делает это для отдельных сотрудников в индивидуальном порядке, отражая условия назначения в специальном Положении, колдоговоре или другом локальном акте, такая выплата и будет персональной надбавкой.

Право назначать такие выплаты работодателем предоставляет ст. В каких случаях работодателю может понадобиться механизм персональных надбавок? Для этого нужно регламентировать персональную надбавку в коллективном договоре или в Положении об оплате труда и обязательно сослаться на этот документ в тексте трудового соглашения ст.

Единственное, что может служить минусом для нанимателя в такой ситуации, — это то, что необоснованные выплаты не получится отнести на расходы, снижающие налоговую базу. Как еще можно оформить выплату персональной надбавки, если не проводить ее отдельным документом? Это может быть нужно, когда характер выплат не систематический, а разовый или рассчитан на определенный период.

В таком случае целесообразно составить служебную записку ходатайство от непосредственного руководства более высокому, имеющему правомочность назначать надбавку. Такого рода документом можно просить о назначении, увеличении, снижении, продлении или отмене персональной выплаты. Составленная служебная записка, завизированная руководством, станет основанием для подготовки приказа о начислении надбавки. Важно грамотно мотивировать назначение дополнительных выплат, поскольку их целесообразность с производственной или экономической точки зрения является гарантией отнесения этих затрат на себестоимость продукции, что очень строго проверяется налоговиками.

После издания приказа о назначении надбавки работник должен быть ознакомлен с ним, что подтверждается личной визой эта процедура обычна для любых приказов. Как и установка, отмена или изменение персональной надбавки происходят по приказу руководства. Работодатель не обязан информировать персонал о мотивах назначения персональных надбавок и их суммах, но если он собирается прекратить эти выплаты, лучше предупредить об этом заранее.

Обратилась в суд с иском к обществу с ограниченной ответственностью [данные изъяты о взыскании доплаты за совмещение должностей. Если эти варианты не подойдут, оформите совмещение должностей. Есть приказы о доплате за исполнение обязанностей лаборанта на 0, 5 ставки. У Вас установлена доплата за совмещение должностей в размере 30 от должностного оклада по основному.

Приказ о совмещении должностей образец года должен содержать 5 обязательных элементов и может быть издан с соблюдением нескольких обязательных. При совмещении должностей работнику статья ТК РФ по соглашению сторон. Размер доплаты за работу по совмещению профессий должностей. Трудовой деятельности, а также условия размера доплаты за расширение функциональных обязанностей.

Приказ о снятии доплаты за совмещение в связи с прекращением выполнения. Образец приказа о привлечении к совмещении профессий должности. Необходимо отметить, что унифицированной формы приказа о приеме по совместительству нет, поэтому при его.

Оплата труда при совмещении профессий должностей, расширении зон обслуживания, увеличении объема работы или исполнении. Установить доплату за совмещение должностей в размерах, предусмотренных Положением об.

Приказ о совмещении должностей: вариант составления. Условие о совмещении профессий должностей и размере доплат. Кадровая документация, практика разрешения конфликтных ситуаций и многое другое. За совмещение должностей ей была установлена доплата в размере 50 процентов от должностного оклада по замещаемой. На основании заключенного дополнительного соглашения необходимо издать приказ о совмещении должностей. Приказ о компенсационных доплатах за неблагоприятные условия труда и условия, отклоняющиеся от нормальных.

Доплаты за совмещение должностей, поручаемая работнику дополнительная работа по такой же профессии должности. Уважаемые пользователи, уведомляем о пополнении базы образцов следующими гражданско-правовыми. Подскажите пожалуйста, как лучше отменить совмещение должностей?

На основании указанных изменений и дополнений работодатель издает соответствующий приказ о совмещении должностей. Доверие нпф официальный отзывы. Как получить логин и пароль для электронного дневника на госуслугах.

Служебное время сотрудника овд. Решение цб по коллективным договорам страхования. Договор сдачи автомобиля в аренду в такси. Бесплатная горячая линия. Приказ о снятии доплаты за интенсивность Иногда работодатели считают нужным выплачивать своим сотрудникам сверх зарплаты дополнительные средства, чтобы поощрить их за хорошую работу или что-либо компенсировать.

Содержание Приказ о снятии доплаты за совмещение Приказ об отмене доплаты образец - Проекты приказов - Каталог образцов. Доплата за интенсивность труда Приказ о снятии доплаты. Персональная надбавка к окладу. Размер доплаты за выполнение дополнительных обязанностей. При таковских причинах суд находит требования истицы о взыскании с ответчика доплаты за работу на. Заявления не предусмотрены оформляется двухсторонним соглашением о совмещении и приказом на доплату за.

Время приезда аварийной службы Ваш разговор с диспетчером записывается на ПК, фиксируется Когда берется налог с продажи квартиры Тем не менее, в налоговом законодательстве по-прежнему За три последние года В России часто бывает, что один из родителей поднимает Распределение по группам в вузе Первым шагом к успешному решению задачи по выбору правильной Оклады военнослужащих по должности Профессиональные квалификационные группы общеотраслевых Свежие статьи Отказ от мощности в пользу сетевой организации Кружок в доу танцевальный Исковое заявление на взыскание задолженности за коммунальные услуги В россии никто не может быть принужден к определению Увольнение по собственному желанию беременной женщины до декрета Сроки внесения изменений в план график по 44 фз.

Популярные статьи Доверие нпф официальный отзывы Как получить логин и пароль для электронного дневника на госуслугах Служебное время сотрудника овд Решение цб по коллективным договорам страхования Договор сдачи автомобиля в аренду в такси.

Топ юристов.

Выплаты за интенсивность

В апреле был издан приказ на установление надбавки за интенсивность и напряженность труда работникам на 2 квартал. В апреле надбавку выплатили, а на май и июнь из-за отсутствия средств выплата невозможна. Издать приказ о внесении изменения в приказ об установлении надбавок? У нас в колдоговоре прописано, что работникам может устанавливаться надбавка за интенсивность и напряженность труда. В допсоглашениях с работниками прописано, что надбавка за интенсивность и напряженность труда устанавливается на основании приказа директора.

Приказ о снятии надбавки за интенсивность

В случае согласия работника на дополнительный труд оформляется доп. В нем нужно указать: в чем заключается допработа, ее содержание и период, в который придется ее выполнять; размер доплаты; срок, в течение которого гражданин будет трудится на новых условиях. На основе заключенного соглашения работодателем будет издан приказ о временном исполнении дополнительных обязанностей, с которым сотрудника следует ознакомить под подпись. Ниже представлен образец приказа для доплаты за увеличение объема работы. Данные о совмещении профессий, увеличении объема работ, исполнении обязанностей временно отсутствующего сотрудника без освобождения от основной работы в трудовую книжку вносить не требуется.

Приказ о надбавке к заработной плате

Как оформить приказ на доплату Приказ о сезонности работы и как указать надбавку к зарплате в сезон Четкие определения этих определений и правил их внедрения целенаправлено закреплять локальными нормативно-правовыми актами определенного нанимателя. В ином случае, возникает риск судебного оспаривания внедрения либо не внедрения той либо другой выплаты в каждом определенном случае. Главные понятия и определения, используемые при организации оплаты труда работников, закреплены в ст. Исходя из данных определений тарифная ставка, как и оклад должностной оклад имеют фиксированный размер оплаты труда. Дорогие читатели! Наши статьи рассказывают о типовых способах решения юридических вопросов, но каждый случай носит уникальный характер. Если вы хотите узнать, как решить именно Вашу проблему - обращайтесь в форму онлайн-консультанта справа или звоните по телефонам, представленным на сайте. Это быстро и бесплатно! Как исправить допущенные ошибки Образцы приказов о снятии расширения зоны обслуживания в рб Налоговая нагрузка и рентабельность: ФНС обновила межотраслевые показатели Налоговая служба опубликовала обновленные сведения, при помощи которых организации и ИП могут оценить свои налоговые риски. Далее идет формулировка приказа.

Приказ о снятии доплаты за интенсивность

Сверхурочная работа работа, выполняемая работником по инициативе работодателя за пределами установленной для работника продолжительности рабочего времени оплачивается в двойном размере. Руководитель подразделения может поручить работнику, с его письменного согласия, индивидуальное задание в следующих случаях:. В случае временного отсутствия операторов, аппаратчиков основного и вспомогательного производств индивидуальное задание выдается замещающим их работникам независимо от периода отсутствия;. Данная доплата устанавливается, начиная с 1-го рабочего дня отсутствия работника на рабочем месте. Размер доплаты определяется по соглашению сторон трудового договора. Дорогие читатели!

Любые сотрудники, работа которых поощряется за интенсивность и высокие результаты, будут и в дальнейшем стремиться к подобным успехам.

Бухгалтерии рассчитывать заработную плату менеджера отдела маркетинга Иванова И. Отделу кадров Громова Р. Контроль за исполнением настоящего Приказа оставляю за собой.

Образец приказа о снятии доплаты за высокие достижения

.

.

.

.

.

ВИДЕО ПО ТЕМЕ: Новое в оплате труда с 1 января 2019 г.

Образец приказ о снятии ставки — ЫАНИНО-1

Образец приказов о снятии спидометра // по замену спидометра, ола Снятия Приказ > акт акт . . . ТАРИФНО-КВАЛИФИКАЦИОННАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ФЕЛЬДШЕРА-ЛАБОРАНТА . . . Элементов крови на всех . . . План морально психологического обеспечения образец

ИНН в декларации, указывая при этом свои персональные
данные на странице 002 декларации образец приказ о снятии ставки .

Прочерк представляет собой прямую линию, проведенную посередине знакомест по всей длине поля. При наличии у налогоплательщика объектов налогообложения, находящихся на территории нескольких муниципальных образований, отнесенных к ведению одного налогового органа, в котором осуществлена постановка на учет налогоплательщика по месту нахождения транспортных средств, заполняется одна декларация. Вступил в силу запрет на курение табака в помещениях, предназначенных для предоставления услуг общественного питания. В данном пункте отражается общая сумма доходов, указанных в указывается общая сумма дохода, с которой не удержан налог налоговым агентом, отраженная в «Налоговая база» указывается налоговая база, с которой исчислен налог.

Код указывается того муниципального образования, на территории которого находилась реорганизованная организация или ее обособленные подразделения.

В случае установления льготы по транспортному налогу в виде освобождения от налогообложения сумма налоговой льготы рассчитывается как произведение налоговой базы, указанной в строке с ФНС России от 25 апреля 2014 г.  N АП-3−06/124 «Об утверждении положения об особенностях учета в налоговых органах иностранных организаций» (зарегистрирован Министерством юстиции Российской Федерации 2 июня 2000 г.  Принимает значение в соответствии с Выпиской кодов единиц измерения налоговой базы на основании общероссийского классификатора единиц измерения, приведенной в Типовой элемент.

При передаче декларации по телекоммуникационным каналам связи днем ее представления считается дата ее отправки. N 66) (далее — приказ ФНС России от 1 декабря 2006 г.  Расширение имени файла может указываться как строчными, так и прописными буквами. Российской Федерации в виде уменьшения суммы транспортного налога, подлежащей уплате в бюджет (Кодекса законами субъектов Российской Федерации по месту нахождения транспортных средств предусмотрены налоговые льготы, то во втором поле указывается основание для их использования: номер, пункт и подпункт статьи закона субъекта Российской Федерации о транспортном налоге, в соответствии с которым предоставляется соответствующая льгота (для каждой из указанных позиций отведено по 4 знакоместа, при этом заполнение второй части показателя осуществляется слева направо и если реквизит имеет меньше четырех знаков свободные знакоместа слева от значения заполняются нулями)

Образец приказов о снятии спидометра // по замену спидометра, ола Снятия Приказ > акт акт . . .

Служебная записка о досрочном снятии с раб

Российской Федерации по месту нахождения транспортных средств будут предусмотрены налоговые льготы и основания для их использования налогоплательщиками в соответствии с ФНС России от 25 апреля 2014 г.  Для иностранных физических лиц допускается при написании использование букв латинского алфавита. Порядку, во втором поле — основание для ее использования: статья, пункт и подпункт закона субъекта Российской Федерации. Для элементов, принимающих ограниченный перечень значений из классификатора (кодового словаря и тому подобного), указывается соответствующее наименование классификатора (кодового словаря и тому подобного) или приводится перечень возможных значений. N БГ-3−09/178) или согласно Свидетельству о постановке на учет российской организации в налоговом органе по месту
нахождения на территории Российской Федерации по форме N 1−1-Учет,
утвержденной приказом ФНС России от 1 декабря 2006 г.  До этого я часто пользовалась, находящимися в открытом доступе материалами сайта www. N САЭ-3−09/[email protected]), или согласно Свидетельству о постановке на учет российской организации в налоговом органе по месту ее нахождения по Федеральной налоговой службы от 11 августа 2011 г.

 N САЭ-3−09/[email protected], или согласно Свидетельству о постановке на учет российской организации в налоговом органе по месту ее нахождения по 3. При заполнении показателя «Код по ОКТМО», под который отводится одиннадцать знакомест, свободные знакоместа справа от значения кода в случае, если код ОКТМО имеет восемь знаков, не подлежат заполнению дополнительными символами (заполняются прочерками). Мне очень понравилось удобное содержание ваших журналов, которое не только даёт конкретную информацию, но и составлено в виде разъяснения по проблемным вопросам и обзора типичных ошибок. Спасибо всем, кто трудился для нас!!! Слава редакции «Пакета Кадровика».

Работник работал в рамках времени, установленного Правилами внутреннего трудового распорядка, на которые ссылался трудовой договор по совместительству, но фактически это было в рабочее время, установленное для основной работы. Общая сумма вычетов, относящихся к этому доходу, не должна превышать сумму дохода. Справки представляются налоговыми агентами по каждому физическому лицу, получившему доходы от данного налогового агента. Санкт-Петербург) Вы знаете, бывает такое: видишь какую-то вещь и не можешь оторвать взгляда. Проставляется личная подпись руководителя организации, заверяемая печатью организации, и дата подписания; 3

Образец приказ о снятии ставки - Фондовый рынок обучение курсы новости р

При заполнении Справки с признаком 2 «Сумма налога, излишне удержанная налоговым агентом» указывается сумма налога, излишне удержанная у налогоплательщика налоговым агентом. Порядок заполнения Раздела 1 «Сумма транспортного налога, подлежащая уплате в бюджет» 4. Книги быстро устаревают, журналы и семинары очень дорого обходятся, а в инете не все найдешь.

В комплексных программах Бухсофт Предприятие, Бухсофт Упрощенная система и Бухсофт Предприниматель, а также системе Бухсофт Онлайн можно сформировать файл электронной отчетности единой (упрощенной) декларации в данном формате. К вышеперечисленным признакам обязательности элемента может добавляться значение «У» в случае описания в XML схеме условий, предъявляемых к элементу в файле обмена, описанных в графе «Дополнительная информация». N ГБ-3−12/309 «Об утверждении порядка и условий присвоения, применения, а также изменения идентификационного номера налогоплательщика и форм документов, используемых при учете в налоговом органе юридических и физических лиц» (зарегистрирован Министерством юстиции Российской Федерации 22 декабря 1998 г.  Начнем с того, что совместительство и совмещение — понятия, которые употребляются только применительно к трудовой отрасли права. Декларация заполняется шариковой или перьевой ручкой с чернилами
черного либо синего цвета. Стандартные налоговые вычеты, имущественный налоговый вычет, а также социальный налоговый вычет в данном разделе не отражаются. Кодекса по соответствующему налогу, по которому представляется декларация; 9) налоговые (отчетные) периоды по налогам (авансовым платежам), по которым представляется декларация, а также номер квартала: а) для налога, налоговый период по которому установлен как квартал,
при заполнении декларации в графе 3 «Налоговый (отчетный) период» в соответствующей ячейке указывается значение налогового периода «3″. Спасибо Вам за работу! Получила сегодня посылку с книжной продукцией. N САЭ-3−09/[email protected]), или согласно Свидетельству о постановке на учет российской организации в налоговом органе по месту ее нахождения по Федеральной налоговой службы от 11 августа 2011 г.  ИНН в декларации, указывая при этом свои персональные
данные на странице 002 декларации.

Важно Образец приказ о снятии ставки: Оценка: 70 / 100 Всего: 8 оценок.

Приказ о снятии 0 5 ставки

09.07.2019 в 00:09 97 Автор: Gardalar

Исходя из изложенного, если работа по совместительству выполняется в свободное от основной работы время, то работа на условиях совмещения выполняется в пределах рабочего времени — следовательно, в табеле учета рабочего времени дополнительным образом не отражается. И если за работу на условиях совместительства выплачивается заработная плата, то за работу на условиях совмещения устанавливается доплата.

Когда при проверках соблюдения трудового законодательства государственными инспекторами труда исследуется данный вопрос, зачастую возникает проблема в толковании предоставленных документов: Или наоборот: А табель ведется один, заработная плата выплачивается одна, при этом установлена доплата за совмещение, хотя фактически имеют место признаки работы на условиях совместительства, так как вторая работа сторож выполняется в свободное от основной работы время.

За совмещение устанавливается доплата, размер которой, в соответствии со ст.

Доплата эта является лишь частью заработной платы, но не заработной платой в полном объеме. Приказ о снятии доплаты за совмещение в связи с прекращением выполнения дополнительных обязанностей. Что скажет практика? Рассмотрим несколько ситуаций, возникших у разных работодателей на практике. Совмещение или совместительство? Работник принят на должность младшего научного сотрудника.

Правильный приказ о переводе сотрудника на 0.5 ставки в 2019 году

С ним заключен трудовой договор, в соответствии с которым работнику установлен объем работы на 1,5 ставки. На основании трудового договора издан приказ о приеме на работу, согласно которому работник принят в государственное учреждение на должность младшего научного сотрудника на 1 ставку и 0,5 ставки совместителя. В то же время трудового договора о работе по совместительству с работником не заключалось. При этом фактически работник выполнял работу в пределах нормы рабочего времени, на него велся один табель рабочего времени, что является признаками работы на условиях совмещения, а не совместительства.

Приказом на основании личного заявления работника доплата в размере 0,5 ставки была отменена. В данной ситуации возникает спор: С одной стороны, в приказе о приеме на работу содержится прямое указание на то, что работа в размере 0,5 ставки является совместительством. С другой стороны, отсутствие второго приказа для работы по совместительству о приеме на работу, отсутствие трудового договора о работе по совместительству, фактическое выполнение работником работы в пределах рабочего времени свидетельствуют о том, что работа выполнялась на условиях совмещения.

Представляется необходимым, чтобы в данном вопросе стороны привели документы в надлежащий вид, решив вопрос, на каких условиях выполняется дополнительная работа.

Склоняемся к тому, что дополнительная работа в данном случае выполняется на условиях совмещения, поскольку происходит в рамках одного рабочего времени, за что работнику начислялась не заработная плата, а доплата в программа по ставкам на теннис 0,5 ставки. Основная работа или совместительство? Не менее запутанной оказалась ситуация в другом бюджетном учреждении — школе.

Работница принята на работу в школу на должность завуча, согласно трудовому договору от г. В соответствии с данным трудовым договором данная работа является основной. В г. При этом в нарушение ст. Таким образом, с по г.

Данный факт подтверждается и расчетными листами, ее тарификацией за соответствующие годы, из которых следует, что на работницу возлагалась нагрузка в объеме ставки на теннис тотал по сетам ставки и заработная плата начислялась в таком же объеме.

Учитывая, что фактически стороны на таких условиях продолжали трудовые отношения 3 года, можно говорить о том, что именно на таких условиях эти отношения сложились, хотя и не были приведены надлежащим образом в соответствие с законом. В это же время по договоренности с работодателем работница начинает вести уроки в 10—11 классах в объеме, соответствующем ставке заработной платы учителя средних общеобразовательных школ — 18 часов в неделю, для этого с ней оформляется трудовой договор по совместительству.

Данное изменение условий трудового договора работница — также в установленном законом порядке — не обжаловала. Стороны продолжали трудовые отношения на таких условиях еще год. Полагаем, что это может быть расценено как устное согласие работника на изменение условий трудового договора, которые опять же в нарушение закона надлежащим образом оформлены не. При этом работница продолжала вести уроки в объеме 18 часов в неделю.

Наконец в сентябре г. Работодатель мотивировал это тем, что работница не справляется с трудовой функцией завуча, своевременно не составила школьное расписание, не оформила еще ряд необходимых методических документов. Но в этот раз работница на приказе написала, что с данным приказом не согласна, и работодатель был вынужден возвратить первоначальное положение: Что в результате мы имеем?

Изначально нагрузка по основной работе уменьшена с объема ставки заработной платы до 0,25 ставки заработной платы. Обстоятельства позволяют говорить о том, что фактически обе стороны на это согласны, никто изменений трудовых отношений не обжаловал, на этих условиях стороны работали длительное время.

Если бы работодатель снял и последние 0,25 ставки, то работой по основному месту работы работница обеспечена бы не была в нарушение ст. Фактически трудовые отношения по основной работе прекратились бы, но, зная предыдущее развитие истории, можно с уверенностью предположить, что надлежащим образом это опять никто бы не оформил.

Приказ на снятие 0 25 с 1 ставки воспитателя

Кроме этого, в конечном итоге стороны пришли к тому, что в настоящее время основная работа в должности завуча у работницы сложилась в объеме 0,25 ставки, а работа по совместительству в должности учителя — в количестве часов, соответствующем ставке заработной платы учителя средней общеобразовательной школы.

И это при данных условиях позволяет говорить о подмене видов трудовых договоров: Логичнее было бы еще в году привести фактически сложившиеся условия трудовых отношений в надлежащий вид: Работник принят грузчиком к работодателю и по основному месту работы, и по совместительству.

В трудовом договоре по совместительству указано, что режим рабочего времени работнику устанавливается в соответствии с Правилами внутреннего трудового распорядка, в которых, в свою очередь, имелось условие о пятидневной рабочей неделе работников предприятия с В то же время, согласно ст.

Таким образом, не ясно, в какое именно время должен был работать работник, если при работе по совместительству для него начинался рабочий день, когда он оканчивался. Фактически работник работал с Затем работодатель оформил актом невыход работника на работу со дня заключения трудового договора по совместительству и аннулировал трудовой договор по совместительству. А было это сделано для того, чтобы не оплачивать больничный лист: Работник работал в рамках времени, установленного Правилами внутреннего трудового распорядка, на которые ссылался трудовой договор по совместительству, но фактически это было в рабочее время, установленное для основной работы.

Если предположить, что работник выполнял эту работу на условиях совмещения в основное рабочее времяа не на условиях совместительства за пределами рабочего временито тогда ему следовало платить доплату за совмещение, которая бы вошла в средний заработок работника при его исчислении. Однако и этого сделано не. В то же время из условия трудового договора по совместительству не было ясно, в какое время работнику выходить на работу по совместительству, и он выходил на нее в соответствии с Правилами внутреннего трудового распорядка.

Добавим, что в суде первой инстанции работник не смог доказать факта работы по совместительству. Данный документ может быть подготовлен по инициативе любой из сторон трудовых отношений. Приказ о переводе на полставки, образец скачать Для перемещения сотрудника на неполный рабочий день необходимы следующие документы: Как оформляется Распоряжение оформляется в произвольной форме.

Структура документа следующая:. В любом случае от вашего экономиста нужно заявление-либо оснятии совмещения, либо об увольнении с совместительства. Идет отправка уведомления… от тяжелой работы еще никто не умирал. Это верно. Но зачем рисковать? Незабудка [e- Оклад складывался суммированием оклада за кадровика и экономиста.

Я хочу обратить внимание модератора на это сообщение, потому что: Идет отправка уведомления… Незабудка [e- Заявление от этого работника ,как я поняла, не обязательно. Идет отправка уведомления… GOA [e- Заявление от этого работника ,как я поняла, не обязательно. Chiardi [e- Неполное программы ставки на теннис время По соглашению между работником и нанимателем могут устанавливаться как при приеме на работу, так и впоследствии неполный рабочий день или неполная рабочая неделя.

Узнайте. Пример уведомления: Процесс оплаты за совмещение обычно выполняется по основному месту работы в рамках времени, затраченного на выполнение обязанностей. Величина доплаты должна быть отражена как в дополнительном соглашении, так и в приказе. В некоторых компаниях существует единый порядок дополнительных выплат, оговоренный в нормативном документе, в таком случае в приказе можно сделать ссылку на такой документ.

Чтобы снять оплату с работника, необходимо указать данное положение либо в тексте приказа о снятии совмещения должностей, либо в отдельном приказе.

Процедура совмещений очень востребована на производстве, ведь она взаимовыгодна обеим сторонам: Горячая линия юридической помощи.

Menu Skip to content.

Как снимается совмещение: особенности оформления приказа

Если вы хотите узнать, как решить именно Вашу проблему - обращайтесь к консультанту: Как производится увольнение по срочному трудовому договору? Узнайте из нашей статьи.

Как правильно составить приказ о совмещении должностей?

Замена объектов выравнивания - моделирование инфраструктуры DevBlog

Во время одного из моих тренингов по API возник вопрос: можно ли заменить объект выравнивания, скажем, дугу, на спираль-кривая-спираль? Это может быть интересно, если мы хотим «проверить» соответствие некоторым локализованным стандартам.

Объект выравнивания Civil 3D .NET API имеет свойство Entities, которое можно перечислить, но это может не возвращать элементы в правильном порядке. Поэтому нам нужно использовать его метод GetEntityByOrder .Кроме того, поскольку список не индексируется в соответствии с его логическим порядком, мы должны использовать правильное переопределение Remove , которое получает объект (а не индекс).

Следующий код демонстрирует основную идею: он выполняет поиск объектов Arc с радиусом меньше 600 и заменяет его на Spiral-Curve-Spiral.

Private Sub ValidadeAlignment (ByVal align As Alignment)

'пройти через объекты выравнивания

' в соответствии с порядком

Dim entCount As Integer = align.Entities.Count

For i As Integer = 0 To entCount - 1

'доступ к каждому сегменту выравнивания

Dim alignEnt As AlignmentEntity = _

align.Entities.GetEntityByOrder (i)

в этом примере

, мы ищем простые объекты дуги

', которые нужно заменить

Выберите Case alignEnt.EntityType

Case AlignmentEntityType.Arc

', пониженное до Align Тип дуги

Dim arcEnt As AlignmentArc = alignEnt

' в этом примере, давайте сосредоточимся на

'дугах с радиусом меньше 600

If (arcEnt.Radius <600) Затем

'поскольку объект будет удален,

' нам нужно сохранить его данные сейчас

Dim previousEnt As Integer = arcEnt.EntityBefore

Dim nextEnt As Integer = arcEnt.EntityAfter

Dim radius As Double = arcEnt.Radius

'ok, теперь удалите объект

align.Entities.Remove (arcEnt)

и замените

'

с

'объект SCS (спираль-кривая-спираль),

' сначала нам нужно вычислить параметры

'спиралей, но давайте предположим здесь значение

Dim spiral1Param As Double = 20

Dim spiral2Param Как Double = 20

'и обратите внимание, что здесь используются как предыдущие, так и следующие

' сущности

align.Сущности. _

AddFreeSCS (previousEnt, _

nextEnt, _

spiral1Param, _

spiral2Param, _

SpiralParamType.Length, _

radius, _

Spiral End, _)

End Select

Next

End Sub

Кажется, мы не можем найти эту страницу

(* {{l10n_strings.REQUIRED_FIELD}})

{{l10n_strings.CREATE_NEW_COLLECTION}} *

{{l10n_strings.ADD_COLLECTION_DESCRIPTION}}

{{l10n_strings.COLLECTION_DESCRIPTION}} {{addToCollection.description.length}} / 500 {{l10n_strings.TAGS}} {{$ item}} {{l10n_strings.ПРОДУКТЫ}} {{l10n_strings.DRAG_TEXT}}

{{l10n_strings.DRAG_TEXT_HELP}}

{{l10n_strings.LANGUAGE}} {{$ select.selected.display}}

{{article.content_lang.display}}

{{l10n_strings.AUTHOR}}

{{l10n_strings.AUTHOR_TOOLTIP_TEXT}}

{{$ select.selected.display}} {{l10n_strings.CREATE_AND_ADD_TO_COLLECTION_MODAL_BUTTON}} {{l10n_strings.CREATE_A_COLLECTION_ERROR}}

Справка и документация Clustal Omega - Инструменты анализа последовательности диспетчера заданий

Clustal Omega - это программа множественного выравнивания последовательностей, которая использует засеянные направляющие деревья и методы профиля профиля HMM для генерации выравниваний между тремя или более последовательностями .Он производит биологически значимое множественное выравнивание последовательностей расходящихся последовательностей. Эволюционные отношения можно увидеть, просмотрев кладограммы или филограммы.

Официальный веб-сайт

Веб-сайт Clustal Omega

Загрузить программное обеспечение

HTTP Загрузить

Важное примечание

  • Это НЕ инструмент для попарного выравнивания. Для выравнивания двух последовательностей выберите услугу в разделе инструментов попарного выравнивания.

  • В настоящее время существует ограничение в 4000 последовательностей или максимальный размер файла 4 МБ данных.

  • Алгоритмы инструмента MSA НЕ предназначены для создания карт синтении генома .
  • Мы убедительно просим всех пользователей веб-сервисов EMBL-EBI отправлять заказы на инструмент партиями , не более 30 за один раз , и не отправлять больше, пока не будут получены результаты и обработка. Убедитесь, что указан действующий адрес электронной почты. Чрезмерное использование определенного ресурса будет рассматриваться в соответствии с Условиями использования EMBL-EBI.Пожалуйста, свяжитесь с нами, если вам нужна дополнительная информация.

Доступ к Clustal Omega можно получить через

Веб-форму

Веб-интерфейс для Clustal Omega доступен по адресу: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

Как использовать инструмент

Запуск инструмента из веб-формы - это простой процесс, состоящий из нескольких шагов, начиная с верхней части страницы и следуя шагам вниз.

У каждого инструмента есть как минимум 2 шага, но у большинства из них больше:

  • На первых шагах обычно пользователь устанавливает ввод инструмента (например.г. последовательности, базы данных ...)
  • На следующих этапах пользователь имеет возможность изменить параметры инструмента по умолчанию
  • И, наконец, последний этап - это всегда этап отправки инструмента, где пользователь может указать название, которое будет связано с результатами и адресом электронной почты для уведомления по электронной почте. Использование кнопки отправки эффективно отправит информацию, указанную ранее в форме для запуска инструмента на сервере

Обратите внимание, что параметры проверяются до запуска инструмента на сервере и в случае отсутствия или неправильной комбинации параметров , пользователь получит уведомление прямо в форме.

Шаг 1 - Последовательность
Окно ввода последовательности

Три или более последовательностей, которые необходимо выровнять, можно ввести непосредственно в это поле. Последовательности могут быть в формате GCG, FASTA, EMBL (только нуклеотид), GenBank, PIR / NBRF, PHYLIP или UniProtKB / Swiss-Prot (только для белка). (См. Примеры форматов ввода). Частично отформатированные последовательности не принимаются. Добавление возврата в конец последовательности может помочь некоторым приложениям понять ввод. Обратите внимание, что прямое использование данных из текстовых процессоров может привести к непредсказуемым результатам, поскольку могут присутствовать скрытые / управляющие символы.

Загрузка файла последовательности

Можно загрузить файл, содержащий три или более действительных последовательности в любом формате (GCG, FASTA, EMBL (только нуклеотид), GenBank, PIR, NBRF, PHYLIP или UniProtKB / Swiss-Prot (только для белка)). и используется в качестве входных данных для множественного выравнивания последовательностей. (См. Примеры форматов ввода). Файлы текстового процессора могут давать непредсказуемые результаты, поскольку в файлах могут присутствовать скрытые / управляющие символы. Лучше всего сохранять файлы с опцией формата Unix, чтобы избежать скрытых символов Windows.

Тип последовательности

Определяет тип выравниваемых последовательностей

9023 9023 днк 9023 9
Тип Значение
БЕЛК белок
ДНК
Шаг 2 - Установите параметры
Отменить выравнивание входных последовательностей

Удалите все существующие выравнивания (пробелы) из входных последовательностей.

истинное значение значение по умолчанию : no [false]

Выходной формат выравнивания

Формат для сгенерированного множественного выравнивания последовательностей. (См. Примеры форматов вывода).

Заказ Описание Сокращение
нет Включить де-выравнивание входных последовательностей ложь
да
9023 STOK 9023 9023 9023 STOK, 9023 STOK, формат 9023 9023 9023 29
Заказ Описание Сокращение
ClustalW с подсчетом символов

Формат выравнивания Clustal с нумерацией оснований / остатков

clustal_num clustal_num 9022 нумерация остатков clustal
Pearson / FASTA Pearson or FASTA sequence format fa
MSF Multiple Sequence File (MSF) format alignment format USS 9023 9023 NEX8 MSF 9023 9023 9023 NEX834 MSF 9023 формат выравнивания nexus
PHYLIP PHYLIP, формат выравнивания с чередованием phylip
SELEX Формат выравнивания SELEX selex
VIENNA VIENNA формат выравнивания vienna

Значение по умолчанию: ClustalW с количеством символов [clustal_num]

mBed-like Clustering Guide-tree

Этот параметр затем использует образец входных последовательностей. все последовательности в качестве векторов к этим последовательностям, что позволяет гораздо быстрее генерировать направляющее дерево, особенно когда количество последовательностей велико.

Порядок Описание Сокращение
да Включить дерево направляющих кластеризации в стиле mbed true
нет 9023 9023 9015 значение по умолчанию 9015 is: yes [true]

Итерация кластеризации типа mBed

Использовать кластеризацию типа mBed во время последующих итераций.

Заказ Описание Аббревиатура
да Включить итерацию кластеризации, подобную mbed true
нет
false да [верно]

Количество комбинированных итераций

Количество итераций (комбинированное дерево направляющих / HMM).Значения 0-5.

Значение по умолчанию: default (0) [0]

Максимальное количество итераций направляющего дерева

После установки количества объединенных итераций этот параметр можно изменить, чтобы ограничить количество итераций направляющего дерева в объединенных итерациях. Значения - 1 (выкл.) Или 1-5.

Значение по умолчанию: default [-1]

Макс. Количество итераций HMM

Установив количество объединенных итераций, этот параметр можно изменить, чтобы ограничить количество итераций HMM в объединенных итерациях.Значения - 1 (выкл.) Или 1-5.

Значение по умолчанию: default [-1]

Порядок

Порядок, в котором последовательности появляются при окончательном выравнивании

выравнивание
Порядок Описание Сокращение
выровнено выровнено
ввод Порядок ввода сохраняется ввод

Значение по умолчанию: выровнено

Шаг 3 - Отправка
Название задания

Инструмент можно определить дав ему имя.Это имя будет связано с результатами и может появиться в некоторых графических представлениях результатов.

Уведомление по электронной почте

Запуск инструмента обычно представляет собой интерактивный процесс, результаты доставляются непосредственно в браузер, когда становятся доступными. В зависимости от инструмента и его входных параметров это может занять довольно много времени. Можно получить уведомление по электронной почте, когда работа будет завершена, просто отметив поле «Получать уведомление по электронной почте». Электронное письмо со ссылкой на результаты будет отправлено на адрес электронной почты, указанный в соответствующем текстовом поле.Для уведомлений по электронной почте требуются действующие адреса электронной почты.

Адрес электронной почты

Если требуется уведомление по электронной почте, необходимо указать действующий адрес электронной почты в Интернете в форме [email protected] Это не требуется при интерактивном запуске инструмента (результаты будут доставлены в окно браузера, когда они будут готовы).

Top


Веб-сервисы

Веб-сервисы доступны с использованием протоколов REST и SOAP, которые обеспечивают программный доступ и позволяют их интегрировать в другие приложения и аналитические рабочие процессы и конвейеры.

Чтобы получить представление о том, как запускать эти клиенты и использовать их в рабочих процессах, см. Серию веб-семинаров.


REST API

Клиенты-примеры передачи репрезентативного состояния (REST) ​​предоставляются для ряда языков программирования. Для получения подробной информации о том, как использовать эти клиенты, загрузите клиент и запустите программу без каких-либо аргументов.

Сторонние клиенты

Сторонние клиенты могут быть загружены из списка ниже. Для получения подробной информации о том, как использовать сторонние клиенты, обращайтесь напрямую к авторам клиента.Мы не оказываем техническую поддержку сторонним клиентам.

Дополнительные сведения см. В разделах «Настройка среды для веб-служб REST» и «Примеры для страниц клиентов веб-служб Perl REST».

WADL

WADL для службы Clustal Omega (REST): http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest/clustalo?wadl

Параметры инструмента списка

902 --gtiterations H / H

Параметры

Параметр командной строки

Описание

DEALIGN INPUT SEQUENCES --dealign Enable de-alignment Максимальное количество итераций направляющего дерева
МАКСИМАЛЬНЫЕ ИТЕРАЦИИ HMM --hmmiterations Максимальное количество итераций HMM
MBED-LIKE CLUSTERING GUIDE TREE --mbed 90-mbed 90-239 дерево.
ИТЕРАЦИИ ПОДОБНОЙ КЛАСТЕРИЗАЦИИ MBED --mbediteration Включить итерацию кластеризации в стиле MBED
КОЛИЧЕСТВО КОМБИНИРОВАННЫХ ИТЕРАЦИЙ - итераций Количество (объединенных) итераций
ORDER --order Порядок, в котором последовательности появляются в окончательном выравнивании

Верхний


SOAP API

Примеры клиентов Simple Object Access Protocol (SOAP) предоставляются для ряда языки программирования.Для получения подробной информации о том, как использовать эти клиенты, загрузите клиент и запустите программу без каких-либо аргументов.

WSDL

WSDL для службы Clustal Omega (SOAP): http://www.ebi.ac.uk/Tools/services/soap/clustalo?wsdl

Списки методов

Методы Описание Аргументы Возвращает

getParameters ()

Получить список имен параметров none

getParameterDetails (parameterId)

Получить подробную информацию о конкретном параметре parameterId : идентификатор / имя параметра для получения сведений о a wsParameterDetails, описывающих его значения и параметры.
run (email, title, params)
Отправить задание в службу

email : ( обязательно ) адрес электронной почты пользователя. См. Зачем вам мой адрес электронной почты?

название : должность.По умолчанию: ””

params : ( требуется ) параметров для инструмента. Они описываются структурой данных InputParameters.

строка, содержащая идентификатор задания ( jobId ).
getStatus (jobId)
Получение статуса отправленного задания. jobId : ( требуется ) идентификатор задания.

строка, содержащая статус.

Значения статуса:


РАБОТАЕТ : задание в настоящее время обрабатывается.

ЗАВЕРШЕНО : задание завершено, и результаты можно получить.

ОШИБКА : произошла ошибка при попытке получить статус задания.

ОТКАЗ : сбой задания.

NOT_FOUND : задание не найдено.

Дополнительную информацию можно найти в разделе «Синхронный и асинхронный доступ: диспетчер заданий».

getResultTypes (jobId)

Получить доступные типы результатов для завершенного задания jobId : ( требуется ) идентификатор задания. список структур данных wsResultType, описывающих доступные типы результатов.

getResult (jobId, type, parameters)

Получить результат задания указанного типа.

jobId : ( требуется ) идентификатор задания.

тип : ( требуется ) строка, определяющая тип результата для выборки. См. GetResultTypes (jobId) для получения подробной информации о доступных типах.

параметры : необязательный список wsRawOutputParameter, используемый для предоставления дополнительных параметров для производных типов результатов.

- данные результата для указанного типа в кодировке base64. В зависимости от используемой библиотеки SOAP и языка программирования результат может быть возвращен в декодированной форме. Для некоторых типов результатов (например, изображений) это будут двоичные данные, а не текстовая строка.

Список типов данных

Входные параметры

Входные параметры для задания:

2 2 9023 9023 9023 9023 9023 9023 9023 9023 9023 выходной формат строки 9023 9023 9023

Атрибут

2 2 902 строка тип входной последовательности
guidetreeout boolean включить / отключить вывод дерева направляющих (для создания дерева направляющих необходимо, чтобы «дерево направляющих кластеризации в стиле mBed» было отключено)
dismatout boolean включить / отключить вывод матрицы расстояний (для создания матрицы расстояний необходимо, чтобы «направляющее дерево кластеризации в стиле mBed» было отключено)
dealign boolean enable / disable удаление пробелов для входных последовательностей (де-выравнивание)
mbed boolean enable / disable mBed-like clustering guide-tree
mbediteration boolean enable / disable mBed-like clustering iteration3
количество итераций
gtiterations int максимальное количество итераций дерева гильдий
hmmiterations int максимальное выравнивание HMM итераций
последовательность строка последовательности для выравнивания

Более подробную информацию о каждом параметре, включая допустимые значения, можно получить с помощью операции getParameterDetails (parameterId).

wsParameterDetails

Описательная информация о параметре инструмента. Возвращается getParameterDetails (параметрId).

Имя

Атрибут

Тип

Описание

имя строка
описание строка Описание параметра, подходящего для использования в интерфейсах справки опций.
тип строка Тип данных параметра.
значения список wsParameterValue Список допустимых значений для параметра.
wsParameterValue

Описание значения параметра инструмента. Используется в wsParameterDetails.

Атрибут

Тип

Описание

label
значение строка Строковое представление значения, передаваемого параметру инструмента.
defaultValue boolean Флаг, указывающий, является ли это значение значением по умолчанию.
properties list of wsProperty Список пар ключ / значение с дополнительной информацией.
wsProperty

Свойства значения параметра инструмента.Используется в wsParameterValue.

Атрибут

Тип

ключ строка
9019 9019 значение 9019 9019 при запросе результата. См. GetResult (jobId, тип, параметры).

03 03 9023 of2 значение типа результата.Возвращается getResultTypes (jobId).

Атрибут

Тип

имя строка
строка
86

Атрибут

Тип

Описание

идентификатор строка результат для результата Передается как , тип в getResult (jobId, тип, параметры).
метка строка Отображаемое имя для использования в пользовательских интерфейсах.
описание строка Описание типа результата для использования в интерфейсах справки.
mediaType строка MIME-тип возвращаемых данных.
fileSuffix string Предлагаемый суффикс для имени файла при записи данных на диск.

Верх


Открытый интерфейс API

https: // www.ebi.ac.uk/Tools/common/tools/help/index.html?tool=clustalo

Top


Common Workflow Language

Реализация CWL (Common Workflow Language) для использования инструментов EMBL-EBI Bioinformatics Web Services 'клиенты доступны по адресу https://github.com/ebi-wp/webservice-cwl

Для получения дополнительной информации см. страницу рабочих процессов CWL.

Top


Clustal Omega

EBI Web Services

Руководство по использованию средства просмотра множественного выравнивания

Приложение Multiple Sequence Alignment Viewer (MSA) - это веб-приложение, которое визуализирует выравнивания, созданные такими программами, как MUSCLE или CLUSTAL, включая выравнивания по результатам NCBI BLAST.Пользователи также могут загружать и просматривать свои собственные файлы центровки в формате FASTA или ASN.

Домашняя страница MSA включает ссылки на сеансы анализа образцов белка и ДНК.

Это руководство покажет вам, как загружать данные в программу просмотра MSA и выполнять основные операции, включая навигацию, установку строки привязки, скрытие строк и изменение метода окраски.

Загрузите файл данных 16SRNA_Deino_87seq.aln для этого руководства. Этот файл доступен на FTP как ftp: // ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/gbench/samples/16SRNA_Deino_87seq.aln.

Загрузка трассы

Нажмите кнопку Загрузить на домашней странице MSA, чтобы открыть диалоговое окно Загрузить данные . В столбце слева перечислены различные типы данных, которые можно загрузить в программу просмотра MSA:

  • Результаты BLAST
  • Файл данных
  • URL
  • Текст

Мы загрузим файл данных для выравнивания белков в формате FASTA, созданный с помощью программного обеспечения для выравнивания MUSCLE.Выберите файл данных и нажмите кнопку «Обзор», чтобы найти и добавить файл 16SRNA_Deino_87seq.aln. Нажмите кнопку «Загрузить» внизу, дождитесь завершения загрузки данных, а затем нажмите кнопку «Закрыть».

Подтвердите, что множественное выравнивание было загружено в программу просмотра MSA. Вы увидите панораму Panorama вверху с видом Alignment view под ней, причем первая строка представляет согласованную последовательность. Средство просмотра панорамы показывает охват и качество выравнивания.Позиции, в которых большинство последовательностей соответствует консенсусу, окрашены в серый цвет, а позиции, содержащие большую часть несовпадений, окрашены в красный цвет.

В окне Выравнивание несоответствия по умолчанию выделяются красным цветом. Пробелы обозначаются тире (-), а вставки относительно согласованной / якорной последовательности обозначаются синей скобкой (см. Ниже). Эта схема рендеринга такая же, как и в программе просмотра последовательности NCBI.

В столбце Sequence ID показаны идентификаторы последовательностей из выравнивания.Идентификаторы доступа NCBI связаны с соответствующей страницей ресурсов в базах данных NCBI SRA, Nucleotide или Protein. Виды, ассоциированные с последовательностью, указаны в столбце Organism . Примечание: информация об организме не отображается для предоставленных пользователем последовательностей без образца NCBI или для образцов NCBI, сообщаемых с диапазоном, например FJ639741: 73..10248

Примечание: для изображения на этой странице индикатор цепочки ((+) или (-)) был скрыт путем добавления параметра: & columns = s: 0 в URL-адрес.

Столбцы настройки

По умолчанию в представлении выравнивания отображаются столбцы метаданных для с идентификатором последовательности (например, присоединение к последовательности), Start и End выравнивания и Organism (название вида). Эти столбцы можно удалить и / или добавить дополнительные столбцы с помощью параметра Столбцы на панели инструментов. Эта опция открывает диалоговое окно, в котором вы можете настроить отображаемые столбцы. Необязательные столбцы могут включать Gene (символы гена для образцов RefSeq), Date (дата сбора), Country (страна сбора), Host (хозяин патогена) или Source (источник ткани).Диалоговое окно предложит столбец только в том случае, если одна или несколько последовательностей в выравнивании сообщают эти метаданные. Все дополнительные столбцы добавляются справа от трассы.

Диалоговое окно «Параметры столбцов» также предоставляет параметры для отображения столбцов, отображающих процент (%) Идентичность , процент (%) Покрытие или необработанное число Несоответствий относительно привязки или согласованной строки. Чтобы избежать путаницы в интерпретации, эти столбцы будут сообщать данные только тогда, когда отображается согласованная строка или установлена ​​строка привязки.Процент идентичности рассчитывается как количество несовпадений в строке выравнивания относительно длины выравнивания, где длина выравнивания представляет собой либо длину, определенную BLAST (для выравнивания BLAST), либо длину выровненной последовательности за вычетом любых пробелов (для всех других выравниваний). ). Процент покрытия рассчитывается как количество выровненных нуклеотидов или остатков в ряду выравнивания относительно выровненной длины якорной или согласованной последовательности.

В диалоговом окне «Настройка столбцов» также указывается ширина каждого столбца в пикселях.Пользователи могут настроить ширину столбцов, щелкнув число и изменив значение.

Повторно отсортировать строки по столбцу

Файл выравнивания или вычисление выравнивания BLAST определяет порядок строк по умолчанию в представлении выравнивания . Вы можете повторно отсортировать строки в алфавитно-цифровом порядке по данным столбца, щелкнув заголовок каждого столбца. Повторная сортировка по данным столбца может быть полезна для идентификации всех последовательностей из определенного организма, страны или типа образца (например, RefSeq).Строка согласования или привязки всегда остается верхней строкой и не будет отсортирована. Повторная сортировка строк в представлении выравнивания не повлияет на порядок строк в файле загрузки выравнивания FASTA или в диалоговом окне «Строки».

Просмотр информации о выравнивании отдельных последовательностей

Наведите курсор мыши на любую последовательность в выравнивании. Откроется всплывающая подсказка, показывающая идентификатор последовательности и дополнительную информацию о выровненной позиции.

Всплывающую подсказку можно закрепить, щелкнув значок булавки в левом углу.

Разверните строки для просмотра аннотаций последовательностей

Щелкните значок двойной стрелки справа от образца (например, NR_117835.1 и AJ585985.1 ), чтобы развернуть представление и увидеть аннотированные объекты (если есть). В приведенном здесь примере фиолетовые полосы представляют особенности РНК, а зеленые полосы - особенности генов. Обратитесь к странице легенды графического средства просмотра для получения дополнительных сведений об отображении функций в инструментах графического отображения NCBI.

Наведите курсор на объект, чтобы открыть всплывающую подсказку, содержащую информацию об аннотированном объекте.Ссылка «GenBank View» внизу всплывающей подсказки приведет вас к записи GenBank в базе данных NCBI Nucleotide или Protein. Для доступа NR_117835.1 в разделе FEATURES записи GenBank отображается одна функция рРНК (обозначенная фиолетовой полосой в представлении выравнивания MSA).

Для доступа AJ585985.1 в разделе ХАРАКТЕРИСТИКИ показаны особенности гена и рРНК (обозначены фиолетовыми и зелеными полосами в представлении выравнивания MSA).

Откройте меню «Инструменты» на панели инструментов или откройте контекстное меню, которое можно щелкнуть правой кнопкой мыши, чтобы найти параметры «Развернуть все» или «Свернуть все».Эти параметры развернут или свернут все аннотированные объекты во всех строках.

Навигация по трассе

Увеличение

Есть несколько способов увеличения или уменьшения масштаба трассы. В Panorama View выберите интересующую область, щелкнув и перетащив мышью или курсором. Выбранный регион будет отмечен голубой рамкой. Вы можете настроить размер выделения, щелкая и перетаскивая стрелки с каждой стороны поля. Выравнивание автоматически переместится в выбранную область.

Вы также можете масштабировать непосредственно в окне выравнивания , щелкнув и перетащив указатель на линейке выравнивания. Выравнивание автоматически приблизится к выбранной области.

Кроме того, вы можете использовать значки (+) или (-) или ползунок на панели инструментов для увеличения или уменьшения масштаба выравнивания. Значок «Zoom to Sequence» (ATG) справа от ползунка перенесет вас прямо на уровень последовательности в середине выравнивания. Параметры «Увеличить», «Уменьшить» и «Увеличить до последовательности» также можно получить из меню «Инструменты» на панели инструментов и в контекстном меню, вызываемом щелчком правой кнопкой мыши.

Панорамирование

Вы можете панорамировать, удерживая кнопку мыши или курсор и перетаскивая выравнивание влево или вправо. Или используйте стрелки вправо / влево на панели инструментов для перемещения выравнивания.

Вы также можете щелкнуть и перетащить рамку над Panorama , чтобы переместить выбранную область в другую часть трассы.

Строка согласованной последовательности

Первая строка в выравнивании представляет консенсус.Консенсусная строка показывает нуклеотид / остаток, который обнаруживается в более чем или равных 70% выравниваний. Вы можете установить или удалить консенсус, используя параметр «Показать консенсус» в меню «Инструменты» и контекстное меню, вызываемое щелчком правой кнопкой мыши. Обратите внимание, что консенсус не может быть установлен, если последовательность привязки уже установлена. Параметр «Показать консенсус» в настоящее время недоступен для выравнивания белков.

Если консенсусный нуклеотид или остаток составляет 70% в определенном положении выравнивания, консенсусная строка покажет неоднозначный символ, который соответствует 70% -ному порогу.Для выравнивания нуклеиновых кислот эти символы включают M (A или C), R (A или G), W (A или T), S (C или G), Y (C или T), K (G или T), и N для любой базы. Для выравнивания белков неоднозначные остатки представлены как B для (D или N), Z для (E или Q), J для (L или I) или X для любого остатка. Символ тире (-) обозначает пробел в выравнивании.

Вы можете загрузить файл FASTA строки консенсуса, выбрав опцию «Загрузить консенсус» в контекстном меню, вызываемом правой кнопкой мыши.

Установка строки последовательности привязки

Посмотрите на увеличенное выравнивание примера и увидите, что полная длина выравнивания составляет 1653 нуклеотида.Выравнивание имеет строку согласованной последовательности и не имеет набора якорных последовательностей.

Чтобы увидеть, как выравнивание сравнивается с определенной строкой последовательности, вы можете установить эту последовательность в качестве якорной последовательности (ранее называвшейся главной). Для сеансов MSA Viewer, происходящих из ресурса NCBI BLAST, последовательность запросов BLAST обычно автоматически устанавливается в качестве строки привязки.

Давайте вручную установим AJ585985.1 как последовательность привязки.Чтобы установить строку привязки, просто наведите курсор на выравнивание последовательности для этой строки, чтобы выбрать строку, откройте контекстное меню, вызываемое щелчком правой кнопкой мыши, и выберите параметр «Установить AJ585985.1 в качестве привязки». Обратите внимание: AJ585985.1 теперь является первой последовательностью в выравнивании, а длина выравнивания составляет 1490 нуклеотидов.

Наведите курсор на любую строку и снова откройте контекстное меню. Когда якорная строка была установлена, в меню теперь есть возможность установить другую последовательность в качестве якоря, а также «Снять якорную строку».Перед отображением строки согласованной последовательности необходимо отключить привязку.

Показать идентичные основания

Когда отображается консенсусная или якорная строка, основания, идентичные последовательности в этой строке, по умолчанию отображаются как точки. Чтобы увидеть все основания или остатки, откройте меню «Инструменты» или щелкните контекстное меню правой кнопкой мыши и снимите флажок с параметра «Показывать идентичные основания в виде точек».

Обратите внимание, что теперь отображаются все основания или остатки.

Скрытие строк

Вы можете скрыть строки с одной последовательностью в выравнивании, наведя указатель мыши на выравнивание и выбрав параметр, чтобы скрыть образец в контекстном меню, вызываемом правой кнопкой мыши. Когда несколько строк выделяются с помощью клавиши Ctrl или Shift, появляется опция «Скрыть выбранные строки», которая удаляет все выбранные строки из представления. Все скрытые строки можно снова показать, выбрав опцию «Показать все строки».

Обратите внимание, что строку, установленную в качестве привязки, нельзя скрыть.Вы должны сначала снять привязку, прежде чем сможете скрыть эту последовательность из поля зрения.

Диалог строк

Вы также можете использовать опцию Rows на панели инструментов, чтобы открыть диалоговое окно, которое позволяет вам установить строки, которые отображаются в выравнивании. Строки можно выделять сразу с помощью клавиш Shift или Ctrl. Вы можете использовать флажок в левом верхнем углу, чтобы выбрать или отменить выбор всех строк в выравнивании. Столбцы в таблице можно отсортировать, чтобы облегчить выбор строк.Нажмите кнопку «Применить» в правом нижнем углу, чтобы закрыть диалоговое окно и отобразить изменения в окне выравнивания.

Примечание: согласованная строка не считается последовательностью в выравнивании и поэтому не будет отображаться в диалоговом окне редактирования строк. Эту строку можно удалить, сняв флажок «Показать консенсус» в контекстном меню, вызываемом правой кнопкой мыши.

Число строк, которые в настоящее время отображаются в виде выравнивания, отображается в строке состояния в правом нижнем углу выравнивания.При нажатии на это сообщение откроется диалоговое окно редактирования строк.

Скрытие строк не приводит к повторному вычислению выравнивания. Однако скрытые строки не будут экспортированы при загрузке выравнивания FASTA или отображаться в файлах изображений PDF / SVG. Скрытые строки также не будут отображаться в общих ссылках (из «Связать с представлением»), но будут доступны для добавления обратно в представление из общей ссылки сеанса.

Методы окраски для выравнивания нуклеиновых кислот

Чтобы получить доступ к различным настройкам цвета / дисплея, перейдите в меню Coloring справа от панели инструментов.

Показать различия

Показать различия расцветка установлена ​​по умолчанию. Этот метод подчеркивает различия, наблюдаемые в согласованной / якорной последовательности при выравнивании. Несоответствия показаны красным.

Два других метода: Оценка качества столбца - ДНК и Различия на основе частоты использует несколько иной, но концептуально схожий подход. Метод оценки качества столбца присваивает баллы нуклеотидам на основе того, насколько хорошо конкретное основание согласуется с другими в этом столбце / позиции, а метод частотных различий присваивает баллы базам на основе их представления в частотном профиле столбца.Базы, которые встречаются нечасто, выделены темнее, чем другие. Позиции, которые содержат любую степень несоответствия, также выделяются в строке привязки или консенсуса.

Показатель качества столбца

Разница на основе частоты

Цвета нуклеиновых кислот

Этот метод окрашивания обеспечивает простую визуализацию нуклеиновых кислот, основанную на присвоении стандартного цвета каждой основе (A - красный, G - синий, C - желтый, T - зеленый).

Несинонимные замены

Это специальный режим окраски, действующий только для полных выравниваний CDS.Его можно включить с помощью параметра URL-адреса color = nss. Тройки нуклеотидов (кодоны), транслируемые иначе, чем консенсусная или якорная последовательность, отмечены красным. Кодоны подсчитываются с начала последовательности и окрашиваются в чередующиеся серые оттенки.

Методы окраски для выравнивания белков

Чтобы увидеть методы окраски, доступные для выравнивания белков, откройте любое выравнивание белков на домашней странице приложения Multiple Sequence Alignment Viewer, например, https: // www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/?rid=MJRDFGTD013 или загрузите файл с выравниванием белков; например, carbhydrate_kinase_FGGY.aln carbhydrate_kinase_FGGY.aln

Перейдите в меню Coloring справа от панели инструментов. Выберите любой из вариантов и наблюдайте за изменениями на дисплее.

Сохранение

Этот метод выделяет высококонсервативные и менее консервативные положения аминокислот на основе относительного порога энтропии остатка. Будут окрашены только позиции выравнивания без зазоров.Красный цвет указывает на высококонсервативные позиции, а синий указывает на более низкую консервативность.

Расмол Аминокислотные красители

Это цвет по умолчанию для выравнивания белков в MSA Viewer. Цвета Расмола описаны в Аминокислотных цветах.

BLOSUM

Методы

«BLOSUM» используют хорошо известные матрицы замещения для отображения степени совпадения остатков относительно каждой позиции / столбца выравнивания. Когда установлена ​​строка привязки, цвет в столбце показывает оценку совпадения с остатком в последовательности привязки: синий представляет лучшее совпадение, а зеленый - худшее совпадение.Если строка привязки не установлена, цвет отражает среднее совпадение по всем остальным остаткам в столбце.

Также существует несколько методов окрашивания, основанных на индивидуальных свойствах аминокислот. См. AAindex для получения дополнительной информации об этих методах.

Показать различия

Показать различия выделяет различия по сравнению с якорной последовательностью в выравнивании. Вы должны установить якорную строку, чтобы использовать эту опцию. Примечание. Не обращайте внимания на любые цвета при снятии якорной строки в режиме «Показать различия».

Разница на основе частоты (белок)

Разница на основе частоты сравнивает остаток в позиции с согласованным положением / столбцом. Более темные оттенки красного указывают на дальнейшее отличие от остатков в других строках в выравнивании в этой позиции.

Весы для гидропатии

Этот метод окрашивания отражает гидропатию боковой цепи, от очень гидрофобной в красном до очень гидрофильной в синем, с поправкой на сольватацию, как в https: // www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3398047.

Предпочтение мембран

Этот метод окрашивания отражает параметры предпочтений, скрытых в мембране, как описано в https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7151796. Цвет варьируется от красного для предпочтения низкой мембраны до зеленого для высокого предпочтения.

Стройные аминокислоты

Shapely - еще один традиционный метод окраски. Красивые цвета описаны в разделе «Аминокислотные цвета».

Последовательность сигналов

Эта окраска отражает спиральный потенциал сигнальной последовательности, как описано в https: // www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7151796.

Размер

Цвет от красного до синего отражает размер аминокислоты, при этом красный цвет представляет меньшие боковые цепи, а синий - более крупные боковые цепи.

Загрузка трассы

Меню «Загрузить» на панели инструментов предоставляет параметры для загрузки «Выравнивания FASTA» и экспорта изображения «PDF / SVG для печати».

Загруженный файл изображения в формате PDF или SVG совместим со сторонними редакторами изображений, такими как Adobe или InkScape.Обратите внимание, что Panorama не включена в изображение. По умолчанию диапазон будет включать просматриваемый диапазон, но этот диапазон можно настроить в диалоговом окне загрузки. Пожалуйста, обратитесь к этой странице для получения дополнительной информации о загрузке изображений из графических программ просмотра NCBI.

Если есть скрытые строки, они не будут включены в выравнивание FASTA или загрузки изображений.

Вкладка «Выравнивание

» (Параметры сборки) - Руководство пользователя SeqMan NGen

Вкладка «Выравнивание» диалогового окна «Параметры сборки» используется для установки параметров фазы выравнивания сборки.Чтобы перейти на вкладку с экрана «Параметры сборки», нажмите кнопку « Advanced Options », затем перейдите на вкладку Alignment . Параметры, доступные на этой вкладке, зависят от рабочего процесса.

В таблице ниже в алфавитном порядке показаны редактируемые параметры; каждый рабочий процесс включает подмножество этих опций. Параметры по умолчанию различаются в зависимости от технологии секвенирования и типа проекта, указанного в другом месте мастера, и значения редко нужно менять.

Параметр Описание
Считывает автоматическую обрезку (обрезка на основе выравнивания Если этот флажок установлен, концы считываний обрезаются для наилучшего совпадения с эталоном.SeqMan NGen отметит часть считывания, которая хорошо совпадает с эталоном, и установит обрезку, чтобы пропустить любую из плохо совмещенных частей считывания. Выбор этого параметра оптимизирует обрезку конца чтения, чтобы сохранить как можно большую часть чтения, при этом соблюдая минимальный порог процента совпадения. Однако установка этого флажка также может привести к удалению истинных вариантных баз, расположенных ближе к концам чтения. По умолчанию флажок установлен.
Объединить повторяющиеся чтения Повторяющиеся чтения - это те, которые имеют одинаковую начальную позицию и одинаковую последовательность.Установите этот флажок, если вы хотите объединить считывания и ввести в выравнивание только одно из них. Любые дубликаты будут оцениваться, но не выравниваться. Объединение повторяющихся чтений сворачивает чтения с идентичными последовательностями с одинаковыми запусками и остановками и заменяет их одной записью с суффиксом «[dup #]», где # - количество свернутых чтений. Однако эта опция не учитывает расположение парного конца считывания. Он используется в первую очередь для уменьшения проблем с выравниванием и визуализацией очень глубоких участков последовательности, типичных для данных RNA-Seq для генов с высокой экспрессией.
Обработка глубокого покрытия Этот раздел диалогового окна вкладки «Выравнивание» позволяет указать, следует ли и когда фильтровать области глубокого покрытия. Выбор по умолчанию выполняется SeqMan NGen автоматически на основе текущего рабочего процесса. Однако вы можете сделать любой выбор. Способ обработки очень глубокого покрытия может сильно повлиять на время сборки. Например, если разрешено неограниченное глубокое покрытие, для выравнивания последовательностей NA24385 человека («Геном в бутылке« Ashkenazim Trio Son »») с митохондриальным (МТ) геномом может потребоваться до восьми часов.Это потому, что большая часть этой человеческой выборки имеет глубину охвата 35000 человек. В таком случае ограничение областей глубокого покрытия может позволить сборке протекать намного быстрее. Выберите между:
  • Не ограничивать области глубокого покрытия - Использовать все чтения, независимо от глубины. За исключением описанных ниже, это значение по умолчанию для большинства рабочих процессов, ориентированных на справочную информацию.
  • Ограничить глубину покрытия только для митохондрий и хлоропластов - Ограничить глубину покрытия только в указанных областях.По умолчанию для всех сборок, использующих ссылки, которые включают геномы митохондрий и хлоропластов.
  • Ограничить все области глубокого покрытия - Ограничить глубину покрытия по всей длине последовательности. Значение по умолчанию для всех рабочих процессов miRNA и микробного генома.
Выравнивание макета В случаях, когда считывание имеет идентичную или почти идентичную оценку перекрытия более чем в одном месте на эталоне, что указывает на повторяющуюся последовательность, считывание может быть оценено путем попытки выравнивания с полным зазором для каждой потенциальной позиции сопоставления и выбора позиция с лучшим результатом.В случае ничьей считывание помещается в одно из мест случайным образом. Установка этого флажка еще больше снизит частоту ложного обнаружения (FDR), но может существенно увеличить время сборки. По умолчанию этот флажок снят.
Строгость макета Для указания непостоянных «мягких» фильтров для данных SNP. SNP, которые не соответствуют пороговым значениям, указанным в этом разделе, удаляются из определенных дисплеев (например, таблиц), но по-прежнему сохраняются в окончательном проекте и при желании могут быть отображены в последующем анализе.Укажите строгость Low , High или Custom . Выбор Custom включает дополнительные параметры.
Максимальный размер зазора Теоретическая максимальная длина зазора, который может быть вставлен. На практике максимальный размер зазора обычно составляет около половины этого значения. Максимально допустимое значение - 99.
Минимальная выровненная длина Минимальная длина хотя бы одного выровненного сегмента чтения после обрезки.Значение по умолчанию зависит от выбранной вами технологии чтения. Допустимые значения: 0-999.
Разместите повторные чтения Выберите размещение повторных чтений Один раз , Все или Никогда . Значение по умолчанию - Все для рабочего процесса метагеномики и Один раз для всех остальных рабочих процессов.

Способ обработки очень глубокого покрытия может сильно повлиять на время сборки. Например, если разрешено неограниченное глубокое покрытие, для выравнивания последовательностей NA24385 человека («Геном в бутылке« Ashkenazim Trio Son »») с митохондриальным (МТ) геномом может потребоваться до восьми часов.Это потому, что большая часть этой человеческой выборки имеет глубину охвата 35000 человек. В таком случае ограничение областей глубокого покрытия может позволить сборке протекать намного быстрее.

Удалить клональные чтения Клональные чтения, когда последовательность и конечные точки обоих чтений в паре совпадают с таковыми в другой паре, обычно являются результатом артефактов ПЦР. Установите этот флажок, если вы хотите сохранить одну из пар в сборке, но полностью удалить клоны (повторяющиеся пары) после фазы выравнивания сборки.Если этот флажок установлен, клонированные чтения не будут оцениваться и не будут включены в расчет SNP или количественную оценку генов. Эта опция может быть полезна в рабочих процессах секвенирования генома / экзома / панели генов, где считывание клонов может исказить расчеты вариантов. Установка флажка может существенно увеличить время, необходимое для сборки.

Выбор этой опции не удаляет пару, если два ее чтения дублируют разные пары. Он удаляет повторяющиеся пары только в том случае, если вся пара полностью идентична другой паре.Например, SeqMan NGen не удалит пару, прямое чтение которой является дубликатом чтения из пары A, но чье обратное чтение является дубликатом чтения из пары B.

Примечание: Не проверяйте оба Объединить дубликат читает и Удалите клональные чтения , так как это приведет к непредсказуемым результатам из-за порядка, в котором SeqMan NGen удаляет клоны и объединяет дубликаты.

Обрезать до целевых регионов Это поле доступно только для рабочих процессов, которые предлагают возможность добавления файла. кровать файл, а где файл. файл был указан на экране контрольной последовательности. Если этот флажок установлен, считывания, выходящие за пределы 5 'или 3' конца целевой области, будут обрезаны до целевой границы. По умолчанию флажок снят.

По завершении щелкните вкладки «Макет», «Обрезка» или «Сканирование», чтобы изменить эти настройки. Или нажмите ОК , чтобы сохранить все изменения и вернуться к экрану «Параметры сборки».

Выровнять или выровнять текст - Word для Mac

Выровнять текст по левому краю, по центру или по правому краю

  1. Щелкните в любом месте абзаца, который нужно выровнять.

  2. На вкладке Home в группе Paragraph выполните одно из следующих действий:

С по

Нажмите

Выровнять текст по левому краю

Выровнять текст по левому краю

Центральный текст

Центральный текст

Выровнять текст по правому краю

Выровнять текст по правому краю

Выровнять текст по ширине

При выравнивании текста по ширине между словами добавляется пробел, так что оба края каждой строки выровнены с обоими полями.Последняя строка абзаца выравнивается по левому краю.

  1. Щелкните в любом месте абзаца, который нужно выровнять по ширине.

  2. На вкладке Домашняя страница в группе Абзац щелкните Выровнять текст по ширине .

Важно: Office для Mac 2011 больше не поддерживается .Перейдите на Microsoft 365, чтобы работать где угодно с любого устройства, и продолжайте получать поддержку.

Выровнять текст по левому краю, по центру или по правому краю

  1. Щелкните в любом месте абзаца, который нужно выровнять.

  2. На вкладке Домашняя страница в разделе Параграф выполните одно из следующих действий:

С по

Нажмите

Выровнять текст по левому краю

Выровнять текст по левому краю

Центральный текст

Центральный текст

Выровнять текст по правому краю

Выровнять текст по правому краю

Выровнять текст по ширине

При выравнивании текста по ширине между словами добавляется пробел, так что оба края каждой строки выровнены с обоими полями.Последняя строка абзаца выравнивается по левому краю.

  1. Щелкните в любом месте абзаца, который нужно выровнять по ширине.

  2. На вкладке Домашняя страница в разделе Абзац щелкните Выровнять текст по ширине .

Раздать текст

При распределении текста между символами добавляется пробел, так что оба края каждой строки выровнены с обоими полями.Последняя строка в абзаце также распределяется.

  1. Щелкните в любом месте абзаца, где вы хотите разместить текст.

  2. На вкладке Домашняя страница в разделе Абзац щелкните Распределенный текст .

Основная документация T-Coffee - T-Coffee Version_13.45.47.aba98c5 документация

Белковые последовательности

Общие положения
Выравниватель

T-Coffee по умолчанию распараллелен, что означает, что он может использовать несколько ядер при работе в кластере или компьютере. По умолчанию T-Coffee будет использовать все доступные процессоры для работы, но вы можете распараллелить разные шаги и выделить необходимое количество ядер с помощью флага -multi_core или n_core . Для получения дополнительной информации см. Главу T-Coffee Technical Documentation , подраздел CPU control .

 Использование одного ядра:
$$: t_coffee -in sample_seq1.fasta -multi_core = msa

Используя 12 ядер:
$$: t_coffee -in sample_seq1.fasta -n_core = 12
 

Кроме того, при запуске T-Coffee он отображает много информации непосредственно на экране во время работы с общей информацией, параметрами, результатами, предупреждениями ... если вы хотите, вы можете уменьшить отображение с помощью -no_warning , чтобы удалить все предупреждения, или еще более строго, используя -quiet , удаляя любой дисплей во время работы T-Coffee.

Вычисление простого MSA (по умолчанию T-Coffee)
Режим по умолчанию

T-Coffee просто вычисляет выравнивание множественных последовательностей последовательностей, которые вы указали во входных данных (команда 1). Он отобразит окончательный MSA на экране и в нескольких файлах в соответствии с форматом, который вы запросили с помощью команды 2 (по умолчанию MSA хранится в файле .aln в формате ClustalW). Заголовок файла согласования содержит важную информацию, такую ​​как используемая версия T-Coffee, время ЦП, общая оценка согласованности (нормализованная до 100 или 1000 в зависимости от версии T-Coffee) и общая длина MSA: Быстро взглянуть на результат довольно практично.

 Команда 1: MSA по умолчанию
$$: t_coffee proteases_small.fasta

Команда 2: MSA по умолчанию, несколько файлов вывода
$$: t_coffee proteases_small.fasta -output = clustalw, fasta_aln, msf
 

Каждый раз, когда вы запускаете T-Coffee, всегда создается 3 файла:

  • proteases_small.aln : выравнивание в формате ClustalW
  • proteases_small.dnd : дерево направляющих в формате Newick
  • proteases_small.html : цветной MSA в формате html

Предупреждение

Направляющее дерево не является филогенетическим деревом, оно используется в процессе выравнивания для кластеризации последовательностей.

Подсказка

Вы можете визуализировать цветной HTML-файл с помощью любого браузера / программного обеспечения, которое вы предпочитаете. Отображение последовательностей должно быть выровнено и отформатировано; в противном случае используйте другой браузер, он хорошо работает с Firefox, Safari и т. д.. Если вам нужно внести более сложные изменения в свой MSA, мы рекомендуем использовать Jalview, который включает цветовую схему T-Coffee.

Выравнивание нескольких наборов данных / Объединение нескольких MSA

Если ваши последовательности распределены по нескольким наборам данных, вы можете передать все нужные файлы (ограничение 200) с помощью флага -seq и в любом формате.Просто знайте, что 1) если вы дадите выравнивание, пробелы будут сброшены, и ваше выравнивание предоставит только последовательности, 2) последовательности с одинаковым именем в двух файлах считаются одной и той же последовательностью, 3) если их последовательности различаются, они будут выровнены и заменены консенсусом этого выравнивания (процесс, известный как согласование последовательностей). Чтобы выровнять несколько наборов данных:

 $$: t_coffee -seq = proteases1_small.fasta, proteases2_small.aln -output = clustalw, fasta_aln, msf
 

У вас также может быть набор выравниваний (с одинаковыми последовательностями), которые вы предварительно вычислили, собрали вручную или получили от коллеги.Вы также можете комбинировать эти выравнивания. Например, представим, что мы сгенерировали 4 выравнивания с ClustalW, используя разные штрафы за пропуски. Чтобы объединить их в ОДНО единственное выравнивание, используйте флаг -aln . Окончательная оценка указывает на высокий уровень согласованности (91%) между всеми этими MSA, что означает, что окончательная MSA, вероятно, верна.

 Ваши 4 разных MSA:
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = 0 -outfile = g0.aln
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = -5 -outfile = g5.aln
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = -10 -outfile = g10.aln
##: clustalw -infile = proteases_small.fasta -gapopen = -15 -outfile = g15.aln

Объединение нескольких MSA:
$$: t_coffee proteases_small.fasta -aln g0.aln g5.aln g10.aln g15.aln -output = clustalw, html
 
Оценка разнообразия вашего мировоззрения

Уровень разнообразия в вашем MSA легко измерить с помощью опции -output из seq_reformat , он выведет все попарные идентификаторы, а также средний уровень идентичности между каждой последовательностью и другими.Имеются две возможности, если ваш ввод является невыровненными последовательностями или нет: -output sim_idscore перестроит ваши последовательности попарно, чтобы он мог одинаково принимать невыровненные или выровненные последовательности; -output sim вычисляет идентичность, используя последовательности, как они есть в вашем входном файле, поэтому он подходит только для MSA. Вы можете после перенаправления, сортировки и grep вывода, чтобы выбрать интересующие вас последовательности.

 $$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in sample_seq1.aln -output sim
 
Сравнение альтернативных совмещений

Если вы измените параметры, вы получите альтернативные выравнивания. Может быть интересно сравнить их количественно. T-Coffee поставляется вместе с модулем сравнения выравнивания под названием aln_compare . Вы можете использовать его, чтобы оценить величину разницы между вашими двумя выравниваниями, используя оценку суммы пар или оценку столбца с помощью флага -compare_mode (sp или столбец). По умолчанию aln_compare возвращает оценку SoP:

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode sp
 

Это сравнение даст следующий результат:

 *********************************************** ****
seq1 seq2 Sim [ALL] Tot
b80 19 33,6 94,2 [100,0] [79686]
 

Интерпретация этого вывода следующая: b80 - эталонный MSA, он содержит 19 последовательностей со средней идентичностью 33,6% и на 94,2% идентичен второму MSA b30.aln (79686 пар, если быть точным).Конечно, это не говорит вам, где находятся хорошие биты, но вы можете получить эту информацию, например, что остатки, которые потеряли более 50% своего партнера по спариванию между двумя выравниваниями, записаны в нижнем регистре (команда 1) или преобразованы в любой желаемый персонаж (команда 2). Оценка sp определяется как количество выровненных пар остатков (т. Е. Не пробелов), которые являются общими между эталоном (-al1) и тестом (-al2), деленное на общее количество пар в эталоне, исключая пробелы.

Доступны и другие режимы сравнения, включая оценку TC

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode tc
 

Оценка tc определяется как количество столбцов в тесте MSA (-al2), которые являются общими между эталоном и тестом, деленное на общее количество столбцов в эталоне. Эта мера, изначально представленная в Balibase, может быть проблематичной, поскольку она обрабатывает одинаково высоко и редко заполненные столбцы. По этой причине

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b80.aln -al2 b30.aln -compare_mode column
 

Оценка столбца определяется как общее количество пар, встречающихся в столбцах, полностью идентичных между эталоном (-al1) и тестом (-al2), деленное на общее количество пар в эталоне (без учета пробелов).Это делает оценку столбца эквивалентом взвешенной оценки TC.

Также можно распечатать сохраненные позиции между MSA, используя следующие команды.

 Команда 1:
$$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b30.aln -al2 p350.aln -output_aln \
    -output_aln_threshold 50

Команда 2:
$$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b30.aln -al2 p350.aln -output_aln \
    -output_aln_threshold 50 -output_aln_modif x
 

Примечание

Важно принять во внимание, что сравнение между -al1 и -al2 не является симметричным.Он возвращает долю пар остатков -al1 - по индексу - которые восстанавливаются в -al2. Если -al1 является опорным выравниванием, это число является более или менее эквивалентом меры чувствительности (то есть, сколько истинных положительных результатов восстанавливается). Если -al1 - это выравнивание мишени, эта мера становится эквивалентом меры специфичности (то есть какова доля пар остатков в цели, которые являются частью ссылки).

Подсказка

aln_compare особенно интересен, если вы изменяете параметры T-Coffee по умолчанию и хотите отслеживать эффекты ваших изменений.

Сравнение подмножеств альтернативных трасс

Также возможно ограничить сравнение конкретным подмножеством остатков в пределах целевого выравнивания (например, остатками ядра при использовании структурной ссылки или каталитическими остатками при использовании выравнивания функциональной аннотации). Для этого требуется кеш, в котором остатки аннотируются как часть ядра или нет. Кеш - это простой текстовый файл ascii, который можно создать любым удобным для вас способом. Ниже мы покажем, как создать кеш на основе оценки согласованности и как использовать этот кеш для дальнейших сравнений.

 $$: t_coffee b11.fa -output aln score_ascii
 

Эта команда генерирует два выходных файла

  • b11.aln : выравнивание в формате ClustalW
  • b11.score_ascii : оценка локальной надежности, где каждый остаток имеет оценку от 0 до 9

Затем целевой файл необходимо переформатировать, чтобы решить, какие остатки будут частью оценки (c => core), а какие будут проигнорированы. В этом примере мы установим пороговое значение 7, что означает, что при сравнении будут игнорироваться все остатки, которые не имеют 70% или более поддержки из библиотеки T-Coffee:

 $$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in b11.score_ascii -input number_aln -action + convert 0123456i 789c -output fasta_seq> b11.cache
 

Затем можно создать целевой файл другим методом

 $$: t_coffee b11.fa -method mafft_pair -outfile b11.tcmafft
 

Затем с помощью кеша можно сравнить исходное выравнивание (b11.aln), учитывая только пары остатков ядра

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b11.aln -al2 b11.tcmafft -st b11.cache pep -io_cat '[c] [c] = [core]'
 

Это сравнение даст следующий результат:

::
seq1 seq2 Sim [core] Tot Ь11 11 32.8 99,5 [63,6] [26044]

Результат можно интерпретировать следующим образом: остатки ядра, определенные как пары c-c, составляют 63,6% выравнивания -al1. 93,5% этих пар восстанавливаются при выравнивании -al2. Обратите внимание, что -io_cat позволяет объявить столько категорий и комбинаций категорий, сколько нужно. Например:

 $$: t_coffee -other_pg aln_compare -al1 b11.aln -al2 b11.tcmafft -st b11.cache pep \
     -io_cat '[c] [c] = [core]; [c] [i] = [смешанный]; [ci] [ci] = [all1]; [*] [*] = [all2] »
 
Изменение параметров T-Coffee по умолчанию

Примечание

Основные параметры T-Coffee аналогичны параметрам ClustalW, включая матрицу замен и некоторые штрафы за пробелы.В общем, значения по умолчанию T-Coffee вполне достаточно. Если, однако, вас не устраивают параметры по умолчанию, мы рекомендуем вам изменить следующие параметры. Интересно, что большая часть того, что мы здесь говорим, достаточно хорошо подходит для ClustalW.

Сможете угадать оптимальные параметры?

Вот еще один каверзный вопрос… и общий ответ - НЕТ. Матрица и штрафы за пробелы - это упрощенные попытки моделирования эволюции. Хотя матрицы выполняют разумную работу, штрафы просто неуместны: они должны иметь значение, зависящее от структуры белка, и единообразное значение не может быть достаточно хорошим.Однако, поскольку у нас нет лучшего, мы должны их использовать ... На практике это означает, что оптимальность параметров - это очень ad hoc бизнес. Он будет меняться от одного набора данных к другому, и нет простого способа предсказать, какая матрица и какой штраф будет лучше. Проблема также в том, что даже после того, как ваше выравнивание было вычислено, не всегда легко определить, улучшили ли ваши новые параметры ваш MSA или ухудшили его.

Систематического способа оценки MSA не существует. Обычно люди визуально оценивают выравнивание, подсчитывают количество идентичных столбцов и считают, что еще один сохраненный столбец - это хорошая новость.Если вам повезет, вы можете знать несколько функциональных функций, которые вы ожидаете увидеть согласованными. Если вам очень повезет, у вас будет одна конструкция и вы сможете проверять, попадают ли зазоры в петли. Если вам очень повезет, у вас будет две структуры, и вы сможете оценить качество своего MSA. Преимущество T-Coffee заключается в том, что общий балл согласования (то есть согласованность с библиотекой) коррелирует с общей точностью. Другими словами, если вы увеличиваете счет выравнивания, вероятно, возрастет и его точность.При этом согласованность - это просто эмпирический способ оценки изменения параметров, и он не имеет предсказательной силы, присущей BLAST E-Value.

Изменение матрицы замещения

T-Coffee использует матрицу замещения только для попарного выравнивания, которое входит в библиотеку. Это все глобальные сопоставления каждой возможной пары последовательностей и десять лучших локальных сопоставлений, связанных с каждой парой последовательностей.

  • По умолчанию эти выравнивания вычисляются с использованием матрицы Blosum62, но вместо нее вы можете использовать любую матрицу, которая вам нравится, включая: pam120mt, pam160mt, pam250mt, pam350mt, blosum30mt, blosum40mt, blosum45mt, blosum50mt, blosum80, blosum80, blosum, even55 предоставленные пользователем матрицы в формате BLAST (см. техническую документацию T-Coffee ).
  • Матрицы
  • PAM: Эти матрицы предположительно менее точны, чем Blosum. Индекс коррелирует с эволюционными расстояниями, поэтому вам следует использовать pam350mt для выравнивания очень отдаленно связанных последовательностей.
  • Матрицы Blosum: Эти матрицы якобы являются наиболее точными. Индекс коррелирует с максимальным процентом идентичности в последовательностях, используемых для оценки матрицы. Поэтому вам следует использовать blosum30mt для выравнивания очень отдаленно связанных последовательностей. Матрицы Blosum смещены в сторону ядерных областей белка, что объясняет, почему эти матрицы имеют тенденцию давать лучшее выравнивание, поскольку по своей конструкции они могут захватывать наиболее устойчивый к эволюции сигнал, содержащийся в белках.

Если у вас нет доступной структурной информации, единственный способ определить, улучшилось ли ваше выравнивание, - это посмотреть на результат. Например, если вы вычислите два следующих выравнивания:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -matrix = blosum30mt -outfile = b30.aln
$$: t_coffee proteases_small.fasta -matrix = blosum80mt -outfile = b80.aln
 

Вы получите два мировоззрения с примерно одинаковым количеством очков, но немного разными. Вы по-прежнему можете использовать эти два альтернативных выравнивания, сравнивая их, чтобы идентифицировать регионы, которые были одинаково выровнены двумя матрицами.Эти регионы обычно более надежны.

Изменение штрафа за разрыв

Важно

Штрафы за пробелы - суть дела, когда дело доходит до СУО. Интересной особенностью T-Coffee является то, что ему не нужны такие штрафы при сборке MSA, потому что теоретически штрафы уже были применены при вычислении библиотеки. Это теория, поскольку на практике штрафы могут помочь улучшить качество выравнивания.

Штрафы могут быть изменены с помощью флагов -gapopen для штрафа за открытие промежутка и с помощью -gapext для штрафа за расширение промежутка.Диапазон для gapopen - [-500, -5000], диапазон для расширения должен быть [-1, -10]. Эти значения не относятся к матрице замещения, а скорее к диапазону значений оценки согласованности (т. Е. Отношения), нормализованному до 10000 для максимальной согласованности. Значения по умолчанию: -gapopen = -50, -gapext = 0 . Причины этих очень низких значений в том, что они предназначены только для косметических целей, поскольку торговая марка T-Coffee (унаследованная от Dialign) не требует явных штрафов.Тем не менее, мы точно знаем, что согласование с более высокими штрафами за пропуск часто выглядит лучше (для публикаций), а иногда и более точным. Например, вы можете попробовать:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -gapopen -100 -gapext -5
 

Этот штраф за пробелы применяется только на уровне выравнивания (т.е. после того, как библиотека была вычислена). Если вы хотите изменить штрафы за пробелы в методах, используемых для построения библиотеки, вам нужно будет пойти глубже… По умолчанию для построения библиотеки используются два метода (команда 1).Один выполняет глобальное попарное выравнивание и называется slow_pair, другой - lalign_id_pair и производит локальное выравнивание. Эти методы указываются с помощью флага -method . Обычно вам не нужно писать его, потому что это значение по умолчанию, но если вы хотите изменить параметры по умолчанию для составляющих методов (команда 2), вам нужно будет сделать это явно (параметры по умолчанию для lalign_id_pair GOP = - 10, GEP = -4, MATRIX = blosum50mt и для slow_pair GOP = -10, GEP = -1 и MATRIX = blosum62mt .Используя команду 2, библиотека теперь вычисляется с использованием Blosum62mt с lalign, а не Blosum50mt; Хорошая новость заключается в том, что при использовании этой матрицы оценка нашего выравнивания увеличивается с 48 до 50. Мы предполагаем, что это новое выравнивание, следовательно, более точное, чем предыдущее.

 Команда 1: по умолчанию T-Coffee
$$: t_coffee proteases_small.fasta -method = lalign_id_pair, slow_pair

Команда 2: изменение параметров
$$: t_coffee proteases_small.fasta -method lalign_id_pair @ EP @ MATRIX @ blosum62mt, \
    slow_pair -outfile proteases_small.b62_aln
 

Предупреждение

Имеет смысл сравнивать оценку согласованности альтернативных выравниваний, только если эти выравнивания были вычислены с использованием одних и тех же методов (например, lalign_id_pair и slow_pair).

Белковые последовательности с использованием 2D и / или 3D информации

Использование структурной информации при выравнивании последовательностей очень полезно. Причина в том, что структуры расходятся медленнее, чем последовательности. Как следствие, все еще можно обнаружить заметную гомологию между двумя последовательностями, которые расходились в течение долгого времени до неузнаваемости с использованием их соответствующей структуры.Тем не менее, при сборке MSA на основе структуры вы поймете, что эти последовательности содержат ключевые консервативные остатки, которые простая процедура выравнивания не смогла выявить. В этом разделе мы покажем вам, как наилучшим образом использовать инструменты T-Coffee для включения структурной информации в ваше выравнивание.

Использование трехмерных структур: Expresso / 3D-Coffee
Требования для запуска Expresso / 3D-Coffee

Expresso требует BLAST, который вы предоставляете с тегом -blast , а также требует базы данных PDB, которую вы можете указать с помощью флага -pdb_db .Хорошая новость заключается в том, что локальная установка BLAST или PDB не является обязательной, поскольку T-Coffee может автоматически получать структуры непосредственно из RCSB (домашней базы PDB) с помощью веб-службы EBI BLAST.

Как работает Expresso / 3D-Coffee?

Expresso / 3D-Coffee, вероятно, одно из самых важных улучшений T-Coffee. Принцип прост: 1) он сначала запускает BLAST для каждой последовательности в вашем наборе данных по отношению к PDB и находит (или нет) структуру, аналогичную по последовательности (по умолчанию идентичность 35%), которая будет использоваться в качестве шаблона для структурного выравнивания вашей последовательности. , 2) соответствие между последовательностями запросов и шаблонами сохраняется в файле шаблона, который автоматически генерируется Expresso.В этом заключается разница между 3D-Coffee и Expresso: при запуске Expresso получение структур и создание файла шаблона автоматизируются (так что вы можете повторно использовать его для других приложений), в то время как использование 3D-Coffee немного сложнее, поскольку требует имени последовательности должны соответствовать имени файла структуры (и он ничего не извлекает и не создает для вас). Конечно, вы можете создать и использовать свой собственный шаблон с тегом -template_file в том же формате, что и здесь. В конце, когда имеется достаточно шаблонов (очевидно, минимум два), он будет выравнивать последовательности, используя структурную информацию, в противном случае последовательности будут выровнены с использованием стандартного выравнивателя T-Coffee.Конечно, если ваш набор данных содержит только структуры, ваше выравнивание становится структурным выравниванием.

> sp | P08246 | ELNE_HUMAN _P_ 1PPGE
> SP | P20160 | CAP7_HUMAN _P_ 1AE5
...
 

Подсказка

Файлы PDB, используемые в качестве шаблона, должны находиться в текущем каталоге, в противном случае вы должны объявить в файле шаблона полный путь, чтобы найти ваши шаблоны.

Running Expresso / 3D-Coffee

И Expresso (команда 1), и 3D-Coffee (команда 2) - это режимы T-Coffee, которые вы можете вызывать с флагом -mode ; соответствуют предустановленной конфигурации с параметрами по умолчанию.Выбор шаблона обозначается флагом -template_file , за которым следует либо PDB (означает, что BLAST будет работать удаленно на PDB), либо _SELF_P_ (означает, что идентификатор PDB является именем последовательности, поэтому нет необходимости запустите BLAST) или файл шаблона по вашему выбору. Как вы можете видеть в командах 1 и 2, SAP (sap_pair) является структурным выравнивателем по умолчанию, но вы можете выбрать альтернативные установленные выравниватели. Вы можете указать любую комбинацию методов с флагом -method , но по крайней мере один должен быть структурным выравнивателем (команда 3).Вы также можете указать локальные установки BLAST и PDB (команда 4) , что настоятельно рекомендуется, если вам нужны воспроизводимые результаты .

 Команда 1: два способа запуска Expresso
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -mode expresso
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -method sap_pair, slow_pair -template_file PDB

Команда 2: два способа запуска 3D-Coffee
$$: t_coffee three_pdb.fasta -mode 3dcoffee
$$: t_coffee three_pdb.fasta -method sap_pair, slow_pair -template_file _SELF_P_

Команда 3. Выбор собственных шаблонов и методов
$$: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -method mustang_pair, slow_pair -template_file \
    three_pdb_two_seq_pdb1.template_list

Команда 4: Запуск Expresso с использованием локального BLAST / PDB
##: t_coffee three_pdb_two_seq.fasta -mode expresso -blast = LOCAL -pdb_db =  \
    -pdb_type d -pdb_min_sim 95 -pdb_min cov 90 -cache $ PWD
 

Подсказка

По умолчанию структуры и структурные попарные выравнивания хранятся в вашем локальном ~ / .t_coffee / cache /, что позволяет Expresso работать быстрее, если вы повторно используете аналогичные структуры; вы можете выбрать, чтобы все эти файлы были прямо в вашем рабочем каталоге, используя -cache = $ PWD .Не забывайте время от времени очищать каталог кеша, иначе ваша папка будет становиться все больше и больше (аналогичный комментарий можно сделать для любого режима T-Coffee на основе шаблонов).

Параметры поиска шаблона

Чтобы использовать Expresso, у вас есть разные варианты - от полностью автоматизированной процедуры до индивидуальной процедуры, путем выбора либо ваших собственных структур, либо путем определения различных критериев для выбора шаблона. Вы можете получить исчерпывающий список в Технической документации T-Coffee (подраздел Режимы T-Coffee на основе шаблонов ), но наиболее важными параметрами для выбора шаблона являются следующие:

  • -pdb_type : тип структуры («d» для дифракции / XRAY или «n» ЯМР-структур или «е» ЭМ-структур)
  • -pdb_min_cov : минимальное покрытие между последовательностью запроса и шаблоном (от 0 до 100%)
  • -pdb_min_sim : минимальная идентичность между последовательностью запроса и шаблоном (от 0 до 100%)
Выравнивающие последовательности и структуры
Профиль последовательности смешивания и шаблоны структуры

Если вы хотите пойти дальше и быть еще медленнее, вы можете использовать точный режим, который объединяет профильную и структурную информацию.Если структура недоступна, шаблон будет профилем (аналогично PSI-Coffee, см. Подраздел Выравнивание профилей ). Вероятно, это один из наиболее точных способов выравнивания последовательностей, доступных в настоящее время, поскольку он пытается получить как можно больше информации.

 $$: t_coffee sample_seq1.fasta - режим точный
 
Выравнивание профиля с использованием структурной информации

Если у вас есть два профиля, которые нужно выровнять, идеальная ситуация - это когда каждый ваш профиль содержит одну или несколько структур.Эти структуры будут определять выравнивание профилей, даже если они содержат очень дистально связанные последовательности. Все, что вам нужно, это файл шаблона, в котором указано, какие последовательности имеют известную структуру. Если вы хотите только выровнять последовательности, вы можете попробовать:

 $$: t_coffee -profile = profile1_pdb1.aln, profile2_pdb2.aln -method sap_pair \
    -profile_template_file two_profiles.template_file
 
Использование прогнозов вторичной структуры

T-Coffee можно использовать для прогнозирования вторичных структур и трансмембранных доменов.Для предсказаний вторичной структуры текущая реализация может запускать GOR только для отдельных последовательностей или для группы гомологов, найденных BLAST.

Прогнозирование одной последовательности

Для прогнозирования вторичной структуры компания T-Coffee использовала программу газового фактора. В командной строке -template_file = SSP - это жестко запрограммированный режим, который запрашивает вычисление предсказанных вторичных структур. При таком использовании метод будет создавать для каждой последовательности вторичный файл прогноза ( .ssp ). GOR запускается на отдельных последовательностях с относительно низкой точностью, которую можно повысить, связав его с BLAST (команда 2). При этом прогнозы для каждой последовательности получают путем усреднения прогнозов GOR для каждого гомолога, как сообщает BLAST, против nr. По умолчанию BLAST выполняется удаленно в NCBI с помощью веб-службы BLASTPGP EBI. Трансмембранные структуры также могут быть выполнены просто или следуя той же предыдущей стратегии (команды 3 и 4).

 Команда 1:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file SSP

Команда 2:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSISSP

Команда 3:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file TM

Команда 4:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSITM
 
Включение предсказания в расклад

Можно использовать вторичный прогноз (команда 1) или прогноз трансмембранных доменов (команда 2), чтобы вознаградить выравнивание похожих элементов:

 Команда 1:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSISSP -method_evaluate_mode ssp -method \
    lalign_id_pair

Команда 2:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSITM -method_evaluate_mode tm -method \
    lalign_id_pair
 

Общий эффект очень грубый и может доходить до 30% превышения оценки, полученной при сопоставлении двух остатков в аналогичном состоянии вторичной структуры. Конечным следствием этого является то, что остатки в аналогичных предсказанных состояниях, как правило, легче выравниваются.

Подсказка

В этом случае флаг -метод может принимать только один единственный метод

Использование других предсказаний вторичной структуры

Если у вас есть собственные прогнозы, вы можете использовать их для запуска T-Coffee, предоставив собственный файл шаблона, в котором файл, содержащий прогноз вторичной структуры, объявлен вместе с последовательностью (с _E_).

 Команда:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file sample_seq1_ssp.template -method_evaluate_mode \
    ssp -method lalign_id_pair

Формат файла шаблона:
> hmgl_wheat _E_ hmgl_wheat.ssp
> hmgb_chite _E_ hmgb_chite.ssp
> hmgl_trybr3 _E_ hmgl_trybr3.ssp
...

Формат файла прогноза:
> hmgl_wheat
КлассCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCE
 
Вывод прогноза

Вы можете вывести цветную версию вашего выравнивания, используя предсказанную вторичную структуру или прогнозы трансмембранных областей:

 Прогноз вторичной структуры:
$ #: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSISSP -output sec_html

Прогноз трансмембранных регионов:
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -template_file PSITM -output tm_html
 

последовательностей РНК с использованием 2D и 3D структуры

Основное свойство последовательностей РНК - иметь вторичную структуру, которая может использоваться для проведения выравнивания. Хотя по умолчанию T-Coffee не имеет встроенного специального метода выравнивания РНК, мы разработали специальные режимы и инструменты для выравнивания и анализа РНК (более подробную информацию см. В подразделе Манипулирование последовательностями РНК ).

Последовательности РНК с использованием 2D-структуры (R-Coffee)
Введение

R-Coffee - это специальный режим T-Coffee, разработанный специально для обработки последовательностей РНК. Было доказано, что он намного точнее, чем T-Coffee по умолчанию, из-за его специфической конструкции. Его можно запустить как автономный выравниватель (с использованием прогнозирования вторичной структуры) или с помощью стороннего программного обеспечения.

R-Coffee: выравнивание последовательностей РНК с использованием вторичных структур

R-Coffee использует предсказанные вторичные структуры с помощью программного обеспечения RNApfold, чтобы улучшить выравнивание РНК.Запуск R-Coffee по умолчанию довольно прост (команда 1), но что касается T-Coffee, вы также можете указать предпочитаемые вами методы (команда 2):

 Команда 1: R-Coffee по умолчанию
$$: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee

Команда 2: выбранные методы R-Coffee
$$: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee -method lalign_id_pair, slow_pair
 
Улучшение R-Coffee

Мы предложили два режима для улучшения выравнивания R-Coffee: 1) использование наилучшего метода для последовательностей РНК (а именно Consan), 2) комбинирование многих методов для достижения большей надежности (RM-Coffee).

 Использование Консана (лучше всего):
$ #: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rcoffee_consan


Используя несколько методов:
$$: t_coffee sample_rnaseq1.fasta -mode rmcoffee
 

Подсказка

Чтобы узнать, лучше ли выравнивание РНК, чем другое, лучше всего визуализировать компенсаторные мутации вторичной структуры: посмотрите подраздел Манипулирование последовательностями РНК .

Последовательности РНК с использованием 2D и 3D структур (SARA-Coffee и RSAP-Coffee)

SARA-Coffee представляет собой выравниватель множественной РНК на основе структуры.Это новый алгоритм, который объединяет попарные выравнивания структуры РНК, выполняемые SARA, с структурой T-Coffee с множественными последовательностями. Поскольку настройка зависимостей SARA-Coffee (T-Coffee, SARA, X3DNA, Numpy, Biopython, Perl, Python 2.7) может быть сложной задачей, мы предоставляем автономную виртуальную машину Vagrant, которая загружает и настраивает все необходимое программное обеспечение для вас. . Эта процедура может быть сложной, и если вы не можете установить SARA, мы рекомендуем вместо нее использовать RSAP-Coffee (см. Следующий абзац).

RSAP-Coffee - это альтернативный экспериментальный вариант SARA-Coffee с использованием структурных выравнивателей белков.Он обрабатывает файлы РНК PDB таким образом, что атомы углерода C3 ’рассматриваются как C-альфа в белковой цепи. Эта процедура подходит для любого структурного выравнивателя белка, который учитывает только альфа-атомы углерода в основной цепи. По умолчанию rsapcoffee использует sap_aligner, который поставляется с дистрибутивом T-Coffee по умолчанию.

Примечание

SARA-Coffee и RSAP-Coffee используют очень похожую командную строку. На практике единственная разница заключается в использовании метода sa_pair вместо methiod sara_pair при буолдинге библиотеки T-Coffee.

Запуск SARA / RSAP-Coffee

Процедура аналогична Expresso / 3Dcoffee и требует предоставления файла шаблона в файлах PDB, сопоставленных с соответствующими последовательностями

> <Идентификатор Seq РНК> _P_ 
> <Идентификатор Seq РНК> _P_ 
...
 

Примечание

PBD может быть идентификатором PDB файла или файлом PDB. Файл может находиться либо в вашем домашнем каталоге, либо в месте, указанном переменной окружения PBD_DIR .Если вы используете идентификатор, T-Coffee сможет загрузить файл из RCSB.

Примечание

Если в вашем PDB SEQRES и ATOM дают другую последовательность, T-Coffee будет использовать последовательность, оцененную из ATOM. Если последовательность tghis не соответствует вашему FASTA, они будут согласованы с использованием процедуры выравнивания для установления эквивалентности остатков.

Затем вам нужно запустить

 $$: t_coffee t_coffee -seq rna3D.fa -mode rsapcoffee -template_file rna3D.template
 
или
$$: t_coffee t_coffee -seq rna3D.fa -mode saracoffee -template_file rna3D.template

По умолчанию RSAP-Coffee запускает только sap, но вы также можете запускать другие структурные методы, поддерживаемые T-Cofee. как Мустанг или TM-Align

 $ #: t_coffee  -mode rsapcoffee -method sap_pair, mustang_pair, TMalign_pair -template_file <файл шаблона>
 

Процедура по умолчанию предназначена для обработки множества файлов и последовательностей PDB. Все возможные пары последовательностей PDB выравниваются с использованием методов на основе структуры (структурная библиотека), а все возможные пары последовательностей (включая последовательности PDB) затем выравниваются с использованием режима R-Coffee (вторичная библиотека).Во вторичной библиотеке последовательности PDB выравниваются с использованием их экспериментально полученных вторичных структур, по оценке X3DNA. Обратите внимание, что если у вас есть только структуры, вы можете использовать следующие командные строки для выполнения строгого выравнивания последовательности на основе структуры:

 $$: t_coffee -seq rna3D.fa -method sap_pair -template_file rna3D.template
 

В этом случае последовательности PDB выравниваются с использованием экспериментального

Оценка точности выравнивания на основе структуры РНК

Можно использовать процедуру irmsd для оценки d-RMSD выравнивания последовательностей на основе шовного материала.

 $$: t_coffee -other_pg irmsd -aln rna3D_msa2.aln -template_file rna3D.template
 
Установка SARA-Coffee VM

Следуйте процедуре:

 1) Установите или обновите виртуальный ящик с https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads

2) Установите или обновите vagrant с: http://www.vagrantup.com

3) Клонируйте виртуальную машину sara-coffee (этот проект) в удобном месте
   ##: git clone https://github.com/cbcrg/sara-coffee-vm.git

4) Войдите в папку sara-coffee-vm и запустите vagrant
   ##: cd sara-coffee-vm /
   ##: бродяга
 

При первом запуске он автоматически загрузит виртуальную машину и все пакеты, необходимые для SARA-Coffee.Это может занять несколько минут, так что наберитесь терпения. Когда он загрузится и шаги настройки будут завершены, войдите в экземпляр виртуальной машины:

 1) Войдите в ВМ:
   ##: бродячий ssh

2) Зайдите в SARA-Coffee:
   ##: cd sara_coffee_package /

3) Запустите SARA-Coffee:
   ##: ./sara_coffee.sh <входной файл> <выходной файл>
 

Папка «/ vagrant /» используется совместно виртуальной машиной Sara-Coffee и вашим локальным компьютером. На вашем локальном компьютере это та папка, в которой вы запустили vagrant (т.е.е. Сара-кофе-ВМ). По завершении остановите виртуальную машину, используя команду vagrant halt или vagrant destroy , в зависимости от того, хотите ли вы временно остановить выполнение или навсегда удалить виртуальную машину со всеми ее файлами.

Образ Docker для SARA-Coffee

SARA-Coffee также распространяется в виде контейнера Docker. Это позволит вам запускать его без необходимости устанавливать и настраивать каждый отдельный пакет зависимостей. Если у вас установлен Docker, просто извлеките контейнер SARA-Coffee с помощью команды 1 и запустите SARA-Coffee с помощью команды 2:

.
 Команда 1: Вытащить контейнер для кофе SARA
##: docker pull cbcrg / saracoffee **.Команда 2: запустить SARA-Coffee
##: docker run -v $ PWD: $ PWD -w $ PWD cbcrg / saracoffee   **
 

Примечание

эта команда предполагает, что ваш входной файл находится в рабочем каталоге. Если это не так, вам нужно будет соответствующим образом смонтировать путь к входному файлу.

Выравнивание последовательностей ДНК

Выравнивание последовательностей ДНК
Методы

MSA не наилучшим образом подходят для выравнивания последовательностей ДНК. По возможности попробуйте использовать локальный пакет MSA, например, сэмплер Гиббса; тем не менее, если вы считаете, что ваша последовательность ДНК гомологична по всей длине, вы можете использовать T-Coffee.Теоретически программа автоматически распознает последовательности ДНК и использует соответствующие методы, но добавление флага -type = dna не может причинить никакого вреда…

 $$: t_coffee sample_dnaseq1.fasta -type = dna
 

Объявление типа (или его автоматическое обнаружение) запускает использование соответствующей матрицы подстановки в большинстве методов. Однако, если вы предпочитаете использовать свою собственную матрицу, используйте следующую команду, в которой вы должны заменить idmat своей собственной матрицей в формате BLAST.

 $$: t_coffee sample_dnaseq1.fasta -in Mcdna_fast_pair @ EP @ MATRIX @ idmat
 
Pro-Coffee: выравнивание функциональных участков ДНК

Pro-Coffee - это метод MSA, специально разработанный для промоторных областей или других ортологичных участков ДНК, содержащих функциональные элементы (например, энхансеры). Pro-Coffee учитывает корреляцию нуклеотидов ближайшего соседа при выравнивании последовательности ДНК. Для этого он сначала переводит последовательности в динуклеотидный алфавит, а затем выполняет выравнивание с использованием специально разработанной матрицы динуклеотидных замен.Эта матрица была построена на основе выравнивания сайтов связывания из базы данных Transfac. Тест на многовидовых данных ChIP-seq показывает, что проверенные сайты связывания будут лучше выровнены, чем при использовании стандартных методов. Запустить Pro-Coffee легко по умолчанию (команда 1), однако пользователь может эмпирически изменить все параметры зазора, чтобы улучшить MSA (команда 2). По умолчанию параметры были оптимизированы для тестов (GOP = -60 / GEP = -1), но, поскольку каждый набор данных отличается, вы можете убедиться в этом сами.После завершения выравнивания вы всегда можете использовать параметры переформатирования, чтобы извлечь интересующие области (команда 3).

 Команда 1: Pro-Coffee по умолчанию
$$: t_coffee -seq c18orf19.fa -mode procoffee

Команда 2: параметры Pro-Coffee
$$: t_coffee -seq c18orf19.fa -method promo_pair @ EP @ GOP @ -60 @ GEP @ -1

Команда 3: Извлечение регионов
$$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in c18orf19.aln -action + extract_block \
    'ENSG00000177150' 1852 1983> c18orf19_chipseq.aln
 

Подсказка

Если вы хотите получить более подробную информацию, мы предлагаем вам следовать подразделу Краткое руководство, Учебное пособие (практические примеры) , опубликованному в Nature Protocols (2011), или обратиться к исходной статье.

Варианты соединения

Варианты сращивания особенно сложны для большинства программ MSA, потому что варианты сращивания требуют очень длинных промежутков для вставки, и большинство программ пытаются сопоставить как можно больше символов. Стандартные программы, такие как ClustalW или MUSCLE, плохо справляются с этой ситуацией, и, по нашему опыту, единственные программы, которые могут что-то делать с вариантами склейки, - это те, которые используют локальную информацию, например, некоторые разновидности MAFFT и T-Coffee. Например, если вы попробуете мышцу на следующем наборе данных с помощью команды 1, вы быстро поймете, что ваше выравнивание не очень хорошее и не показывает, где совместно происходит альтернативное сращивание.С другой стороны, если вы используете T-Coffee (команда 2), все становится намного яснее. Причина, по которой T-Coffee работает лучше других пакетов, в основном потому, что он использует локальную информацию (lalign_id_pair) и, следовательно, менее чувствителен к длинным пропускам. Если режим по умолчанию не работает для вашего набора данных, вы можете попытаться быть немного более агрессивным и использовать только локальную информацию для вычисления вашей библиотеки (команда 3). Конечно, чем дальше отнесены ваши последовательности, тем сложнее выравнивание вариантов сплайсинга.

 Команда 1: использование MUSCLE
##: muscle -in sv.fasta -clw -out sv_muscle.aln

Команда 2: использование T-Coffee
$$: t_coffee sv.fasta

Команда 3: использование только локальной информации
$$: t_coffee sv.fasta -method lalign_id_pair
 
Шумные кодирующие последовательности ДНК…

Имея дело с кодирующей ДНК, правильнее всего сделать это - перевести последовательность ДНК и нанести ДНК на выравнивание белков, если вам действительно нужна ДНК. Однако иногда ваша кДНК может быть не настолько чистой, чтобы вы могли легко ее перевести (сдвиг рамки и т. Д.).В таких случаях попробуйте (без гарантии) следующий специальный метод. Тестовый пример в three_dna_seq.fasta содержит последовательности ДНК трех протеаз с парой сдвигов рамки здесь и там. Если вы выполните регулярное выравнивание этих последовательностей (команда 1), вы увидите, что многие промежутки имеют размер, не кратный 3 (размер кодона). При использовании соответствующего метода выравнивания, который учитывает все кадры одновременно, мы получаем нечто гораздо более значимое (команда 2). В конце вы даже можете восстановить исправленную последовательность белка (команда 3), используя специальную опцию + clean cdna , небольшую HMM, которая проходит через каждую последовательность и выбирает фрейм, чтобы максимизировать сходство в выравнивании (часть утилита seq_reformat ).

 Команда 1: Выравнивание по умолчанию
$$: t_coffee three_cdna.fasta

Команда 2: специальный режим для кДНК
$$: t_coffee three_cdna.fasta -method cdna_fast_pair

Команда 3: восстановление белковых последовательностей
$$: t_coffee -other_pg seq_reformat -in three_cdna.aln -action + clean_cdna + translate
 

Использование нескольких методов MSA одновременно

Одна из наиболее распространенных ситуаций при построении MSA - иметь несколько выравниваний, произведенных разными альтернативными методами, и не знать, какой из них выбрать.В этом разделе мы покажем вам, как использовать M-Coffee для объединения нескольких выравниваний в одно выравнивание или как вы можете указать только те методы, которые вам нужны. M-Coffee не всегда лучший метод, но обширные тесты на BAliBASE, PREFAB и HOMSTRAD показали, что он обеспечивает лучшее выравнивание в 2 случаях из 3. Если вы не хотите использовать методы, предоставляемые M-Coffee, вы можете также комбинируйте предварительно вычисленные выравнивания.

Использование стороннего выравнивателя через T-Coffee

T-Coffee устанавливается вместе со многими выравнивателями, необходимыми, например, для работы M-Coffee и многим другим.Если вы наберете t_coffee , он отобразит на экране различные параметры t_coffee и все включенные методы. Если вы посмотрите внимательно, вы увидите, что большинство методов существует под двумя номиналами: 1) _msa или 2) _pair . В первом случае это означает, что T-Coffee будет использовать указанный метод для запуска вашего MSA, поэтому вы можете легко выполнить выравнивание ClustalW или MAFFT с помощью T-Coffee. Во втором случае вы просите T-Coffee согласовать каждую пару последовательностей с указанными методами, окончательный MSA будет вычислен с использованием согласованности T-Coffee между всеми парами.Перейдите к Интеграция внешних методов в T-Coffee , если вам нужна дополнительная информация.

Использование всех методов одновременно: M-Coffee

Чтобы использовать M-Coffee (M означает Meta aligner), вам потребуется установить несколько пакетов (см. T-Coffee Installation и раздел Интеграция внешних методов в T-Coffee ). Если вы выполнили установку по умолчанию, все необходимое программное обеспечение должно быть там. M-Coffee - это специальный режим T-Coffee, который вы можете вызвать с помощью флага -mode mcoffee .Он выровняет вашу последовательность с помощью 8 различных выравнивателей: ClustalW, POA, MUSCLE, ProbCons, MAFFT, Dialing-T, PCMA и T-Coffee:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -mode mcoffee -output clustalw, html
 

Окончательный MSA представляет собой комбинацию всех методов. Выравнивание окрашено в цветовую схему согласованности T-Coffee, но в этом случае цвета будут отражать согласованность между методами: 1) области, выделенные красным, имеют высокую согласованность, поэтому все методы согласуются, и вы можете ожидать, что они будут довольно точными , 2) области, отмеченные зеленым / синим цветом, имеют самую низкую согласованность, что означает, что все методы обеспечивают различное выравнивание в этих областях, и вы не должны им доверять.В целом это выравнивание имеет оценку 951 (1000 - максимум), что означает, что оно примерно на 95% соответствует всей коллекции; это довольно высокий показатель, означающий, что вы можете доверять своему выравниванию.

Использование выбранных методов для вычисления вашего MSA

Использование 8 методов, предопределенных в M-Coffee, иногда может быть немного сложным, если вы хотите использовать только подмножество ваших любимых методов, вы должны знать, что каждый из этих методов доступен через флаг -method .Вы можете сделать любую комбинацию, какую захотите !!! Например, чтобы объединить MAFFT, MUSCLE, T-Coffee и ProbCons, вы можете использовать:

 $$: t_coffee proteases_small.fasta -method = t_coffee_msa, mafft_msa, probcons_msa, \
    Muscle_msa -output = HTML
 

Выравнивающие профили

Иногда лучше предварительно выровнять подмножество ваших последовательностей, а затем использовать это небольшое выравнивание в качестве эталона для добавления последовательностей (выравнивание последовательности с профилем) или даже для выравнивания нескольких профилей вместе, если ваше семейство белков содержит отдаленно связанные группы.T-Coffee содержит большинство возможностей, доступных в ClustalW для работы с профилями, и описанная здесь стратегия может использоваться для работы с большими наборами данных.

Последовательность (и) выравнивания по профилю (ам)

Предполагая, что у вас есть несколько выравниваний (sproteases_small.aln) или профилей, вот простая стратегия для выравнивания последовательности (ей) с вашим профилем (ами). Он может выравнивать переменное количество последовательностей от 1 до N с переменным количеством профилей от 1 до N: вы можете смешивать последовательности и профили в любой пропорции, которая вам нравится.

 Добавление одной последовательности в ваш MSA:
$$: t_coffee proteases_oneseq.fasta -profile proteases_small.aln

Добавление множества последовательностей ко многим профилям:
$$: t_coffee -profile = prf1.aln, prf2.aln, prf3.aln -outfile = Combined_profiles.aln
 

Предупреждение

Вы также можете использовать все методы, которые хотите, но помните, что при использовании внешних методов профили не всегда поддерживаются. Если это не так, он заменяется согласованной последовательностью, которая не будет такой точной. Методы, поддерживающие полную информацию профиля: lalign_id_pair, slow_pair, proba_pair, clustalw_pair и clustalw_msa.Все остальные методы (внутренние или внешние) рассматривают профиль как согласованный (менее точный).

Вычисление очень точных (но медленных) центровок с помощью PSI / TM-Coffee

PSI-Coffee в настоящее время является наиболее точным режимом T-Coffee, но также и самым медленным. Его принцип довольно прост: он связывает каждую последовательность с профилем гомологичных последовательностей, собранных с помощью BLAST в базе данных последовательностей (по умолчанию nr). Затем PSI-Coffee использует профили вместо исходных последовательностей для совмещения множественных профилей (команда 1).На последнем этапе ваши профили заменяются исходной последовательностью запросов из исходного набора данных и возвращают MSA ваших последовательностей. PSI-Coffee также может использовать сокращенную базу данных вместо nr (установленной локально), чтобы ускорить процесс. Специальный режим TM-Coffee существует с использованием PSI-Coffee, но специализируется на выравнивании трансмембранных белков с использованием сокращенной базы данных TM-белков, а также включает прогнозирование трансмембранных доменов с помощью флага -template_file PSITM (команда 2).Это намного быстрее, поскольку база данных поиска ограничена известным трансмембранным белком, однако он применяется только в особых случаях, в отличие от PSI-Coffee, который является общим методом. Вы можете найти больше информации о TM-Coffee здесь. Если вы хотите указать локальную версию BLAST и локальную базу данных по вашему выбору, просто добавьте в свою командную строку флаги -blast_server и -protein_db и соответствующие пути.

 Команда 1: PSI-Coffee
$$: t_coffee sample_seq1.fasta -mode psicoffee

Команда 2: TM-Coffee
##: t_coffee proteases_small.fasta -mode psicoffee -template_file PSITM -protein_db <база данных>
 

Предупреждение

PSI / TM-Coffee требует BLAST и базы данных для поиска; если у вас не установлен BLAST локально, он будет использовать BLAST по умолчанию для T-Coffee.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *