Добро пожаловать в Кабуто на озере Норман

СЕЙЧАС! Требуется маска для лица.

Без ужина, только на вынос во вторник, 14 сентября 2021 г.

МЫ ОТКРЫВАЕМ СТОЛОВУЮ

Пожалуйста, сделайте заказ из-за ограниченной вместимости, и мы не сможем принять посетителей

Нажмите ниже для онлайн-бронирования

НАШИ НОВЫЕ ЧАСЫ РАБОТЫ

Время ужина:

Понедельник: выходной

вторник-воскресенье: 16:30 – 21:00

Сделайте заказ онлайн или позвоните по телефону 704-655-0077, чтобы получить самовывоз.

Семейный пакет, специальный

ХИБАЧИ ВЕГЕТАРИАНСКИЙ $ 28

ХИБАЧИ КУРИЦА $ 35

ХИБАЧИ ЛОСОСЬ $ 35

15 ШТ КУРИЦА КАТАНА (Темпура) $ 35

* ХИБАЧИ СТЕЙК $ 45

КРЕВЕТКА HIBACHI $ 40

HIBACHI FILET $ 55

(Каждый набор обслуживает до 5 человек, он свежеприготовлен с нуля и полностью готов на нашей кухне с жареным рисом, чесночной лапшой, смесью брокколи, кабачков, лука и грибов.)

Садовый салат Кабуто

Курица – 15 долларов, стейк – 20 долларов, креветки – 17 долларов

(На выбор: соус ранчо, имбирь или креветочный соус, на 2 человек подается с романином и салатом, смешанными с капустой и морковью)

Или нажмите ниже, чтобы заказать он-лайн

Нажмите здесь, чтобы заказать

Примечание: убедитесь, что ваш заказ был принят, а не пропущен.

* Эти продукты готовятся на заказ. Употребление сырого или недоваренного мяса, птицы, морепродуктов или яиц может увеличить риск болезней пищевого происхождения, особенно если у вас есть определенные заболевания.

Глобальный филогенетический анализ для определения вида хозяина и географических зависимостей, присутствующих в эволюции гемагглютинина птичьего гриппа H9N2

Введение

Распространение вирусов птичьего гриппа (ВГП) является серьезной причиной беспокойства для здоровья животных и населения во всем мире; эти вирусы не только несут огромные экономические потери, но и создают реальную угрозу возникновения пандемии (Sorrell et al., 2009; Сюй и др., 2004; Ю. и др., 2011). Наблюдается усиление мониторинга вспышек заболеваний у диких и домашних птиц, а также у других потенциальных хозяев, таких как свиньи и люди, но у нас по-прежнему отсутствует скоординированная глобальная сеть эпиднадзора (Butler, 2012). Вирус гриппа A / H5N1 был в центре внимания международного мониторинга после серии недавних вспышек, но появление пандемического вируса A / h2N1 «свиного гриппа» в 2009 году показало, что другие подтипы также представляют серьезную угрозу для здоровья человека ( Cao et al., 2009). Были проведены эксперименты для определения точных факторов передачи вируса H9N2 от птицы человеку и капельной передачи вируса H9N2 (Sorrell et al., 2009).

Подтип H9N2 – это вариант AIV, обычно связанный с низкой патогенностью. Из-за фенотипа более низкой патогенности этого вируса сбор данных был очень спорадическим. Во время эпизоотии 1998–2001 гг. В Иране наблюдались вспышки H9N2 в стадах домашних птиц, приводившие к значительным экономическим потерям и высоким показателям смертности до 60% (Nili & Asasi, 2002).Также было показано, что этот подтип передается свиньям, хорькам и морским свинкам, а также людям в небольшом количестве случаев (Butt et al., 2005; Cheng et al., 2011; Lin et al., 2000; Lv. et al., 2012; Peiris et al., 1999; Wan et al., 2008; Xu et al., 2004; Yu et al., 2008; Zhang et al., 2009). Антитела к вирусу также были обнаружены при сероэпидемиологическом исследовании птицеводов (Pawar et al., 2012; Wang, Fu & Zheng, 2009). Эти межвидовые инфекции показывают, что в будущем вирус может представлять серьезную угрозу для здоровья человека.

Совместная циркуляция H9N2 с другими подтипами H5N1, H7N3, h2N1 и h4N2 привела к появлению новых реассортантных вирусов (Monne et al., 2013; Peiris et al., 2001; Sun et al., 2011). Было показано, что реассортированный вирус обладает повышенной вирулентностью (Iqbal et al., 2009; Marshall et al., 2013). Недавнее появление нового реассортантного вируса H7N9, содержащего внутренние гены вируса H9N2, является еще одним новым вирусом AIV у птиц, способным инфицировать людей со смертельным исходом.Однако в случаях реассортации от человека к человеку передача инфекции не была продемонстрирована (Watanabe et al., 2013).

Был проведен ряд недавних исследований эволюции AIV, в которых были учтены географические данные, доступные в результате глобального мониторинга гриппа (Fusaro et al., 2011; Haase et al., 2010; Lam et al., 2012; Wallace et al. , 2007). С ростом усилий по глобальному мониторингу и повсеместным использованием более дешевой технологии секвенирования ДНК произошло быстрое увеличение количества доступных последовательностей.Предыдущие филогенетические исследования гемагглютинина H9N2 были сосредоточены на последовательностях из одного места (Banks et al., 2000; Butt et al., 2010; Kim et al., 2006; Li et al., 2005; Song, Han & Chen, 2011; Xu et al., 2007a). Самым крупным предыдущим филогеографическим исследованием было исследование Fusaro et al. (2011), которые исследовали все сегменты вируса H9N2 с Ближнего Востока. В исследовании Фузаро были определены восемь географических регионов, охватывающих Ближний Восток, и использовались методы максимального правдоподобия для построения филогенетического анализа.Для оценки географического распространения клады использовались байесовские методы. Эта работа недавно была расширена, чтобы более подробно изучить эволюцию вирусов в Израиле и показать, что происходили последовательные интродукции из соседних стран (Davidson et al., 2014).

Крупномасштабный филогенетический анализ с использованием восьми сегментов вирусных генов из 571 полной геномной последовательности, собранных между 1966 и 2009 годами, был проведен Донгом и соавторами (2011). Географические детали не были в центре внимания этого исследования, поскольку целью было установить клональную структуру и генотипы, присутствующие в H9N2.Этот анализ выявил 74 линии и 98 генотипов, если принять во внимание повторный ассортимент, но они идентифицировали только 7 вариантов НА.

Исследования эволюции гемагглютинина h4N2 гриппа с использованием данных об эволюции антигена гриппа показали, как скорость эволюции может варьироваться между событиями отбора (эпохами) (Koelle et al., 2006; Smith et al., 2004; Thomas & Hertz , 2012; Wolf et al., 2006). Вагнер использовал это исследование, чтобы предложить примирение между селекционистскими и нейтралистскими взглядами в сетевой модели (Wagner, 2008).Модель Вагнера также показывает, что порядок, в котором происходят мутации, может влиять на выбор группы мутаций. Таким образом, случайный дрейф прерывается выборочными эпохами. Используя математические модели, Bedford, Rambaut & Pascual (2012) показали, что в A / h4N2 эволюция последовательности ограничена канализацией. Это согласуется с гипотезой Вагнера, если бывают моменты, когда дрейф ограничен, но случаются периодические всплески, когда организм покидает канализацию (Thomas & Hertz, 2012; Wolf et al., 2006).

Трудно оценить эффективность филогенетических моделей. Методы чувствительны к используемым измерениям расстояния, и это отражается на количестве сайтов, которые можно сравнивать, и количестве последовательностей в исследовании (Felsenstein & Felenstein, 2004). Клады должны быть монофилетическими, если они получены в результате дивергентной эволюции (Page & Holmes, 1998). Если линия является географической и специфичной для хозяина, то можно ожидать, что все последовательности, образующие кладу, будут иметь одинаковые ярлыки с точки зрения географии и вида, в котором они встречаются.Изменения одного основания или аминокислоты неоднозначны и могут быть продуктом либо дивергенции, либо конвергенции, но более крупные консервативные паттерны, особенно если они не являются последовательными в выравнивании последовательностей, являются хорошими индикаторами мутаций, которые ответственны за дифференциацию между кладами. Затем эти паттерны изменений можно изучить с точки зрения их влияния на структуру и функцию белка. В конечном итоге именно биологическая функция определяет, как отбор отвечает за дифференциацию клад.

Настоящее исследование представляет собой комплексный филогенетический анализ HA H9N2, который включает последовательности из всех географических регионов, где был зарегистрирован H9N2. Это исследование показывает, как виды-хозяева и географическое распределение сформировали эволюцию отдельных линий H9 HA. Это выявляет клады, которые зависят как от географического положения, так и от вида хозяина. На основе этого анализа могут быть сгенерированы новые гипотезы для более конкретных событий, таких как миграции или внутривидовые инфекции.

Материалы и методы

Полный набор последовательностей белка гемагглютинина H9N2 был загружен из NCBI 22 мая 2013 г. Поисковый запрос, использованный для поиска в базе данных белков, был гемагглютинин H9N2 . Последовательности были экспортированы в формате FASTA.

Полный набор нуклеотидных последовательностей гемагглютинина H9N2 был загружен из NCBI 9 сентября 2013 г. Используемый поисковый термин был (( гемагглютинин H9N2) НЕ предшественник) НЕ частичный .Последовательности были загружены в формате FASTA.

Набор данных для полного набора последовательностей корейского гемагглютинина H9N2 был загружен из NCBI 15 июня 2014 года. Используемый поисковый термин – (((H9N2 гемагглютинин) НЕ H5) Корея) .

После удаления длинных усечений (> 40 аминокислотных остатков), а также группы последовательностей, которые на самом деле были из других подтипов AIV, окончательный набор данных по белкам содержал 2045 последовательностей, окончательный набор данных по нуклеотидам содержал 1052 последовательности, из которых корейская нуклеотидная подгруппа содержал 64 последовательности.

Отредактированные наборы данных по белкам и нуклеотидам были затем разбиты на подгруппы на основе аннотаций последовательностей с использованием программы сопоставления коротких текстов, написанной на Perl. Данные были разделены на подмножества в зависимости от географического положения и вида-хозяина.

Географические подмножества были основаны на национальных границах, за исключением Китая, который был разделен на его регионы. Если в китайском регионе было 10 или менее последовательностей, филогенетический анализ не проводился. Национальные границы были определены как барьеры для передачи гриппа, поэтому они являются подходящими географическими подгруппами (Wallace & Fitch, 2008).Подмножество было создано для Северной и Южной Америки, включая всю североамериканскую и единственную южноамериканскую (аргентинскую) последовательность.

Созданы виды деревьев для кур, уток (в том числе кряквы), перепелов, фазанов и свиней. В прошлом создание видоспецифичных филогенетических деревьев не было обычной практикой, но в недавней статье Worobey, Han & Rambaut (2014) также использовался этот подход. Существует множество видов диких птиц, а также некоторые образцы окружающей среды, но они часто представлены только в единичных случаях, поэтому подмножества не создавались.

Весь анализ последовательностей и редактирование выполнялись в MEGA 5.2 на компьютере под управлением Windows 8. Последовательности как белка, так и гена были выровнены с использованием Muscle в пакете анализа последовательностей MEGA с использованием параметров по умолчанию (Edgar, 2004; Tamura et al., 2011).

Оценка модели была проведена для набора данных по белкам в MEGA. Этот анализ показал, что модель Джонса – Тейлора – Торнтона с гамма-распределением скоростей по участкам была лучшей моделью (Таблица S1) (Jones, Taylor & Thornton, 1992).Затем были построены филогенетические деревья для белковых последовательностей с использованием метода максимального правдоподобия в MEGA с использованием модели замещения JTT + G. Каждая модель была протестирована с 500 повторениями бутстрапов. Для облегчения расчетов использовалась эвристическая замена ближайшего соседа. Первоначальное дерево было создано с объединением окрестностей.

для соответствующего набора нуклеотидных данных показала, что модель замещения Тамура-Нея с гамма-распределением скоростей между сайтами была самой эффективной моделью (Таблица S2) (Tamura & Nei, 1993).Филогенетические деревья для последовательностей генов были построены с использованием метода максимального правдоподобия в MEGA с использованием модели замены TN93 + G. Модели были протестированы с 500 повторностями начальной загрузки. Меньшее количество последовательностей в наборе данных генов означало, что можно было рассчитать значения начальной загрузки для куриных деревьев, которые нельзя было вычислить в белковых деревьях.

Аминокислоты, ответственные за образование клады, определяли вручную с использованием просмотра выравнивания в MEGA.Этот вид показывает только аминокислотные изменения относительно консервативной последовательности, и поэтому речь идет о сканировании последовательностей в поисках замен, соответствующих различным кластерам.

Все деревья были представлены в виде кладограмм, а не филограмм, потому что исследование использует кладистический подход для анализа. Топология (порядок кластеров) является наиболее важным фактором в этом исследовании, а не расстояния между группами. Удаление данных о расстоянии, а также данных начальной загрузки с рисунков улучшает ясность диаграмм, но эта пропущенная информация доступна в Дополнительной информации 5, которая включает полный филогенетический анализ.

Результаты и обсуждение

Глобальный анализ филогенетического дерева нуклеотидов

Был проведен полный филогенетический анализ набора нуклеотидных данных. Вычислительные ограничения на память и скорость процессора делают невозможным выполнение полного анализа набора данных белков (тем более, что он содержит почти вдвое больше последовательностей). Краткое представление основных клад из глобального нуклеотидного дерева можно увидеть на рис. 1. Одно заметное отсутствие в глобальном нуклеотидном дереве – это последовательности перепелов.Они были опущены во время редактирования последовательностей для удаления усеченных последовательностей, в которых отсутствовали концы последовательностей. Вирус можно разбить на три основных кластера, обозначенных A, B и Main Chinese Clade. (Полное дерево можно найти на рис. S1.) Существует также небольшая клада (помеченная C), которая отделяется от корня дерева между кладами A и B. 2002. Эта топология согласуется с топологией из существующей литературы, за исключением того, что есть некоторые разногласия в идентификации линий передачи (Li et al., 2003; Пейрис и др., 2001; Перк и др., 2006; Ю. и др., 2008). Цзи использовал номенклатуру линии и под-линии, которая определила четыре линии и 2 под-линии, соответствующие Clade A (линии 9.1, 9.2 и 9.3), Clade B (под-линия 9.4.1) и основному китайскому Clade (под-линия 9.4.2). Хуанг и его сотрудники использовали систему именования клонов, основанную на прототипах Y439, TY WS 66, G1 и Y280 (Huang et al., 2010). Y439 и TY WS 66 (Турция, Висконсин, 1966) оба принадлежат к кладе A. G1 находится в кладе B, а Y280 находится в основной китайской кладе в Китае 1 1994–2010.Большое исследование Dong et al. (2011) идентифицировали HK / G1 / 97, BJ / 1/94, HK / 289/78, HK / AF157 / 92, KR / 96323/96, DE / 113/95 и WI / 1/66 как последовательности прототипов для разные линии HA. Линии G1 и WI / 1/66 хорошо известны и соответствуют Clade B и Clade A соответственно. BJ / 1/94 находится в той же группе, что и Y280, HK / 289/78, HK / AF157 / 92 и DE / 113/95 не включены в текущий набор данных из-за усечений, но есть подклассы для гонконгской утки. последовательности и последовательности корейской курицы, которые соответствуют HK / 289/78 и KR / 96323/96 соответственно.Это говорит о том, что возможно разделить кладу A на другие подклассы, но, учитывая ограниченное количество отобранных последовательностей, в настоящее время недостаточно доказательств для этого.

Рисунок 1: Филогенетический обзор.

Внутри основной китайской клады есть серия вложенных подклассов, помеченных как Китай 1–9, где аннотации следуют правильному порядку дат, за исключением клады 8.В кладе 8 есть единственная последовательность от курицы в регионе Шаньдун, собранная в 1999 году, что, вероятно, является исключением. Все остальные последовательности внутри клады относятся к 2003 г. и позднее, что согласуется с датами разделения для других подкладов. Возможно, что это пример конвергентной эволюции между недавними китайскими последовательностями и более ранним ветвлением филогенетического древа, но одной последовательности недостаточно для подтверждения этого. Альтернативное объяснение заключается в том, что это является результатом ошибки секвенирования, но это также маловероятно, учитывая большое количество оснований, которые должны быть неправильно идентифицированы (для выравнивания между последовательностями Шаньдун, G1, G9 / Y280, Wisconsin 1966 см. Рис.S2). Возможно, это может быть ошибка базы данных, но опять же это кажется маловероятным, учитывая происхождение и системы отслеживания в GenBank. В отсутствие ошибки базы данных и четкой эволюционной связи между этой одиночной последовательностью и остальной частью клады действительно можно найти доказательства неадекватной выборки последовательностей. Об этой вложенной структуре китайских последовательностей ранее сообщали Song, Han & Chen (2011).

Развернутое дерево (рис. S1) показывает, что географическая выборка не была систематической и проводилась спорадически и бессистемно.Есть разрывы в датах аннотаций последовательностей в некоторых кладах, однородных по местоположению. Пробелы в датах в аннотациях в конкретных местах, скорее всего, являются результатом неадекватной выборки, а не надежными доказательствами потери и последующего миграционного возвращения клады. Внимание к Китаю из-за вспышек H9N2 в стадах домашних птиц привело к очень плотному филогенетическому древу китайских последовательностей, что привело к искусственно ориентированному китайскому распределению на филогенетических деревьях.Есть только одна последовательность из Южной Америки, это результат эффекта выборки, а не отражение фактического распределения H9N2.

Clade A (рис. 2) соответствует инфекциям диких птиц, которые распространены по всему миру и включают примеры из Северной Америки, Южной Америки, Европы и Дальнего Востока. Это важная клада, поскольку она также содержит исходную последовательность гемагглютинина из подтипа H9N2, который был обнаружен у индейки в Висконсине в 1966 году. Эта клада также содержит ряд недавних последовательностей из Кореи, США и Европы, поэтому эта клада остается дошедший до нас.Топология этой клады не согласуется с топологией Кима и соавторов, которые построили дерево для регионов 1-1104 с использованием DNA Star (Kim et al., 2006). Полная последовательность для HA составляет более 1700 оснований, и здесь используется метод максимального правдоподобия, тогда как DNA Star использует менее надежный алгоритм генерации дерева UPGMA в ClustalW. В их дереве недавние корейские последовательности были размещены за пределами клады A и за последовательностями Y280 как отдельная клада. Значения начальной загрузки высоки для этой области дерева (> 99%), и она имеет географическую согласованность с остальной частью клады, поэтому топология, представленная в данной статье, скорее всего, будет правильной.

Рисунок 2: Clade A.

Clade B (рис. 3) содержит в основном ближневосточные последовательности, хотя есть несколько китайских последовательностей, которые образуют подкладу. Эта клада соответствует расширенной линии G1, используемой Fusaro et al. (2011) и Monne et al. (2013). Иран и Израиль – две страны, наиболее сильно представленные в этой кладе. Есть также ряд последовательностей с Аравийского полуострова и большая группа с Индийского субконтинента.

Рисунок 3: Clade B.

Структура подсистем Clade B показывает, что последовательности существенно эволюционировали от прототипа G1. Подклада прототипа G1 вымерла в Иране в 2004 году и в Израиле в 2007 году. На смену ему пришла новая под-линия (обозначенная как подкласс 725 на рис. 3), которая, по-видимому, произошла от кур в Иране в 1998 году. , хотя он обнаружен только в большом количестве иранских образцов после 2004 года.Эта суб-линия аналогична той, которая ранее была идентифицирована Fusaro et al. (2011) и Monne et al. (2013) (в своих статьях обозначен как кластер C). Существует подкласс с Индийского субконтинента, который возник в регионе Пенджаб / Харьяна в 2003 году. Существует связующий класс, который возник в Пакистане в 2004 году и затем распространился обратно в Иран в 2009 году. Последний подклад, по-видимому, возник в Аравийского полуострова в 2006 г. и соответствуют кластеру B по исследованиям Fusaro et al. (2011) и Monne et al.(2013). Затем эта под-линия распространилась на Израиль, а совсем недавно – на Египет. Это хорошо согласуется с предыдущими исследованиями происхождения египетского вируса (Abdel-Moneim, Afifi & El-Kady, 2012). Филогенетическое дерево показывает, что после первоначальной вспышки болезни в Египте в 2010 г. произошла заметная диверсификация последовательностей.

Клада C (рис. 4) – это китайская клада, датируемая между 1999 и 2001 годами. В филогенетическом анализе эта клада находится между кладой A и кладой B.Поскольку в кладе имеется лишь небольшое количество последовательностей, нет четкой закономерности в распределении последовательностей в китайских регионах, хотя, по-видимому, она возникла в провинции Гуандун в 1999 году. Поскольку последовательностей после 2002 года больше нет. кладу можно считать вымершей.

Рисунок 4: Clade C.

Первая китайская клада содержит линию передачи G9 / Y280 (рис.5). После запрета на продажу живых перепелов на рынках домашней птицы линия G1 исчезла из китайской птицы, оставив только линию G9 / Y280 (Choi et al., 2004). В исследовании Li et al. (2005) были указаны четыре линии G1, TY / WS / 66, Y439 и Beijing / 1/94, но в их выборке не было обнаружено никаких последовательностей из G1 или Y439. Конг и др. (2007) идентифицировали еще две линии внутри этой клады на основе антигенных исследований и нуклеотидных филогенетических деревьев. Они представлены последовательностями прототипов из Шанхая 1998 г. и генотипом свиньи.Эти линии охватывают лишь небольшое количество возможных подклад в пределах этой первой китайской клады (рис. 5). Поскольку с 2010 г. из этой клады не отбирались последовательности, возможно, что линия G7 / Y280 вымерла, но эта гипотеза не может быть подтверждена без более длительного периода отсутствия вирусов из этой клады.

Рисунок 5: Основная китайская кладовая.

Это исследование показывает серию новых клад, которые ранее не были идентифицированы и возникли в 1997 году в Пекине. Это также происхождение клады, обозначенной как China 2. Все последующие вложенные китайские клады связаны с этой пекинской последовательностью. Некоторые подклассы, такие как Китай 4, Китай 5 и Китай 6, также, по-видимому, вымерли, и поэтому есть веские доказательства последовательных избирательных охватов вирусной популяции.

Как обсуждалось ранее, индивидуальную необычную последовательность с 1999 г. в подклассе 8 Китая трудно объяснить.Это может свидетельствовать о значительном разнообразии последовательностей внутри этих вложенных клад, но из-за небольшого числа особей, несущих определенную последовательность, может потребоваться много времени, чтобы последовательность стала достаточно фиксированной в популяции, чтобы ее можно было найти путем спорадической выборки. Если это правда, то все клады, вероятно, имеют гораздо более раннее происхождение и до первого обнаружения проходит долгий период. Это вызывает некоторую озабоченность по поводу отслеживания эволюции потенциальных пандемических штаммов, поскольку они могут довольно широко циркулировать до того, как будут обнаружены впервые.

Клад анализ географических подмножеств

На основе глобального филогенетического дерева были идентифицированы три интересных географических подмножества; дерево для Кореи, потому что оно однородно для клады A, и деревья из Ирана и Израиля, поскольку они показывают последовательные волны последовательной эволюции в кладе B. Основная китайская клада имеет много интересных особенностей, но их трудно, если не невозможно, распутать и связно. объяснять из-за ограничений выборки в данных, где есть только небольшие числа из одних регионов, а затем большие числа из других.

И белковые, и нуклеотидные филогенетические деревья для Кореи показаны на рис. 6. Между двумя деревьями существует удовлетворительное согласие, но это еще раз подчеркивает проблемы отбора проб и возможные эффекты, которые это может иметь на филогенетическую реконструкцию. По нуклеотидному дереву заманчиво определить кладу, которая содержит только диких птиц и которая внезапно появилась в 2005 году, но этой клады нет в белковом дереве, и поэтому ее нельзя точно отнести. Есть также некоторые различия в топологии, окружающей случай свиного гриппа (отмечен красным ромбиком).Предыдущие исследования изучали эффект вакцинации, которая первоначально подавляла количество случаев, наблюдавшихся в 2008 году, до увеличения количества случаев в 2009 году (Park et al., 2011). Судя по представленным здесь деревьям, период после введения вакцинации действительно соответствует периоду диверсификации. Все корейские последовательности происходят из клады A, которая является самой длинной циркулирующей линией, и ранее она не показывала большого разнообразия последовательностей. Вакцинация, вероятно, повлияла на эволюцию гемагглютинина, что можно увидеть в кладе 2009–2010 гг. (Lee & Song, 2013).

Рисунок 6: Корейское филогенетическое дерево нуклеотидов и аминокислот.

Белковые и нуклеотидные филогенетические деревья для Израиля и Ирана показаны на рис. 7. В иранском дереве клада 1 представляет собой последовательность уток из клады А. Вот почему эта клада имеет самое глубокое происхождение внутри дерева, но не содержит самые ранние последовательности. Это показывает, что дикие птицы могут вводить другие линии в географический регион, где в настоящее время доминирует другая линия.

Рисунок 7: Филогенетические деревья нуклеотидов и аминокислот в Иране и Израиле.

Клады 2 и 5 иранского дерева – самые старые клады G1-подобной линии в этих регионах. Линия G1, по-видимому, возникла в Гонконге в 1997 году. Первоначальная клады G1 (клады 2) вымерли в 2003 году в нуклеотидном дереве и в 2005 году в протеиновом дереве, что указывает на избирательное распространение.Это событие совпадает с потерей сестринских Clades 1 и 2 в израильском протеиновом дереве и Clade 1 в нуклеотидном дереве. Эти клады были отнесены к кластеру A Fusaro et al. (2011) и Monne et al. (2013). Вторую G1-подобную кладу (кладу 5, обозначенную как подкладу 725 в глобальном филогенетическом дереве, Fusaro / Monne Cluster D) продолжали находить в Иране до 2009 года. Она не имеет эквивалента в израильских деревьях, которые, по-видимому, унаследовали G1-подобная линия, которая возникла на Индийском субконтиненте и затем распространилась на Аравийском полуострове (см. глобальное филогенетическое древо, рис.S1 и рис. 3, кластер B Фузаро и Монне) до того, как он был обнаружен в Израиле в 2006/2007 г. (клада 3 в нуклеотидном и белковом деревьях) и в Иране в 2009 году (клада 4 в деревьях белков и нуклеотидов). Недавняя статья показала, что на самом деле было несколько занесений H9N2 в Израиль из Иордании и с Аравийского полуострова (Davidson et al., 2014). Эта недавно представленная G1-подобная суб-линия, по-видимому, имела избирательное преимущество перед существующими вирусными G1-подобными суб-линиями, но это может быть подтверждено только будущим отбором образцов.Впоследствии эта новая под-линия распространилась из Израиля в Египет.

Анализ кладов специфических подмножеств хозяина

Интересными подмножествами видов-хозяев являются утки, перепела и свиньи. Утки важны как возможный переносчик вируса между географическими регионами и выступают в качестве резервуарного вида. Перепела также были связаны с ролью хозяина, что позволяло производить перераспределение и вирусную эволюцию. Наконец, свиньи важны из-за перекрывающейся специфичности сайтов гликозилирования вирусов свиней и человека, что предполагает, что они могут действовать как промежуточное звено для передачи человеку (Guo et al., 2005).

Существуют проблемы с интерпретацией деревьев перепелов из-за отсутствия последовательностей Шаньтоу в нуклеотидном дереве из-за частичного секвенирования (рис. 8). Шаньтоу был основным географическим местом вспышки H9N2 у перепелов в период с 2000 по 2005 год (Xu et al., 2007a; Xu et al., 2007b). Живых перепелов запретили продавать на китайских влажных рынках после того, как исследование показало связь с вирусом. В литературе было обнаружено, что к 2003 году это привело к исчезновению G1-подобной линии из Китая, но приведенные здесь данные показывают, что она все еще присутствовала у перепелов в регионе Шаньтоу до 2005 года (Choi et al., 2004). Деревья показывают, что перепела являются хозяевами для всех основных родов клады A, клады B (родословная, подобной G1) и основной китайской клады. Это подтверждает теорию о том, что перепел был видом-хозяином, ответственным за диверсификацию подтипа H9N2, особенно с учетом того, что исходная последовательность G-подобной линии, которая является прототипной последовательностью для клады B, была первоначально обнаружена у гонконгского перепела. (Хоссейн, Хикман и Перес, 2008 г.). Это также согласуется с эпохальной моделью вирусной эволюции, предложенной Вагнером (2008).Есть периоды нейтрального дрейфа, которые перемежаются событиями отбора. Здесь событие отбора – это формирование новой линии внутри другого вида-хозяина после длительного периода нейтрального дрейфа внутри клады A.

Рисунок 8: Филогенетические деревья квалификационных нуклеотидов и аминокислот.

Утки, подобные перепелам, являются хозяевами для клады A и основных вирусных линий китайской клады (рис.9). Существует только один пример последовательности клады B у уток, и поэтому они могут быть не очень эффективными носителями этого вируса или это может быть объяснено их географическим воздействием на эту линию (Perez et al., 2003). Утки вызывают беспокойство как вид-хозяин, поскольку они могут способствовать распространению этой линии на более широкий географический регион. В глобальном филогенетическом дереве последовательности уток часто сгруппированы с последовательностями перепелов, что свидетельствует о частой передаче между двумя хозяевами.

Рисунок 9: Филогенетическое дерево нуклеотидов утки.

Большинство случаев свиней относятся к основной китайской кладе последовательностей (рис. 10). Существует одна последовательность из Кореи 2004 г., которая принадлежит кладе А. Это важно для руководства, как мы отслеживаем вспышки заболеваний, поскольку показывает, что наиболее распространенная в географическом отношении клады также может вызывать инфекцию у свиней. Эпидемия свиного гриппа h2N1 возникла в Мексике, тогда как Китай был основным объектом наблюдения из-за частоты и предшествующей циркуляции вируса.Это также верно в отношении мониторинга H9N2, который сосредоточен на Юго-Восточной Азии, но показывает, что более широкий мониторинг важен для раннего обнаружения пандемий.

Рисунок 10: Филогенетическое дерево аминокислот свиней.

Не существует очевидной географической или временной закономерности заражения свиней, и есть множественные передачи между птицами и свиньями, которые дают дерево с множеством различных подклассов, обычно с небольшим числом членов. Это согласуется с тем, что не существует широкой циркуляции вируса среди свиней, что могло бы дать более крупный однородный кластер вирусов свиней из разных времен и мест из-за передачи от свиней к свиньям.Ранее пять аминокислотных изменений были идентифицированы как специфические для свиней, но ни одно из них не было консервативным в последовательностях свиней или даже в пределах одной свиной клады (Xu et al., 2004). Было выявлено несколько случаев мутации S145N, которая изменяет эпитоп антитела, но это снова спорадический характер (Ping et al., 2008).

Идентификация аминокислотных изменений, ответственных за образование клады

Рентгеновские кристаллические структуры доступны для гемагглютинина H9, что позволяет картировать аминокислотные изменения, ответственные за дифференциацию между различными кладами, на структуру (Ha et al., 2001; Ha et al., 2002). Область между аминокислотами 128 и 275 составляет субдомен рецептора. Этот домен отвечает за связывание с клеточной мембраной как часть вирусной инвазии. Стволовой домен состоит из первых 60 аминокислот на N-конце и последних 275 аминокислот на С-конце, из которых последние 221 отщепляются протеолизом белка-предшественника на консервативном аргинине с образованием второго пептида. цепь. Между этими доменами находятся остатки каталитического домена – рудиментарного домена фермента (Ha et al., 2002). Аминокислоты, характерные для четырех наиболее разных клад, приведены в таблице 1.

Различия аминокислот между кладами А и В по отношению к основной китайской кладе.

Было показано, что присутствие четырех ключевых аминокислот необходимо для капельной передачи вируса h283, A189, E190 и L226, которые соответствуют остаткам h291, A197, E198 и L234 в нумерации H9 (Sorrell et al., 2009 ).

Существует 17 аминокислот, которые различают кладу А и консенсусную последовательность, только три из них находятся в рецепторном домене, и поэтому большинство находится в стволовых доменах. Три мутации находятся в ферментативном домене, наиболее значимой из которых является замена серина в остатке 127 на аспарагин, поскольку он находится на границе домена, и это создает еще один потенциальный сайт гликозилирования.Изменения рецепторного домена – Q164H, R180E и T206A. Из них наиболее интересной является замена основной группы аргинина кислой глутаминовой кислотой, поскольку из-за изменения полярности ни одно из аминокислотных изменений не повлияло ни на сайты гликозилирования, ни на остатки, которые были идентифицированы как ключевые для передачи вирусных капель. . Только T8A был ранее идентифицирован как важное изменение, когда было показано, что он участвует в специфичности хозяина (Perez et al., 2003).

Есть 26 аминокислотных замен, которые отличают Clade B.Одиннадцать из этих изменений можно найти в субдомене рецептора. Многие изменения происходят между лейцином, изолейцином и валином. Это консервативные изменения, которые сохраняют гидрофобность аминокислоты, но изменяют стерические взаимодействия. Другая значительная часть изменений – это замены на треонин серина или валина. В рецепторном домене происходят три смены серина на треонин, и это может отражать измененную аффинность связывания для более крупного партнера по связыванию. Положение A168 ранее было идентифицировано как находящееся в процессе положительного отбора (Fusaro et al., 2011). Это подтверждается мутацией лейцина в этой кладе. Из ключевых аминокислотных изменений, необходимых для капельной инфекции, только мутация N191H является клад-специфичной.

Аминокислотные изменения, ответственные за дифференциацию между кладами, дают некоторую поддержку предыдущим исследованиям, которые пытались идентифицировать остатки, которые находятся в процессе отбора (Fusaro et al., 2011). Однако большинство специфичных для клады изменений ранее не было идентифицировано в литературе по эволюции антигенности (Kaverin et al., 2004; Skehel & Wiley, 2000). Аминокислоты, ответственные за гликозилирование, законсервированы на всех филогенетических деревьях, хотя некоторые из аминокислотных изменений вводят новые остатки аспарагина, которые могут быть новыми сайтами для гликозилирования (Guo et al., 2000; Zhang et al., 2004). Существует очень большое количество последовательностей с заменой L234, необходимой для капельной инфекции, но они не специфичны ни для одной из основных клад, и это показывает, что мутация возникала несколько раз.

Выводы

Базы данных последовательностей растут с гиперболической скоростью, и с секвенированием следующего поколения этот уровень, вероятно, сохранится в обозримом будущем. При работе с этими данными есть две проблемы. Первый – вычислительный, требующий улучшенных алгоритмов и реализаций, особенно по мере того, как мы переходим к более ресурсоемким методам анализа. Во-вторых, качество самого сбора данных. В настоящее время сбор данных не носит систематического характера, и это серьезно влияет на надежность моделей, которые могут быть построены.Выборка сильно смещена в сторону определенных географических регионов, примером которых является Китай, в то время как другие игнорируются (Африка и Южная Америка). Особенно проблематично наблюдение за дикими птицами. В тех случаях, когда были предприняты международные усилия, такие как исследование Европейского союза распространения H5N1 среди диких птиц, даже оно было неполным, поскольку данные по Испании и Восточной Европе не были полными, а данные по Франции и Германии были лишь частичными (Hesterberg et al., 2009). ).

Существуют также проблемы с частичными и усеченными последовательностями, поскольку их часто приходится исключать из анализа.Это становится менее серьезной проблемой, поскольку методы секвенирования становятся дешевле, а полные последовательности становятся более доступными.

Еще одна область, где необходимо значительно улучшить, – это качество аннотаций последовательностей в базах данных. Для эффективного филогеографического анализа важно, чтобы будущие данные были аннотированы как можно большим количеством географических данных, они должны включать координаты GPS и дополнительную информацию ГИС (географическая информационная система), включающая измерения среды обитания и урбанизации, было бы идеально (Scotch et al., 2011; Ясуэ и др., 2006).

В этой статье явно выделяются три различных основных клады; Clade A – подобен Висконсину, Clade B – подобен G1 и Главный китайский кластер – подобен Y280, но неясно, когда возникла новая линия передачи и когда они больше не будут «подобны» последовательностям прототипов. На уровне под-линии присвоение кластера и клад сильно зависит от выборки последовательностей, и это привело к некоторым конфликтам между различными назначениями в литературе.География является гораздо более сильным фактором, определяющим происхождение, чем птичий хозяин, который, по-видимому, обеспечивает гораздо более слабый барьер для распространения вируса. Однако существует определенный барьер между видами птиц и свиньями как хозяевами.

Анализ клады позволил понять функциональную и структурную эволюцию белка. Существует лишь ограниченное совпадение между остатками, идентифицированными в этом исследовании как важные для дифференциации клады, и остатками, идентифицированными как значимые в существующей литературе.Следовательно, существует необходимость в дальнейших исследованиях функциональности этих недавно идентифицированных аминокислотных изменений.

Дополнительная информация

Расширенное филогенетическое дерево

На этом рисунке все клады развернуты, чтобы показать листовые узлы.

Сопоставление необычной последовательности с прототипами трех линий гемагглютинина H9N2

Это выравнивание, произведенное с использованием clustalw для нуклеотидных последовательностей последовательности Шаньдун с 1999 г. с последовательностями-прототипами из трех ранее определенных линий.

Результаты модельных испытаний для оценки различных моделей аминокислотных замен, используемых для построения филогенетических деревьев

Результаты оцениваются с использованием байесовских информационных критериев, информационных критериев Акаике и логарифмической вероятности.

Результаты модельных испытаний для оценки различных моделей нуклеотидных замен, используемых для построения филогенетических деревьев

Результаты оцениваются с использованием байесовских информационных критериев, информационных критериев Акаике и логарифмической вероятности.

Содержит файлы сырых белков и нуклеотидных последовательностей в формате fasta

Существует два каталога: один для последовательностей белков, а второй – для нуклеотидных последовательностей. Есть также два файла MEGA, которые включают выравнивание нуклеотидов (файл .mas) и филогенетические деревья (файл .mts).

За 14 миллионов долларов владеть бывшим пентхаусом в Челси звезды «Закон и порядок: SVU» Мариски Харгитей

Звезда сериала «Закон и порядок: SVU» Маришка Харгитей продала свой невероятный пентхаус в Челси еще в 2008 году за 8 долларов.15 миллионов. Дуплекс, расположенный в знаменитом здании O’Neill Building (бывший универмаг Ladies ‘Mile под названием Hugh O’Neill’s Dry Goods Store), занимает площадь почти 5000 квадратных футов с дополнительными 2500 квадратных футов открытого пространства на трех террасах, одна из которых находится у одного из золоченых куполов здания; внутри, в куполе находится бонусная комната . В настоящее время резиденция принадлежит Эве Лабоз. Она купила его вместе со своим покойным мужем Морисом, который скончался в начале 2015 года, но был известным домовладельцем-миллионером.Он попал в заголовки газет за то, что оставил 20 миллионов долларов своим двум дочерям, но только в том случае, если они выполнили список требований, таких как выйти замуж, получить определенную зарплату и стать домохозяйкой. Несмотря на огромное состояние, которое он оставил после себя, семья явно хочет пополнить его, так как они выставили квартиру за 14 миллионов долларов.

На первом этаже стена из окон вдоль гостиной / столовой ведет на две большие главные террасы.На этом этаже также есть ультрасовременная кухня с отдельной комнатой для завтрака / семейной комнаты, бонусная комната в куполе (в настоящее время сконфигурированная со встроенными столами по периметру) и две спальни. Повсюду высокие потолки, недавно отремонтированные паркетные полы и вид на Эмпайр-стейт-билдинг и Крайслер-билдинг.

Наверху находится главная спальня с собственной террасой, гардеробными и большой ванной. Также здесь есть отдельная прачечная и большая индивидуальная кладовая.

Харгитей и ее муж Питер Херманн купили таунхаус в Верхнем Вест-Сайде за 10,7 млн ​​долларов, когда переехали из этого места.

[Листинг: 655 Sixth Avenue, PHB Роберта Фальконе из Дугласа Эллимана]

[В CityRealty]

СВЯЗАННЫЕ:

Фотографии любезно предоставлены Дугласом Эллиманом

Теги: 655 Sixth Avenue, дуплексы, Маришка Харгитай, пентхаусы

Окрестности: Челси

Краткий анализ Регламента (ЕС) № 655/2014, устанавливающего процедуру европейского приказа о сохранении учетной записи – Осборн Кларк

18 января вступил в силу Регламент № 655/2014.Настоящий Регламент устанавливает европейскую процедуру, которая позволяет кредитору получить Европейский приказ о сохранении счета с целью предотвращения перевода или снятия средств должником, что может поставить под угрозу последующее принудительное исполнение кредита.

Постановление 655/2014 (далее «Постановление 655/2014 ») применяется к денежным искам по гражданским и коммерческим делам в трансграничных делах. Трансграничные дела должны рассматриваться как существующие, если банковский счет, который должен быть сохранен, открыт в государстве-члене, отличном от государства-члена, в котором находится суд, рассматривающий заявку на постановление о сохранении, или место жительства кредитора.Кроме того, важно также учитывать, что данная процедура не распространяется на иски к должнику, в отношении которого возбуждено дело о банкротстве.

Заинтересованный кредитор может подать заявку на охранное поручение до начала разбирательства по существу вопроса или на любой стадии такого разбирательства. Точно так же Регламент 655/2014 также предлагает возможность подать заявку на это после того, как кредитор получит решение, судебное урегулирование или подлинный документ, требующий от должника погасить требование кредитора в государстве-члене.

Юрисдикция по изданию Европейского приказа о сохранности (далее «Постановление о сохранении ») принадлежит судам государства-члена, которое обладает юрисдикцией выносить решения по существу вопроса, за исключением случаев, когда аккредитив связан с соглашением о сохранности. должник заключил с кредитором в качестве потребителя. В этом случае юрисдикция выдавать охранный ордер принадлежит только судам государства-члена ЕС, в котором зарегистрирован должник. Однако, если должник уже получил решение или судебное решение, юрисдикция принадлежит судам государства-члена, в котором было вынесено решение.

Что касается процедурных шагов, есть три краеугольных камня, которые необходимо учитывать при подаче заявки на охранный ордер. Первая – это процедура ex parte , даже если суд может заслушать кредитора и его свидетелей. Второй отличительный аспект заключается в том, что Приказ о сохранении имеет прямое исполнительное действие. Это означает, что государство-член, в котором открыт банковский счет, не должно применять процедуру экзекватуры . Наконец, Регламент 655/2014 гласит, что те процедурные вопросы, которые специально не рассматриваются в этом Регламенте, регулируются законодательством государства-члена, в котором имеет место процедура.

Заявки на охранный ордер должны подаваться по стандартной форме, установленной в Постановлении 655/2014. Эта форма должна сопровождаться документами, в которых кредитор подтверждает наличие periculum в mora и fumus boni iuris . В дополнение к этим обязательным требованиям, Суд может попросить кредитора предоставить обеспечение в размере, достаточном для предотвращения злоупотребления процедурой и обеспечения компенсации за любой ущерб, который принятие постановления о сохранности могло бы причинить должнику.

Бесспорно, что с вступлением в силу Регламента 655/2014 будет активизироваться судебное сотрудничество между государствами-членами. Более того, это повысит эффективность правоприменения в европейском судебном пространстве, как по гражданским, так и по коммерческим делам.