116 фз статья 7: Статья 7. Технические устройства, применяемые на опасном производственном объекте
Статья 7. Технические устройства, применяемые на опасном производственном объекте
(в ред. Федерального закона от 04.03.2013 N 22-ФЗ)(см. текст в предыдущей редакции
)
1. Обязательные требования к техническим устройствам, применяемым на опасном производственном объекте, и формы оценки их соответствия указанным обязательным требованиям устанавливаются в соответствии с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании.
2. Если техническим регламентом не установлена иная форма оценки соответствия технического устройства, применяемого на опасном производственном объекте, обязательным требованиям к такому техническому устройству, оно подлежит экспертизе промышленной безопасности:
до начала применения на опасном производственном объекте;
по истечении срока службы или при превышении количества циклов нагрузки такого технического устройства, установленных его производителем;
при отсутствии в технической документации данных о сроке службы такого технического устройства, если фактический срок его службы превышает двадцать лет;
после проведения работ, связанных с изменением конструкции, заменой материала несущих элементов такого технического устройства, либо восстановительного ремонта после аварии или инцидента на опасном производственном объекте, в результате которых было повреждено такое техническое устройство.
3. Федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности могут быть предусмотрены возможность, порядок и сроки опытного применения технических устройств на опасном производственном объекте без проведения экспертизы промышленной безопасности при условии соблюдения параметров технологического процесса, отклонения от которых могут привести к аварии на опасном производственном объекте. Открыть полный текст документа
Ст 7 Закон Об Особых Экономических Зонах в РФ N 116-ФЗ
Статья 7. Органы управления особыми экономическими зонами
1. Разработка единой государственной политики в сфере создания и функционирования особых экономических зон и управление особыми экономическими зонами возлагаются на уполномоченный Правительством Российской Федерации федеральный орган исполнительной власти.
2. По решению руководителя уполномоченного Правительством Российской Федерации федерального органа исполнительной власти отдельные полномочия по управлению особыми экономическими зонами могут быть переданы на основании соглашения органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации либо переданы управляющей компании с учетом особенностей, предусмотренных настоящим Федеральным законом. Примерная форма соглашения о передаче полномочий по управлению особыми экономическими зонами органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации утверждается уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.
2.1. Соглашение о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации должно содержать следующие основные положения:
1) показатели эффективности функционирования особой экономической зоны в период действия соглашения о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации;
2) порядок осуществления уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти контроля за деятельностью органа исполнительной власти субъекта Российской Федерации;
3) порядок предоставления органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации в уполномоченный Правительством Российской Федерации федеральный орган исполнительной власти ежегодного отчета о результатах функционирования особой экономической зоны;
4) ответственность сторон соглашения о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации;
5) основания и порядок расторжения соглашения о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации.
2.2. В случае прекращения существования особой экономической зоны действие соглашения о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации прекращается.
2.3. Сведения о заключении соглашения о передаче полномочий по управлению особой экономической зоной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации, а также сведения об органе исполнительной власти субъекта Российской Федерации размещаются уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти на официальном сайте в информационно-телекоммуникационной сети “Интернет”.
2.4. Орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации раскрывает информацию о своей деятельности и об особой экономической зоне, находящейся у него в управлении, в информационно-телекоммуникационной сети “Интернет”.
3. Уполномоченный Правительством Российской Федерации федеральный орган исполнительной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации и организации, указанные в части 2 настоящей статьи, составляют единую централизованную систему управления особыми экономическими зонами (далее также – органы управления особыми экономическими зонами).
4. В целях координации деятельности федеральных органов исполнительной власти, исполнительных органов государственной власти субъекта Российской Федерации или исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации, исполнительно-распорядительного органа муниципального образования или исполнительно-распорядительных органов муниципальных образований, хозяйствующих субъектов по развитию особой экономической зоны, осуществления контроля за выполнением соглашения о создании особой экономической зоны, содействия в реализации проектов резидентов особой экономической зоны, проектов иных инвесторов, а также в целях рассмотрения и утверждения перспективных планов развития особой экономической зоны, осуществления контроля за реализацией этих планов создается наблюдательный совет особой экономической зоны.
5. В состав наблюдательного совета особой экономической зоны, как правило, входят представители уполномоченного Правительством Российской Федерации федерального органа исполнительной власти, представители исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации или представители исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации, представители исполнительно-распорядительного органа муниципального образования или представители исполнительно-распорядительных органов муниципальных образований, представители управляющей компании, представители резидентов особой экономической зоны и представители иных организаций, в том числе представители образовательных и научно-исследовательских организаций, осуществляющих деятельность в границах муниципального образования или границах муниципальных образований, на территориях которых расположена особая экономическая зона. Состав наблюдательного совета особой экономической зоны утверждается уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти либо органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации в случае передачи ему полномочий, предусмотренных частью 2 настоящей статьи.
6. Утратил силу. – Федеральный закон от 25.12.2009 N 340-ФЗ.
7. Полномочия наблюдательного совета особой экономической зоны определяются Положением о наблюдательном совете особой экономической зоны, утвержденным уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.
Другие статьи ФЗ «Об особых экономических зонах в РФ»
Статья 37.4. Учет товаров и отчетность о товарах при применении таможенной процедуры свободной таможенной зоны
Статья 12. Предмет и условия соглашения об осуществлении промышленно-производственной, технико-внедренческой, туристско-рекреационной деятельности или деятельности в портовой особой экономической зоне
Статья 16. Срок действия соглашения об осуществлении деятельности
Федеральный закон РФ «Об особых экономических зонах в Российской Федерации» N 116-ФЗ ст 7 (действующая редакция 2021)
К сожалению, запрошенный вами документ не найден. Возможно, вы ошиблись при наборе адреса или перешли по неработающей ссылке. Для поиска нужной страницы, воспользуйтесь картой сайта ниже или перейдите на главную страницу сайта. Поиск по сайтуКарта сайта
|
ООО “СПБ – XXI”
Выражаю Вам признательность и уважение, что Вы проявили интерес к новым технологиям для безопасного управления технологическими процессами, представляемыми ООО «СПБ-ХХI» – Системы Промышленной Безопасности – Технологии 21 века.
Компания является Генеральным Партнером в России и странах СНГ немецкой фирмы «HIMA Paul Hildebrandt GmbH + Co KG», мирового лидера по производству отказоустойчивых контроллеров для систем промышленной безопасности.
Опираясь на многолетний опыт по проектированию и внедрению систем ПАЗ на базе современных контроллеров американских и европейских производителей, мы разработали и применяем систематизированный, комплексный подход при проектировании Автоматизированных Систем Противоаварийной Защиты, используя нормы и правила международных стандартов безопасности IEC61508, DIN19250 и S.84.2, согласуя и расширяя применение правил Ростехнадзора, утвержденных в Российской федерации.
Наша компания проектирует и внедряет системы ПАЗ на базе оптимально подобранных структур контроллеров HIMA различных типов резервирования для обеспечения требуемой безопасности и непрерывности технологических процессов. Особое внимание мы уделяем задаче исключения человеческого фактора, как фактора аварийности на взрывоопасном производстве, добиваясь наивысших производственных показателей за счет применения специальных программ управления и защит.
Меняя старые релейные или микропроцессорные системы аварийного останова других производителей, которые отработали свой ресурс или несут техногенную опасность, мы внедряем Функциональные системы ПАЗ нового поколения, оснащая поставляемые системы современными контрольно-измерительными приборами и исполнительными механизмами повышенной надежности. Мы обеспечиваем системную интеграцию систем ПАЗ в любые типы Распределенных Систем Управления, как Российских так и Западных производителей.
Многие наши разработки востребованы для систем управления турбинами, компрессорами и для управления технологическими производствами и объектами жизнедеятельности человека, где требуется более высокий уровень надежности, быстродействия и функциональности электронных систем управления.
По Вашим запросам, в рамках программы повышения квалификации инженеров, мы проводим семинары и тематические курсы по Международным стандартам безопасности и основам проектирования Систем ПАЗ.
Являясь Российской компанией, мы внедряем лучшие мировые технологии для технологической безопасности в России и странах СНГ.
С уважением, Потехин Валерий Анатольевич
Генеральный Директор
ООО «СПБ-XXI»
Проводится набор в группы для обучения по системам HIMA
Документы – Правительство России
РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН
О промышленной безопасности опасных производственных объектов
Принят Государственной Думой 20 июня 1997 года
(В редакции федеральных законов от 07.08.2000 № 122-ФЗ, от 10.01.2003 № 15-ФЗ, от 22.08.2004 № 122-ФЗ, от 09.05.2005 № 45-ФЗ, от 18.12.2006 № 232-ФЗ, от 30.12.2008 № 309-ФЗ, от 30.12.2008 № 313-ФЗ, от 27.12.2009 № 374-ФЗ, от 23.07.2010 № 171-ФЗ, от 27.07.2010 № 226-ФЗ, от 27.07.2010 № 227-ФЗ, от 01.07.2011 № 169-ФЗ, от 18.07.2011 № 242-ФЗ, от 18.07.2011 № 243-ФЗ, от 19.07.2011 № 248-ФЗ, от 28.11.2011 № 337-ФЗ, от 30.11.2011 № 347-ФЗ, от 25.06.2012 № 93-ФЗ, от 04.03.2013 № 22-ФЗ, от 02.07.2013 № 186-ФЗ, от 31.12.2014 № 514-ФЗ, от 13.07.2015 № 233-ФЗ, от 02.06.2016 № 170-ФЗ, от 03.07.2016 № 283-ФЗ, от 22.02.2017 № 22-ФЗ, от 07.03.2017 № 31-ФЗ, от 29.07.2018 № 271-ФЗ, от 08.12.2020 № 429-ФЗ, от 11.06.2021 № 170-ФЗ)
Настоящий Федеральный закон определяет правовые, экономические и социальные основы обеспечения безопасной эксплуатации опасных производственных объектов и направлен на предупреждение аварий на опасных производственных объектах и обеспечение готовности эксплуатирующих опасные производственные объекты юридических лиц и индивидуальных предпринимателей (далее также – организации, эксплуатирующие опасные производственные объекты) к локализации и ликвидации последствий указанных аварий. (В редакции федеральных законов от 23.07.2010 № 171-ФЗ; от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
Положения настоящего Федерального закона распространяются на все организации независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности, осуществляющие деятельность в области промышленной безопасности опасных производственных объектов на территории Российской Федерации и на иных территориях, над которыми Российская Федерация осуществляет юрисдикцию в соответствии с законодательством Российской Федерации и нормами международного права. (В редакции Федерального закона от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
ГЛАВА I ОБЩИЕ ПОЛОЖЕНИЯ
Статья 1. Основные понятия
В целях настоящего Федерального закона используются следующие понятия:
промышленная безопасность опасных производственных объектов (далее – промышленная безопасность, безопасность опасных производственных объектов) – состояние защищенности жизненно важных интересов личности и общества от аварий на опасных производственных объектах и последствий указанных аварий; (В редакции Федерального закона от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
авария – разрушение сооружений и (или) технических устройств, применяемых на опасном производственном объекте, неконтролируемые взрыв и (или) выброс опасных веществ;
инцидент – отказ или повреждение технических устройств, применяемых на опасном производственном объекте, отклонение от установленного режима технологического процесса; (В редакции Федерального закона от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
технические устройства, применяемые на опасном производственном объекте, – машины, технологическое оборудование, системы машин и (или) оборудования, агрегаты, аппаратура, механизмы, применяемые при эксплуатации опасного производственного объекта; (Абзац введен – Федеральный закон от 19.07.2011 № 248-ФЗ)
вспомогательные горноспасательные команды – нештатные аварийно-спасательные формирования, созданные организациями, эксплуатирующими опасные производственные объекты, на которых ведутся горные работы, из числа работников таких организаций; (Абзац введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
обоснование безопасности опасного производственного объекта – документ, содержащий сведения о результатах оценки риска аварии на опасном производственном объекте и связанной с ней угрозы, условия безопасной эксплуатации опасного производственного объекта, требования к эксплуатации, капитальному ремонту, консервации и ликвидации опасного производственного объекта; (Абзац введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
система управления промышленной безопасностью – комплекс взаимосвязанных организационных и технических мероприятий, осуществляемых организацией, эксплуатирующей опасные производственные объекты, в целях предупреждения аварий и инцидентов на опасных производственных объектах, локализации и ликвидации последствий таких аварий; (Абзац введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
техническое перевооружение опасного производственного объекта – приводящие к изменению технологического процесса на опасном производственном объекте внедрение новой технологии, автоматизация опасного производственного объекта или его отдельных частей, модернизация или замена применяемых на опасном производственном объекте технических устройств; (Абзац введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
экспертиза промышленной безопасности – определение соответствия объектов экспертизы промышленной безопасности, указанных в пункте 1 статьи 13 настоящего Федерального закона, предъявляемым к ним требованиям промышленной безопасности; (Абзац введен – Федеральный закон от 02.07.2013 № 186-ФЗ)
эксперт в области промышленной безопасности – физическое лицо, аттестованное в установленном Правительством Российской Федерации порядке, которое обладает специальными познаниями в области промышленной безопасности, соответствует требованиям, установленным федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности, и участвует в проведении экспертизы промышленной безопасности. (Абзац введен – Федеральный закон от 02.07.2013 № 186-ФЗ; в редакции Федерального закона от 31.12.2014 № 514-ФЗ)
Статья 2. Опасные производственные объекты
1. Опасными производственными объектами в соответствии с настоящим Федеральным законом являются предприятия или их цехи, участки, площадки, а также иные производственные объекты, указанные в приложении 1 к настоящему Федеральному закону.
2. Опасные производственные объекты подлежат регистрации в государственном реестре в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации. (В редакции федеральных законов от 27.07.2010 № 226-ФЗ; от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
3. Опасные производственные объекты в зависимости от уровня потенциальной опасности аварий на них для жизненно важных интересов личности и общества подразделяются в соответствии с критериями, указанными в приложении 2 к настоящему Федеральному закону, на четыре класса опасности:
I класс опасности – опасные производственные объекты чрезвычайно высокой опасности;
II класс опасности – опасные производственные объекты высокой опасности;
III класс опасности – опасные производственные объекты средней опасности;
IV класс опасности – опасные производственные объекты низкой опасности.
(Пункт введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
4. Присвоение класса опасности опасному производственному объекту осуществляется при его регистрации в государственном реестре. (Пункт введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
5. Руководитель организации, эксплуатирующей опасные производственные объекты, несет ответственность за полноту и достоверность сведений, представленных для регистрации в государственном реестре опасных производственных объектов, в соответствии с законодательством Российской Федерации. (Пункт введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
Статья 3. Требования промышленной безопасности
1. Требования промышленной безопасности – условия, запреты, ограничения и другие обязательные требования, содержащиеся в настоящем Федеральном законе, других федеральных законах, принимаемых в соответствии с ними нормативных правовых актах Президента Российской Федерации, нормативных правовых актах Правительства Российской Федерации, а также федеральных нормах и правилах в области промышленной безопасности. (В редакции Федерального закона от 19.07.2011 № 248-ФЗ)
2. Требования промышленной безопасности должны соответствовать нормам в области защиты населения и территорий от чрезвычайных ситуаций, санитарно-эпидемиологического благополучия населения, охраны окружающей среды, экологической безопасности, пожарной безопасности, охраны труда, строительства, а также обязательным требованиям, установленным в соответствии с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании. (В редакции федеральных законов от 30.12.2008 № 309-ФЗ; от 19.07.2011 № 248-ФЗ)
3. Требования промышленной безопасности для объектов использования атомной энергии устанавливаются федеральными нормами и правилами в области использования атомной энергии, принимаемыми в соответствии с Федеральным законом от 21 ноября 1995 года № 170-ФЗ “Об использовании атомной энергии”. (Пункт введен – Федеральный закон от 30.11.2011 № 347-ФЗ)
4. В случае, если при проектировании, строительстве, эксплуатации, реконструкции, капитальном ремонте, консервации или ликвидации опасного производственного объекта требуется отступление от требований промышленной безопасности, установленных федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности, таких требований недостаточно и (или) они не установлены, лицом, осуществляющим подготовку проектной документации на строительство, реконструкцию опасного производственного объекта, могут быть установлены требования промышленной безопасности к его эксплуатации, капитальному ремонту, консервации и ликвидации в обосновании безопасности опасного производственного объекта. (В редакции Федерального закона от 07.03.2017 № 31-ФЗ)
Обоснование безопасности опасного производственного объекта, а также изменения, вносимые в обоснование безопасности опасного производственного объекта, подлежат экспертизе промышленной безопасности. Применение обоснования безопасности опасного производственного объекта без положительных заключений экспертизы промышленной безопасности такого обоснования и внесенных в него изменений (при их наличии) не допускается.
Обоснование безопасности опасного производственного объекта направляется организацией, эксплуатирующей опасный производственный объект, в федеральный орган исполнительной власти в области промышленной безопасности при регистрации опасного производственного объекта в государственном реестре. Изменения, внесенные в обоснование безопасности опасного производственного объекта, направляются организацией, эксплуатирующей опасный производственный объект, в федеральный орган исполнительной власти в области промышленной безопасности в течение десяти рабочих дней со дня получения положительного заключения экспертизы промышленной безопасности.
(Пункт введен – Федеральный закон от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
5. В целях содействия соблюдению требований промышленной безопасности федеральный орган исполнительной власти в области промышленной безопасности вправе утверждать содержащие разъяснения требований промышленной безопасности и рекомендации по их применению руководства по безопасности. (Пункт 5 введен – Федеральный закон от 03.07.2016 № 283-ФЗ)
Статья 4. Правовое регулирование в области промышленной безопасности
1. Правовое регулирование в области промышленной безопасности осуществляется настоящим Федеральным законом, другими федеральными законами, принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации, нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации, а также федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности. (В редакции Федерального закона от 19.07.2011 № 248-ФЗ)
2. Если международным договором Российской Федерации установлены иные правила, чем предусмотренные настоящим Федеральным законом, то применяются правила международного договора.
21. Решения межгосударственных органов, принятые на основании положений международных договоров Российской Федерации в их истолковании, противоречащем Конституции Российской Федерации, не подлежат исполнению в Российской Федерации. Такое противоречие может быть установлено в порядке, определенном федеральным конституционным законом. (Пункт введен – Федеральный закон от 08.12.2020 № 429-ФЗ)
3. Федеральные нормы и правила в области промышленной безопасности устанавливают обязательные требования к:
деятельности в области промышленной безопасности, в том числе работникам опасных производственных объектов, экспертам в области промышленной безопасности; (В редакции Федерального закона от 02.07.2013 № 186-ФЗ)
безопасности технологических процессов на опасных производственных объектах, в том числе порядку действий в случае аварии или инцидента на опасном производственном объекте;
обоснованию безопасности опасного производственного объекта.
Установление и оценка применения содержащихся в федеральных нормах и правилах в области промышленной безопасности обязательных требований осуществляются в соответствии с Федеральным законом от 31 июля 2020 года № 247-ФЗ “Об обязательных требованиях в Российской Федерации”. (В редакции Федерального закона от 11.06.2021 № 170-ФЗ)
(Пункт введен – Федеральный закон от 19.07.2011 № 248-ФЗ; в редакции Федерального закона от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
Статья 5. Федеральные органы исполнительной власти в области промышленной безопасности
1. Уполномоченный Правительством Российской Федерации орган государственного регулирования промышленной безопасности осуществляет:
функции по выработке и реализации государственной политики в области промышленной безопасности;
функции по нормативно-правовому регулированию в области промышленной безопасности;
разрешительные, контрольные и надзорные функции в области промышленной безопасности, за исключением функций, указанных в пункте 2 настоящей статьи.
(Пункт в редакции Федерального закона от 11.06.2021 № 170-ФЗ)
2. Федеральные органы исполнительной власти в сфере обороны, обеспечения безопасности, государственной охраны, внешней разведки, мобилизационной подготовки и мобилизации, исполнения наказаний:
осуществляют на объектах (в организациях), подведомственных им, специальные разрешительные, контрольные и надзорные функции в области промышленной безопасности;
согласовывают принимаемые ими нормативные правовые акты в области промышленной безопасности, а также координируют свою деятельность в указанной области с органом государственного регулирования промышленной безопасности.
(Пункт в редакции Федерального закона от 11.06.2021 № 170-ФЗ)
3. Полномочия федеральных органов исполнительной власти в области промышленной безопасности, предусмотренные настоящим Федеральным законом, могут передаваться для осуществления органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации постановлениями Правительства Российской Федерации в порядке, установленном Федеральным законом от 6 октября 1999 года № 184-ФЗ “Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации”. (Пункт введен – Федеральный закон от 13.07.2015 № 233-ФЗ)
(Статья в редакции Федерального закона от 22.08.2004 № 122-ФЗ)
ГЛАВА II ОСНОВЫ ПРОМЫШЛЕННОЙ БЕЗОПАСНОСТИ
Статья 6. Деятельность в области промышленной безопасности
1. К видам деятельности в области промышленной безопасности относятся проектирование, строительство, эксплуатация, реконструкция, капитальный ремонт, техническое перевооружение, консервация и ликвидация опасного производственного объекта; изготовление, монтаж, наладка, обслуживание и ремонт технических устройств, применяемых на опасном производственном объекте; проведение экспертизы промышленной безопасности. (В редакции федеральных законов от 18.12.2006 № 232-ФЗ; от 18.07.2011 № 243-ФЗ; от 29.07.2018 № 271-ФЗ)
Отдельные виды деятельности в области промышленной безопасности подлежат лицензированию в соответствии с законодательством Российской Федерации.
2. Обязательным требованием к соискателю лицензии для принятия решения о предоставлении лицензии на эксплуатацию опасных производственных объектов является наличие документов, подтверждающих ввод опасных производственных объектов в эксплуатацию, или положительных заключений экспертизы промышленной безопасности на технические устройства, применяемые на опасных производственных объектах, здания и сооружения на опасных производственных объектах, а также в случаях, предусмотренных статьей 14 настоящего Федерального закона, деклараций промышленной безопасности.
Лицензирующий орган не вправе требовать от соискателя лицензии представления указанных документов, если такие документы находятся в распоряжении лицензирующего органа, органов, предоставляющих государственные услуги, органов, предоставляющих муниципальные услуги, иных государственных органов, органов местного самоуправления либо подведомственных государственным органам или органам местного самоуправления организаций, за исключением документов, включенных в определенный Федеральным законом от 27 июля 2010 года № 210-ФЗ “Об организации предоставления государственных и муниципальных услуг” перечень документов. Лицензирующий орган самостоятельно запрашивает такие документы (сведения, содержащиеся в них) в уполномоченных органах, если заявитель не представил их по собственной инициативе.
Указанные документы могут быть представлены соискателем лицензии в форме электронных документов.
(Пункт в редакции Федерального закона от 01.07.2011 № 169-ФЗ)
(Статья в редакции Федерального закона от 10.01.2003 № 15-ФЗ)
Статья 7. Технические устройства, применяемые на опасном производственном объекте
1. Обязательные требования к техническим устройствам, применяемым на опасном производственном объекте, и формы оценки их соответствия указанным обязательным требованиям устанавливаются в соответствии с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании.
2. Если техническим регламентом не установлена иная форма оценки соответствия технического устройства, применяемого на опасном производственном объекте, обязательным требованиям к такому техническому устройству, оно подлежит экспертизе промышленной безопасности:
до начала применения на опасном производственном объекте;
по истечении срока службы или при превышении количества циклов нагрузки такого технического устройства, установленных его производителем;
при отсутствии в технической документации данных о сроке службы такого технического устройства, если фактический срок его службы превышает двадцать лет;
после проведения работ, связанных с изменением конструкции, заменой материала несущих элементов такого технического устройства, либо восстановительного ремонта после аварии или инцидента на опасном производственном объекте, в результате которых было повреждено такое техническое устройство.
3. Федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности могут быть предусмотрены возможность, порядок и сроки опытного применения технических устройств на опасном производственном объекте без проведения экспертизы промышленной безопасности при условии соблюдения параметров технологического процесса, отклонения от которых могут привести к аварии на опасном производственном объекте.
(Статья в редакции Федерального закона от 04.03.2013 № 22-ФЗ)
Статья 8. Требования промышленной безопасности к проектированию, строительству, реконструкции, капитальному ремонту, вводу в эксплуатацию, техническому перевооружению, консервации и ликвидации опасного производственного объекта
(Наименование в редакции федеральных законов от 18.12.2006 № 232-ФЗ; от 18.07.2011 № 243-ФЗ)
1. Техническое перевооружение, капитальный ремонт, консервация и ликвидация опасного производственного объекта осуществляются на основании документации, разработанной в порядке, установленном настоящим Федеральным законом, с учетом законодательства о градостроительной деятельности. Если техническое перевооружение опасного производственного объекта осуществляется одновременно с его реконструкцией, документация на техническое перевооружение такого объекта входит в состав соответствующей
Россия-РТН – ЦЕРИНС
Одобрение РТН «Разрешение на применение»
Утверждение RTN требуется для использования нижеперечисленного оборудования, относящегося к легковоспламеняющимся, взрывоопасным или промышленным опасным зонам, которые могут представлять опасность для человека и окружающей среды. Разрешение дает право конечному пользователю в России запускать указанное оборудование или разрешение на его эксплуатацию.
Однако после внесения степени № 22-ФЗ 04.03.2013 «О внесении изменений в Федеральный закон» действующая система выдачи разрешений РТН была упразднена с января.1,2014.
Вид ISEРостехнадзор
«Выполнение государственной функции по выдаче разрешений на применение технических устройств на опасных производственных объектах на основании и в соответствии с Федеральным законом от 21.07.1997 № 116-ФЗ« О промышленной безопасности опасных производственных объектов »Положением о Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору, утвержденная постановлением Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 401, в порядке и сроки, установленные Административным регламентом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору об исполнении Государственная функция выдачи разрешений на использование отдельных (типов) технических устройств на опасных производственных объектах, утвержденная Приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору от 29.02.2008 №112 (зарегистрировано в Минюсте России 19.03.2008 № 11363, далее – Положение).
Обращаем ваше внимание, что согласно пункту «6)» статьи 1 Федерального закона от 4 марта 2013 г. № 22-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон« О промышленной безопасности опасных производственных объектов »« Отдельными законодательными актами Российской Федерации и о признании утратившим силу подпункта 114 пункта 1 статьи 333.33 Налогового кодекса Российской Федерации «(далее – Федеральный закон №22-ФЗ) статьи 7 Федерального закона от 21 июля 1997 г. № 116-ФЗ» от 21 июля 1997 г. Промышленная безопасность опасных производственных объектов »внесены изменения в обязательные требования к техническим устройствам, применяемым на опасных производственных объектах, и форма оценки их соответствия указана обязательным требованиям, установленным в соответствии с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании, в данном случае в соответствии с В пункте 3 статьи 11 Федерального закона № 22-ФЗ указано, что изменение вступает в силу с 1 января 2014 года.”
ПРИМЕЧАНИЕ
С 2014 года ранее известные согласования РТН (Разрешение на применение) заменяются формой заключения экспертизы промышленной безопасности, введенной после Приказа Ростехнадзора No 538 от 14.11.2013 г. (зарегистрирован Минюстом России 26.12.2013 г., рег. № 30855). ISE (Экспертиза промышленной безопасности) – это в основном та же процедура, что и согласование RTN, поскольку ее основные понятия и правила обслуживания остаются такими, как указано в Федеральном законе № 116-ФЗ от 21.07.1997, за исключением того, что только изменения в ответственном органе переносятся из государственного министерства зарегистрированному эксперту.
Вид ISE Экспертиза промышленной безопасности| ТМС РУС
Согласно пункту 1 статьи 13 главы II Федерального закона от 21.07.1997 № 116-ФЗ «О промышленной безопасности опасных производственных объектов» экспертизе промышленной безопасности подлежат:
- документация на консервацию, ликвидацию опасного производственного объекта;
- документация на техническое перевооружение опасного производственного объекта в случае, если указанная документация не включена в проектную документацию такого объекта, подлежащего экспертизе в соответствии с законодательством о градостроительной деятельности;
- технических устройств, применяемых на опасном производственном объекте, в случаях, установленных статьей 7 Федерального закона от 28.07.2012 г.116-ФЗ от 21 июля 1997 г .;
- здания и сооружения на опасном производственном объекте, предназначенные для технологических процессов, хранения сырья или продукции, перемещения людей и товаров, локализации и ликвидации последствий аварий; Декларация промышленной безопасности
- , разработанная в составе документации на техническое перевооружение (если указанная документация не включена в проектную документацию опасного производственного объекта, подлежащего экспертизе в соответствии с законодательством о градостроительстве), консервации, ликвидация опасного производственного объекта или вновь разработанная декларация промышленной безопасности;
- обоснование безопасности опасного производственного объекта, а также изменения, внесенные в обоснование безопасности опасного производственного объекта.
ООО «ТМС РУС» имеет лицензию на право осуществления деятельности по экспертизе промышленной безопасности.
Порядок проведения экспертизы промышленной безопасности, требования к оформлению заключения экспертизы и требования к специалистам в области промышленной безопасности устанавливаются Федеральными нормами и правилами в области промышленной безопасности «Правила промышленной безопасности». Экспертиза », утвержденной приказом Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору.
Конституционно-правовые и административно-правовые аспекты нормативного регулирования и обеспечения общественной безопасности в Российской Федерации государством и частным лицом
использованная литература
[1] Агабалаев, М., Воронов, А. 2012. Административно-правовой режим в теории и практике обеспечения общественной безопасности в Российской Федерации. Москва: Изд-во Российской таможенной академии.
[2] Белорусов, В. 2005. Административно-правовой статус частных субъектов правоохранительной деятельности в Российской Федерации. Москва: Московский университет МВД России.
[3] Босхамжиева, Н.А. 2015. Административно-правовые основы обеспечения общественной безопасности в Российской Федерации. Москва: ЕДИНСТВО-ДАНА.
[4] Ермолович, Г. 2001. Добровольные ассоциации в США по борьбе с преступностью. Санкт-Петербург: Санкт-Петербургский университет МВД России.
[5] Фалалеев, М. 2009. Полиция призывает граждан к поддержанию общественного порядка. Российская газета – Федеральный выпуск 4864: 1.
[6] Хабриева Т., Чиркин В. 2005. Теория современной конституции. Москва: Издательство Норма.
[7] Кондрашов, Б. 1998. Общественная безопасность и административно-правовые средства ее обеспечения. Москва: Юрист.
[8] Козловский, А. 1998. Участие общественности в борьбе с правонарушениями. Москва: Московский юридический институт.
[9] Кунаков П.А. 2007. Участие субъектов гражданского общества в правоохранительной деятельности как форма проявления социально-правовой деятельности. Владимир: Владимирский юридический институт ФСИН.
[10] Макарейко, Н. 1996. Правоприменение как средство поддержания общественного порядка. Нижний Новгород: Нижегородский юридический институт.
[11] Редкоус В., Сергеев А. 2016. Вопросы взаимодействия правоохранительных органов и институтов гражданского общества в стратегии национальной безопасности Российской Федерации.Закон и право, 2: 154-156.
[12] Сапожников, А.И. 2006. Административно-правовой режим общественной безопасности. Москва: Российская юридическая академия. 198.
[13] Шкуркин, С.И. 2003. Административно-правовой статус неправительственных организаций по поддержанию общественного порядка. Москва: Академия управления МВД России.
[14] Стахов А.И. 2007. Административно-общественное обеспечение безопасности в Российской Федерации. Москва: Российская юридическая академия Минюста России.
[15] Тейлор Б. 2006. Правоохранительные органы и гражданское общество в России. Исследования Европы и арии, 2: 193-213.
[16] Терентьев, С.А. 2009. Правовые и организационные основы участия граждан в поддержании общественного порядка. Москва: Российская академия государственной службы при Президенте Российской Федерации.
[17] Воздушный кодекс Российской Федерации от 19 марта 1997 г. № 60-ФЗ (в редакции от 6 июля 2016 г.). 1997. Вестник законодательства Российской Федерации, 12: 1383.
[18] Гражданский кодекс Российской Федерации. Часть 1. 1994. Вестник законодательства Российской Федерации 32: 3301.
[19] Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях от 12 декабря 2001 г. № 195-ФЗ (в редакции от 22 ноября 2016 г.). 2002. Вестник законодательства Российской Федерации 1: 1.
[20] Концепция общественной безопасности Российской Федерации (утверждена Президентом РФ 14 ноября 2013 г. № Пр-2685). Доступно по адресу: http: // www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc&base=LAW&n=154602&fld=134&dst=1000000001,0&rnd=0.4405611397336948#0 (дата обращения: 11 декабря 2016 г.).
[21] Конституция Российской Федерации (принята всенародным голосованием 12 декабря 1993 г.). 2014. Вестник законодательства Российской Федерации, 31: 4398.
.
[22] Постановление Конституционного Суда РФ от 11 мая 2012 г. № 834-О Об отказе в рассмотрении жалобы гражданина Юсупова Ильгиза Абударовича на нарушение его конституционных прав. рядом норм Закона Республики Башкортостан «Об организации услуг пассажирского автомобильного транспорта общего пользования в Республике Башкортостан», а также частью 1 статьи 8.1 и часть 1 статьи 8.2 Кодекса Республики Башкортостан об административных правонарушениях. Доступно по адресу: http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=ARB;n=279892#0 (дата обращения: 11 декабря 2016 г.).
[23] Постановление Конституционного Суда Российской Федерации от 20 октября 2005 г. № 389-О об отказе в рассмотрении заявления гражданина Караваева Николая Петровича о нарушении его конституционных прав со стороны Статья 32 Закона Республики Адыгея «Об административных правонарушениях».Доступно по адресу: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/1254743/ (дата обращения: 11 декабря 2016 г.).
[24] Постановление Конституционного Суда Российской Федерации от 26 мая 2011 г. № 741-ОО об отказе в удовлетворении заявления о рассмотрении жалобы гражданина Смирнова Алексея Анатольевича на нарушение его конституционных прав со стороны Пункт 1 части 2 и пункт 2 части 3 статьи 12 Закона Московской области «Об организации услуг общественного транспорта в Московской области» и часть 2 статьи 12 Закона Московской области «Об административной ответственности за правонарушения в автомобильной и дорожной сфере» Электротранспорт в Московской области.Доступно по адресу: http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=ARB;n=203530#0 (дата обращения: 11 декабря 2016 г.).
[25] Постановление Конституционного Суда РФ от 17 октября 2006 г. № 484-О об отказе в рассмотрении жалобы гражданина Пальцева Дмитрия Юрьевича на нарушение его конституционных прав со стороны Статья 5 Закона города Москвы «Об административной ответственности за правонарушения в сфере потребительского рынка и услуг города Москвы».Доступно по адресу: http://www.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=ARB;n=38939#0 (дата обращения: 11 декабря 2016 г.).
[26] Федеральный конституционный закон № 3-ФЗС «О чрезвычайной ситуации» от 30 мая 2001 г. (с изменениями, внесенными 3 июля 2016 г.). 2001. Вестник законодательства Российской Федерации 23: 2277.
.
[27] Федеральный закон от 21 июля 1997 г. № 116-ФЗ «О промышленной безопасности опасных производственных объектов» (в редакции от 2 июня 2016 г.). 1997. Вестник законодательства Российской Федерации, 30: 3588.
[28] Федеральный закон от 27 декабря 2002 г. № 184-ФЗ «О техническом регулировании» (в редакции от 5 апреля 2016 г.). 2002. Вестник законодательства Российской Федерации, 52 (часть 1): 5140.
[29] Федеральный закон от 10 декабря 1995 г. № 196-ФЗ «О безопасности дорожного движения» (с изменениями, вступившими в силу 15 июля 2016 г.) (с изменениями от 3 июля 2016 г.). 1995. Вестник законодательства Российской Федерации, 50: 4873.
.
[30] Федеральный закон от 28 декабря 2010 г. № 390-ФЗ «Об обеспечении безопасности» (в редакции от 5 октября 2015 г.).2011. Вестник законодательства Российской Федерации, 1: 2.
.
[31] Федеральный закон от 7 февраля 2011 г. № 3-ФЗ «О полиции» (с изменениями, вступившими в силу 4 июля 2016 г.) (с изменениями от 3 июля 2016 г.). 2011. Вестник законодательства Российской Федерации, 7: 900.
.
[32] Федеральный закон № 3-ФЗ «О радиационной безопасности населения» от 19 января 1996 г. (в редакции от 19 июля 2011 г.). 1996. Вестник законодательства Российской Федерации, 3: 141.
[33] Федеральный закон № 44-ФЗ «Об участии граждан в обеспечении общественного порядка» от 2 апреля 2014 года. 2014. Вестник законодательства Российской Федерации, 14: 1536.
[34] Федеральный закон от 21 декабря 1994 г. № 69-ФЗ «О пожарной безопасности» (в редакции от 23 июня 2016 г.). 1994. Вестник законодательства Российской Федерации, 35: 3649.
.
[35] Федеральный закон № 7-ФЗ «Об охране окружающей среды» от 10 января 2002 г. (в редакции от 3 июля 2016 г.).2002. Вестник законодательства Российской Федерации, 2: 133.
.
[36] Постановление Правительства Москвы № 14-ПП «Об утверждении Положения о народной гвардии города Москвы» (в редакции от 22 января 2013 г.). 2003. Вестник Мэра и Правительства Москвы, 7.
.
[37] Постановление Правительства Москвы № 797-ПП «Об утверждении Правил пользования наземным общественным транспортом общего пользования (трамвай, троллейбусы, автобусы) в городе Москве» от 2 сентября 2008 г. (в редакции от марта 2008 г.) 1, 2016).2008. Ведомости Мэра и Правительства Москвы, 52.
[38] Закон Алтайского края № 12-ЗС «Об участии населения в поддержании общественного порядка в Алтайском крае» от 6 марта 2000 г. (в редакции от 27 мая 2011 г.). 2000. Собрание законодательства Алтайского края, 47 (67): 15.
.
[39] Закон Санкт-Петербурга № 760-95 «Об участии населения в поддержании общественного порядка в Санкт-Петербурге» от 8 ноября 2001 г. (в редакции от 15 декабря 2010 г.).2001. Вестник Законодательного собрания Санкт-Петербурга, 12.
.
[40] Закон города Москвы № 36 «О Народной гвардии города Москвы» от 26 июня 2002 г. (в редакции от 7 октября 2015 г.). 2002. Вестник Мэра и Правительства Москвы, 31.
.
[41] Закон города Москвы № 9 «Об участии жителей города Москвы в поддержании общественного порядка» от 28 марта 2001 г. (в редакции от 7 октября 2015 г.). 2001 г.Вестник Московской Государственной Думы, 5: 43.
[42] Постановление Правительства РФ № 1090 «О Правилах дорожного движения» (вместе с Основами выпуска транспортных средств и обязанностью должностных лиц доказывать безопасность дорожного движения от 23 ноября 1993 г. (в редакции от 10 сентября 2016 г.). 1993. Собрание указов Президента и Правительства РФ, 47: 4531.
.
[43] Указ Президента Российской Федерации № 683 «О стратегии национальной безопасности Российской Федерации» от 31 декабря 2015 года.2016. Вестник законодательства Российской Федерации 1 (часть II): 212.
[44] Затем Уголовный кодекс Российской Федерации № 63-ФЗ от 13 июня 1996 г. (в редакции от 22 ноября 2016 г.). 1996. Вестник законодательства Российской Федерации 25: 2954.
.
[45] Васильев, Д.В. 2005. Концепции организации деятельности полиции и возможности их использования в отечественной практике (на материалах США и некоторых стран Западной Европы). Москва: Академия управления МВД России.236.
[46] Ястребова, А. 2012. Конституционно-правовые основы деятельности неправительственных организаций в системе обеспечения общественного порядка в Российской Федерации. Москва: Российский государственный социальный университет. 209.
[47] Ястребова, А. 2016. К вопросам взаимодействия неправительственных организаций и органов полиции в сфере поддержания общественного порядка в Российской Федерации. Вестник Московского университета МВД России, 3: 91-95.
[48] Ястребова А. и др. 2016. Гражданские общественные организации в обеспечении общественного порядка и их роль в формировании гражданского общества. Журнал перспективных исследований в области права и экономики, 2 (16): 417-425.
Силикатное динамо в ранней Земле
Система
Наша система состоит из 1129 атомов семи различных элементов, относительные пропорции которых выбраны так, чтобы они точно соответствовали шести наиболее распространенным оксидным компонентам основной силикатной Земли (дополнительные рис.1 и 2, дополнительная таблица 1).
Моделирование молекулярной динамики
Наши модели молекулярной динамики основаны на теории функционала плотности в приближении PBEsol 29 в сочетании с методом + U 30 с U – J = 2,5 эВ, как в нашем Предыдущая работа 10,31,32 . Мы используем метод дополненной волны проектора 33 , реализованный в VASP 34 . Радиусы ядра и количество электронов, рассматриваемых как валентность для каждого элемента, перечислены в дополнительной таблице 1.Моделирование Борна – Оппенгеймера выполняется в каноническом ансамбле с использованием термостата Нозе – Гувера и выполняется в течение 6–10 пс с шагом по времени 1 фс. Мы выполняем спин-поляризованное моделирование, в котором разница в количестве электронов с восходящим и нижним спином фиксируется на высоком значении спина (в четыре раза больше количества атомов Fe), а также расчеты без спиновой поляризации. Мы предполагаем тепловое равновесие между ионами и электронами через функционал Мермина 35 . Было обнаружено, что выборки зоны Бриллюэна в гамма-точке и базисного ограничения энергии 500 эВ достаточно для сведения энергии и давления с точностью до 2 мэВ / атом и 0.2 ГПа соответственно. Наши предыдущие исследования 10,11 показывают, что наши моделирования хорошо сходятся в отношении числа атомов: в случае SiO 2 моделирования с 96 и 144 атомами не различались существенно по значению σ , в то время как в случае (Mg, Fe) O различия в σ между моделями, содержащими 128, 256 и 512 атомов, были менее 10%.
Электронная проводимость и плотность электронных состояний
Мы вычисляем электронную проводимость по формуле Кубо – Гринвуда 12 , реализованной в VASP, из серии не менее 10 некоррелированных снимков для каждого условия объема – температуры (дополнительный рис.2 \ delta (\ varepsilon _i – \ varepsilon _j – \ hbar \ omega)}}, $$
(1)
, где суммы относятся к зоне Бриллюэна и парам состояний соответственно, f – фермиевское заполнение, ψ – волновая функция, ε – собственное значение, ω – частота, а Ω – величина объем ячейки моделирования. В наших вычислениях функция δ заменена гауссовой шириной Δ, заданной средним расстоянием между собственными значениями, взвешенными соответствующим изменением функции Ферми 36 .Как поведение уравнения. 1 становится нефизичным для \ (\ hbar \ omega \, <\, \ Delta \), мы находим проводимость постоянного тока путем линейной экстраполяции к нулевой частоте.
Мы обнаружили, что сетка в k-точках 1 × 1 × 1 и 7200 электронных полос были достаточны для получения сходящихся значений электронной проводимости и электронной плотности состояний, выполнив вычисления при двойной выборке зоны Бриллюэна (2 × 2 × 2 k -точечная сетка) и большее количество электронных полос (10 200). Мы вычисляем плотность электронных состояний путем усреднения по 10 снимкам, хорошо отделенным во времени от траекторий молекулярной динамики.Мы используем производную по энергии функции Ферми – Дирака с температурой, равной ионной температуре, для сглаживания плотности состояний.
Ионная проводимость
Мы вычисляем ионную часть электропроводности в пределе постоянного тока на основе автокорреляционной функции электрического тока 13
$$ J (t) = \ mathop {\ sum} \ limits_ {i, j} {z_iz_j \ left \ langle {\ vec u_i (t + t_0) \ cdot \ vec u_j (t_0)} \ right \ rangle}, $$
(2)
как интеграл
$$ \ sigma _ {\ mathrm {{ion}}} = \ frac {{e ^ 2}} {{3kT \ Omega}} {\ int} {J (t) {\ mathrm {d}} t}. 3}} \ frac {{{\ mathrm {d}} a}} {{{\ mathrm {d}} t}}, $$
(6)
, где первое уравнение выражает взаимосвязь между эволюцией во времени внешнего радиуса базального магматического океана a и его температурой T L , где k – теплопроводность, T M – температура вышележащей твердой мантии, δ – толщина теплового пограничного слоя в основании вышележащей мантии, M и c – масса и изобарическая теплоемкость, соответственно, базального магматического океана (нижний индекс м ) и ядра (индекс c ), H – выработка радиоактивного тепла, ρ – плотность базального магматического океана, а Δ S – изменение энтропии при замерзании.Внутренний радиус базального магматического океана b считается границей ядро-мантия. Член в левой части – это полный поток тепла из базального магматического океана. В правой части представлены вклады, соответственно, от охлаждения базального магматического океана и ядра, производства радиоактивного тепла и скрытой теплоты замерзания. Второе уравнение выражает идеализированную фазовую диаграмму, определяемую линейной зависимостью температуры ликвидуса от массовой доли плотного компонента ξ , где T A и T B – плавление температуры концевого элемента легкого ( A ) и плотного ( B ) компонентов.Последнее уравнение является утверждением баланса массы, где Δ ξ = ξ L – ξ S – это обогащение жидкости плотным компонентом. Модель не учитывает рост внутреннего ядра, радиоактивный нагрев или выделение Mg в ядре.
Мы решаем уравнения с помощью метода Рунге – Кутты четвертого порядка и принимаем значения всех параметров, идентичные тем, которые приняты в исх. 16 , за исключением энтропии плавления, которую мы берем из наших предыдущих симуляций Δ S = 652 Дж / кг / K 37 (дополнительная таблица 2).Значение δ выбрано для получения современной температуры на границе ядро-мантия 4000 К.
Магнитное число Рейнольдса
Мы вычисляем магнитное число Рейнольдса базального океана магмы как
$$ R _ {\ mathrm {m}} = \ mu _0vL \ sigma, $$
(7)
, где μ 0 – проницаемость свободного пространства, L – толщина базального океана магмы, v – скорость потока, а σ – электропроводность.Мы берем значение L = a – b из модели тепловой эволюции (дополнительный рис. 4). Значение σ – это полная электропроводность, вычисленная в основании базального магматического океана и температура T L из модели тепловой эволюции (дополнительный рис.4) и уравнений для температурной зависимости σ el и σ ion приведены в подписи к рис. 1 в основном тексте.{1/3}, $$
(8)
, где q – полный тепловой поток из кровли базального магматического океана (дополнительный рис. {1/2}, $$
(11)
, где R mcore = 3500 – это магнитное число Рейнольдса сердечника, вычисленное в предположении, что горизонтальная скорость потока аналогична сегодняшней скорости потока сердечника, и D > 100 для создания магнитного поля.Следуя Зиглеру и Стегману, мы оценили R mcore , предположив, что горизонтальная скорость потока аналогична сегодняшней скорости потока ( v = 5 × 10 −4 м / с) 38 , проводимость, σ = 1,5 × 10 6 См / м 39 и L = 3500 км.
(주) 아트 그룹
Главная 인증 서비스 러시아 RTN 사용 허가RTN 사용 허가
Разрешение на использование от РТН
RTN 사용 허가 는 위험 산업군 으로 분류 에게 유해 하고 위험 을 초래할 수 있는 기계, 설비, 시설 에 대해 러시아 연방법 No.116-ФЗ, 21.07.1997 «Промышленная безопасность на опасных производственных объектах» 에 의거 요구 된 사용 허가 이다. RTN 사용 허가 는 러시아 최종 사용자 에게 관련 장비, 공장, 시설 이 연방법 에 의해 허가 를 받았음 을 의미 한다.
하지만 연방법 개정안 №22-ФЗ 04.03.2013 «О внесении изменений в Федеральный закон» 에 따라 기존 RTN 사용 허가 발급 제도 는 2014 년 1 월 1 일부로 폐지 되었다.
2014 년 부로 기존 Ростехнадзор 의 심사 를 거쳐 발급 되던 사용 허가증 은 등록 된 산업 Эксперт 가 진행 한 Эксперт промышленной безопасности 보고서 로 대체 된다.
ISE 바로 가기
Ростехнадзор 전문
«Выполнение государственной функции по выдаче разрешений на использование технических устройств на опасном производственном объекте на основании и в соответствии с Федеральным законом от 21.07.1997 № 116-ФЗ «О промышленной безопасности опасных производственных объектов» Положение о Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору, утвержденное постановлением Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 401 в порядке и сроки, установленные. Административным регламентом Федерального экологического, технологического и атомного надзора об исполнении государственной функции по выдаче разрешений на использование отдельных (типов) технических устройств на опасных производственных объектах, утвержденным приказом Федеральной службы по экологическим, технологическим и атомным технологиям. Надзор за 29.02.2008 №112 (зарегистрировано в Минюсте России 19.03.2008 № 11363, далее – Положение).
Обращаем ваше внимание, что согласно пункту «6)» статьи 1 Федерального закона от 4 марта 2013 г. № 22-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон« О промышленной безопасности опасных производственных объектов »отдельные законодательные акты Российской Федерации и о признании утратившим силу подпункта 114 пункта 1 статьи 333.33 Налогового кодекса Российской Федерации «(далее – Федеральный закон №22-ФЗ) статьи 7 Федерального закона от 21 июля 1997 г. № 116-ФЗ» о промышленных безопасности опасных производственных объектов »внесены изменения в обязательные требования к техническим устройствам, применяемым на опасных производственных объектах, и форма оценки их соответствия указана обязательным требованиям, установленным в соответствии с законодательством Российской Федерации о техническом регулировании, в данном случае в соответствии с п. 3 статьи 11 Федерального закона № 22-ФЗ указано, что изменение вступает в силу с 1 января 2014 года.”
границ | Применение одноклеточной омики в иммунологии опухолей
Введение
Микроокружение опухоли (TME) представляет собой сложную экосистему, состоящую из множества различных типов клеток, включая опухолевые клетки, иммунные клетки и многие другие. Все эти клетки тесно связаны между собой и взаимодействуют друг с другом. Гетерогенная среда TME вызывает различные паттерны прогрессирования различных видов рака и приводит к разным ответам на лечение у разных пациентов (1).Среди них могут варьироваться уровни инфильтрации Т-клеток, поляризация ассоциированных с опухолью макрофагов (ТАМ), тем самым по-разному влияя на прогноз пациентов, экспрессию PD-1 и PD-L1 в TME, мутационные ландшафты и Лекарственные реакции злокачественных клеток также могут быть разными у разных пациентов, что связано с различной эффективностью терапии блокадой иммунных контрольных точек (ICB) (2–4).
Предыдущие исследования геномного, транскриптомного и протеомного рака помогли разработать несколько видов терапии с мутационными или молекулярными мишенями и повысить эффективность лечения у разных пациентов (5).Однако клинические преимущества этих целенаправленных методов лечения все еще ограничены. Лишь небольшая группа пациентов поддается лечению, что вызывает растущую потребность в использовании более точных методов анализа характеристик отдельных пациентов для разработки более эффективных методов лечения рака, особенно индивидуализированной иммунотерапии опухолей.
В этом обзоре мы представляем современные технологические достижения одноклеточной омики и обсуждаем соответствующие вычислительные методы для анализа одноклеточных данных и их применения в исследованиях рака.Все это дополнительно вдохновляет и направляет разработку и применение одноклеточных методов в фундаментальных и трансляционных клинических исследованиях рака.
Развитие одноклеточных технологий
Развитие методов выделения, индексации и секвенирования одноклеточных позволяет проводить углубленное профилирование среды опухоли из различных клеточных масштабов с чрезвычайно большими размерами (6). На основе одиночных омиков также были разработаны методы интегрированного омика для одновременного обнаружения различных омиков, включая геномную, транскриптомную, протеомную и пространственную информацию отдельных клеток (7).Несмотря на множество проблем, которые еще предстоит решить, эти методы оказались очень эффективными в раскрытии клеточной основы гетерогенного микроокружения опухоли и значительно расширили наше понимание рака и иммунологии опухолей во многих аспектах. На этом занятии мы представляем технические детали одноклеточных методов, применяемых для понимания микросреды опухоли (рис. 1).
Рис. 1 Обзор методик одноклеточного омика. (A) Обзор систем одноклеточной цитометрии, включая проточную цитометрию с флуоресцентно-меченными антителами для единичных изолированных клеток (слева), массовую цитометрию с изолированными отдельными клетками антителами, конъюгированными с изотопами металлов (в центре), и массовую цитометрию с визуализацией с использованием антитела, конъюгированные с изотопами металлов, помеченные на тканях (справа). (B) Обзор двух канонических платформ scRNA-seq, включая методы scRNA-seq на планшетах с отсортированными клетками со штрих-кодом в каждой лунке (слева) и метод scRNA-seq на основе капель, отдельные клетки были штрих-кодами в отдельных каплях (Правильно). (C) Обзор методов мультиомности одной клетки, включая подготовку библиотеки для геномного, эпигеномного, протеомного и пространственного индексирования с транскриптомом отдельных клеток одновременно.
Массовая цитометрия и визуализация Массовая цитометрия
Проточная цитометрия, как широко используемый метод мечения и сортировки отдельных клеток, облегчила понимание клеточного состава и разнообразия в различных тканях (8), но ее спектральное перекрытие между соседними каналами ограничивает количество обнаруженных маркеров и неспособность раскрыть многие функционально важные подмножества клеток (9).Чтобы преодолеть эту проблему, была разработана массовая цитометрия, также называемая цитометрией по времяпролетной масс-спектрометрии (CyTOF) с более конкретным канальным сигналом (10, 11). CyTOF использует изотопы редких элементов, чтобы заменить обычно используемый флуорохром для конъюгирования моноклональных антител (mAb) в проточной цитометрии. Этих изотопов обычно не существует в клетках, а чистота изотопов редких элементов и их точное обнаружение с помощью масс-спектрометрии значительно увеличивают обнаруживаемый размер отдельной клетки до более чем 100 маркеров теоретически, а из-за технических ограничений мечения изотопов на mAb, количество маркеров на отдельных ячейках на сегодняшний день может достигать только 45 (10–12).Между тем, CyTOF уже продемонстрировал свою мощность и точность по сравнению с проточной цитометрией при профилировании клеток при применении для анализа свежих и замороженных РВМС или опухолевых тканей на уровне отдельных клеток (13). К сожалению, CyTOF нельзя использовать для сортировки клеток, а его пропускная способность в 25-50 раз ниже, чем у проточной цитометрии из-за дополнительных затрат времени на количественное определение изотопов (8).
Помимо профилирования гомогенно окрашенных отдельных клеток, выделенных из образцов тканей, была разработана визуализация CyTOF для профилирования пространственной информации клеток в целевой ткани (14).Подобно многоцветному иммунофлуоресцентному окрашиванию, визуализация CyTOF может одновременно обнаруживать более 30 типов изотопов редких элементов, конъюгированных с антителами для окрашивания срезов тканей. Лазер высокого разрешения используется для абляции целевого среза ткани точка за точкой, а ионизированные элементы направляются в ИСП-МС для измерения изотопов. Наконец, изображение ткани большого размера реконструируется путем интеграции субклеточной пространственной информации каждой точки на образце ткани (14).
Более того, CyTOF также может использоваться для количественной оценки эпигенетической модификации (например, фосфорилирования, модификации гистона) (15), транскриптов (16) и антиген-специфических Т-клеток (17) на уровне отдельных клеток с помощью обозначенных mAb. которые нацелены на хроматиновые метки, анализ лигирования для РНК и мультиплексное окрашивание пептид-главный-комплекс гистосовместимости (pMHC) -тетрамер для антиген-специфических Т-клеток, соответственно, что позволяет комплексно исследовать клеточную функциональность в многопрофильной манере.
Секвенирование одноклеточной РНК
Были разработаны и быстро развивались методы профилирования одноклеточного транскриптома для преодоления ограниченных маркеров, обнаруживаемых на отдельных клетках с помощью CyTOF, улучшения разрешения отдельных клеток при традиционном групповом секвенировании РНК (RNA-seq), и идентифицировать редкие клеточные популяции и их функциональную динамику на транскриптомном уровне (18). Первый опубликованный метод секвенирования одноклеточной РНК (scRNA-seq) успешно обнаружил на 5270 генов больше в одном бластомере по сравнению с анализом на микроматрицах с использованием сотен бластомеров, что позволило точно охарактеризовать полнотранскриптом на уровне одной клетки (19).А интеграция «клеточно-специфичных штрих-кодов» в синтезированные последовательности кДНК (20, 21) позволила повысить производительность scRNA-seq с нескольких сотен клеток до тысяч клеток.
Протоколы множественных scRNA-seq или sc-nucleus RNA-seq были разработаны для увеличения масштаба, чувствительности или точности количественной оценки транскриптома одной клетки (22). Эти методы можно разделить на платформы на основе планшетов и микрожидкостные. Для платформы на основе планшетов типичным методом является Smart-seq, который в настоящее время модернизирован до Smart-seq3 третьего поколения (23).В Smart-seq3 5 ’уникальный молекулярный идентификатор (UMI) интегрирован в полноразмерную кДНК для подсчета транскриптов, что обеспечивает точную количественную оценку изоформ транскриптов. Другие платформы на основе планшетов, такие как экспрессия клеток путем линейной амплификации и секвенирования (CEL-seq2) и массивно-параллельное секвенирование одноклеточной РНК (MARS-seq2), интегрируют систему Fluidigm C1 или робота для обработки жидкостей для повышения качества данных и соответственно снизить трудозатраты (24, 25). Применение микрожидкостной системы на основе шариков резко подтолкнуло область к действительно высокопроизводительной области для микрожидкостной платформы.В одном эксперименте микрофлюидная система может улавливать 3 000 ~ 10 000 капель, каждая из которых инкапсулирует одну клетку и одну гранулу, несущие специфические праймеры со штрих-кодом ДНК (26–28). Затем транскрипты в отдельных каплях фиксируются, обратным образом транскрибируются и кодируются штрих-кодами ячеек и UMI. Эти процедуры хорошо заменяют этапы сортировки клеток на основе одной лунки и создания библиотеки в платформе на основе планшетов и значительно увеличивают количество обнаруживаемых отдельных клеток в каждом образце.Другие стратегии также использовались для профилирования транскриптов в отдельных клетках, такие как стратегия штрих-кодирования клеток на основе разделенного пула (29–31) и интеграция гранул с платформой на основе микролунок (32). Хотя по-прежнему существуют проблемы в различных аспектах, таких как стоимость, глубина секвенирования и покрытие генов, эти методы scRNA-seq позволили профилировать отдельные клетки с более чем тысячами генов на клетку. Размер данных значительно выше, чем у систем на основе цитометрии.
Single-Cell Multi-Omics Technologies
Взаимосвязи и отношения генома, эпигенома, транскриптома и протеома определяют функцию отдельных клеток, что требует всестороннего понимания биологических процессов в мультиомике одновременно на отдельной клетке. уровень (33). На следующем занятии мы сосредоточимся на рассмотрении одноклеточных мультиомных технологий, которые могут одновременно измерять как минимум два разных омика, включая геномику, транскриптомику, эпигеномику, протеомику и пространственную информацию на уровне отдельной клетки.
Инь и др. представили совместный анализ sci-L3-РНК / ДНК для одновременного измерения геномики и транскриптомики в отдельных клетках (34). В совместном анализе sci-L3-РНК- / ДНК одноклеточная ДНК и мРНК кодировались штрих-кодом пересечением транспозона Tn5 и праймером poly-T, оба из которых несли последовательности штрих-кодирования и UMI. Обе библиотеки были приготовлены с трехуровневым индексированием разделенного пула и линейной амплификацией для последующего анализа. Другая стратегия состоит в том, чтобы физически разделить ядро и цитозоль отдельной клетки и построить библиотеку для каждого компонента индивидуально.Следуя этой стратегии, прямая ядерная маркировка и секвенирование РНК (DNTR-seq) (35) раздельно позволили получить полногеномное секвенирование и полноразмерное секвенирование кДНК из отдельных клеток со сверхвысоким разрешением. Помимо прямого получения всего генома отдельных клеток, последовательности кДНК из мРНК также можно использовать для определения статуса мутации отдельных клеток (36, 37), особенно для выявления опухолеспецифических мутаций в различных популяциях опухолевых клеток.
Открытые области хроматина также являются важными функциональными характеристиками для выявления регуляции клеточного генома.С развитием анализа доступного для транспозаз хроматина с использованием секвенирования (ATAC-seq) становится возможным исследование открытого хроматина в отдельных клетках. ATAC-seq обеспечивает быстрое и точное эпигеномное профилирование за счет интеграции адаптеров секвенирования в доступный хроматин прокариотическим ферментом Tn5 (38). Сочетание ATAC-seq с методами выделения отдельных клеток и штрих-кодирования позволяет получить доступ к открытому хроматину в отдельных клетках (39). Более того, поскольку как транспонированные фрагменты хроматина, так и синтезированные фрагменты кДНК клеточных транскриптов могут быть адаптированы к одному и тому же идентификатору штрих-кодирования клетки, Cao et al.и Chen et al. успешно обнаружил доступность хроматина и транскриптом одновременно на одноклеточном уровне (40, 41). Одновременная высокопроизводительная экспрессия ATAC и РНК с секвенированием (SHARE-seq) – это еще один метод оценки взаимосвязи между доступностью хроматина и экспрессией генов в отдельных клетках и определения первичной роли доступности хрома в транскриптомной регуляции, что помогает сделать вывод о дифференцировке клеток. (42). Между тем, для комплексного анализа данных scRNA-seq и scATAC-seq в отдельных клетках, соответственно, были разработаны несколько алгоритмов in silico, таких как модельный анализ транскриптома и регулома (MAESTRO) и Signac (43, 44).
Экспрессия белка может напрямую отражать функциональность и биологическое состояние клеток. В результате проточная цитометрия и CyTOF широко используются в биологических исследованиях для количественной оценки экспрессии белков, несмотря на их ограниченные размеры по сравнению с scRNA-seq. Чтобы преодолеть это ограничение, Stoeckius et al. пришли к идее использования специально разработанных последовательностей ДНК для маркировки и штрих-кодирования белок-специфичных mAb (45). Число обнаруживаемых белков, меченных антителами, значительно увеличено до более чем 200 (46), что в пять раз больше, чем число обнаружения в CyTOF.CITE-seq использует поли-А-хвост в олигонуклеотидах, конъюгированных с антителами, для достижения совместимости с системой захвата мРНК (45). А в коммерческой платформе (например, Feature Barcoding от 10X Genomics) стратегия штрих-кодирования дополнительно улучшена, так что транскриптомные и протеомные библиотеки имеют штрих-код с последовательностями захвата поли-A и последовательностями захвата, специфичными для антител, отдельно (47). Кроме того, Zhang et al. использовали ДНК-штрих-кодированные тетрамеры pMHC для специфической маркировки и секвенирования антиген-специфических Т-клеток (48).Аналогичная стратегия была также использована для устранения экспериментальной ошибки и систематической ошибки амплификации путем окрашивания олигомеченых поверхностных белков, повсеместно экспрессируемых на клетках из разных образцов (49).
Клеточная пространственная информация in-situ необходима для точного определения биологических функций клеток в их физиологическом контексте. Особенно важно исследовать пространственную информацию в микроокружении опухоли (TME), такую как тканеспецифическая инфильтрация Т-клеток, пространственное распределение и взаимодействие клеточных лигандов и рецепторов, а также распределение злокачественных клеток, чтобы улучшить наше понимание туморогенез и опухолеспецифический иммунный бегство при TME (50).Методы пространственного транскриптома можно в основном разделить на методы, основанные на флуоресценции или секвенировании, которые также были всесторонне рассмотрены Asp et al. (51). Основываясь на методе флуоресцентной гибридизации in situ (FISH) (52), seqFISH + позволяет визуализировать транскрипты в локальных сайтах и может отображать более 10 000 генов с субклеточным разрешением с улучшенным оптическим разрешением и стратегией штрих-кодирования (53). Несмотря на высокое пространственное разрешение, применение платформ на основе флуоресценции обычно затруднено из-за интенсивных процедур эксперимента и конструкции зонда для транскрипции.Напротив, применение стратегий клеточного штрих-кодирования в scRNA-seq делает возможным штрих-кодирование in-situ локальных клеток в тканях. Наиболее сложной задачей для этой стратегии является демультиплексирование физических местоположений с помощью обнаруженных последовательностей штрих-кодирования. В анализах слайд-секвенирования и пространственной транскриптомики высокой четкости (HDST) (54–56) для захвата пространственных полных транскриптомов используются матричные гранулы штрих-кодирования, а разрешение реконструированной пространственной карты зависит от разработанных наборов гранул. В другом методе на основе микрожидкостей (57) предметное стекло с тканью было отдельно штрих-кодировано параллельными микрожидкостными каналами в разных направлениях, и различные комбинации штрих-кодов могут восстановить пространственную информацию.
Инновационные вычислительные методы для анализа отдельных клеток
Наряду с расширенными возможностями получения многомерных и высокопроизводительных данных об отдельных клетках в одном эксперименте интерпретация биологических функций клеток и функциональных изменений в статусе болезни становится еще более сложной задачей (58). Hie et al. обобщил типичный вычислительный рабочий процесс для анализа данных РНК-секвенирования одной клетки, включая предварительную обработку данных, пакетную коррекцию, кластеризацию и функциональную аннотацию отдельных клеток (59).Среди них методы определения траекторий клеточного клона при различных стимулах широко применяются для понимания клеточной динамики и взаимодействий. Кроме того, с развитием многокомпонентных методов с одной ячейкой интеграция многокамерных данных с одной ячейкой также является сложной с точки зрения вычислений (7).
Saelens et al. всесторонне протестировали производительность 45 методов вывода траектории (60), подчеркнув, что заданная топология траектории вычислительных методов может повлиять на результаты вывода и что производительность различных методов может варьироваться в зависимости от различных наборов данных.Наибольшее ограничение этих методов, включая Monocle3 (61), абстракцию графа на основе разделов (PAGA) (62) и Slingshot (63), заключается в том, что оценка траектории ячейки, вычисленная по расстоянию между ячейкой, игнорирует унаследованную клеточную информацию. Вместо этого инновационный метод RNA Velocity (64, 65) решает эту проблему путем количественной оценки сплайсированных и несплайсированных транскриптов отдельных клеток и соединения клеток со сходными состояниями сплайсинга транскриптов. Другой метод, CytoTRACE, использует количество обнаруженных генов, чтобы отразить потенциал развития отдельных клеток, обеспечивая надежную работу для определения клеточных траекторий (66).Кроме того, информация о секвенировании ДНК, включая секвенирование рецепторов Т-клеток, также может использоваться в качестве клеточных меток для определения клеточной динамики и отслеживания клонов (67, 68).
Интегративный анализ многоклеточных данных с несколькими объектами рассматривает состояние отдельных клеток с разными уровнями биологических характеристик и определяет типы клеток на основе сходства клеток в более высоком пространстве признаков, которые оспариваются различными характеристиками одиночных данных и пакетные эффекты для нескольких выборок данных.Ma et al. всесторонне обобщены методы интеграции данных для анализа многокомпонентных данных с одной ячейкой (7). Одна из стратегий состоит в том, чтобы оценить сотовые расстояния в пределах отдельных омиков, а затем вычислить расстояние «взвешенного ближайшего соседа» для комплексного анализа данных множественных омиков (46). Другой использует модифицированную статистическую структуру для выявления низкоразмерных вариаций между модальностями данных для интеграции данных (69). В других методах для многомерной интеграции данных одной ячейки также использовались многовидовые методы машинного обучения (70), каноническая корреляция (71) и глубокая генеративная модель (72).
Применение одноклеточных омиков в иммунологии опухолей
С помощью одноклеточных методов были глубоко и всесторонне исследованы гетерогенность опухолевых клеток и их взаимодействие в локальной микросреде. Одноклеточные данные широко используются для определения биомаркеров для диагностики рака, прогнозирования прогнозов и новых излечимых целей в определенных клинических когортах. Проект сети атласов опухолей человека (HTAN) (73) выдвинул структуру картирования атласов опухолей в молекулярной, клеточной, анатомической и клинической областях с целью тщательного исследования данных отдельных клеток для клинических переходов.На следующем занятии мы в основном сосредоточимся на применении различных одноклеточных мультиомных методов для создания клеточного атласа экосистемы опухоли, динамики Т-клеток и их взаимодействий, способствующих диагностике, лечению и прогнозу опухолей. Типичные приложения перечислены соответственно (Рисунок 2 и Таблица 1).
Рисунок 2 Применение одноклеточных методов в клинических исследованиях рака. На схематической диаграмме исследования рака с использованием одноклеточных методов были собраны образцы крови или тканей указанной когорты пациентов и выполнено одноклеточное профилирование.Собранные данные были интегрированы для последующего анализа и визуализации. Благодаря глубокой интеграции с клиническими характеристиками, биомаркерами для принятия клинических решений, прогноза заболевания и иммунотерапии опухолей.
Таблица 1 Избранные исследования рака с использованием одноклеточных технологий.
Рассечение микроокружений опухоли на уровне отдельных клеток
Используя преимущества высокопроизводительного и высокоразмерного протеомного анализа отдельных клеток, CyTOF был использован для анализа иммунного состава TME в различных типах опухолей.При исследовании ранней аденокарциномы легких (74) Lavin et al. профилировали иммунный атлас в парных опухолевых поражениях, нормальных тканях легких и периферической крови. Они выявили опухолеспецифическое истощение эффекторных Т-клеток CD8 + и обогащенных опухолью макрофагов с экспрессией PPARγ, потенциально способствующей подавлению иммунитета в TME. Это исследование предоставляет потенциальные иммунотерапевтические методы воздействия на макрофаги при раке легких. Сравнивая иммунный атлас светлоклеточного почечно-клеточного рака (ccRCC) и нормальных тканей почек (82), Chevrier et al.идентифицировали полиморфную экспрессию истощенных маркеров и CD38 на PD-1 + истощенных Т-лимфоцитов в опухолях и особой подгруппе CD38 + ассоциированных с опухолью макрофагов (ТАМ), высоко связанных с иммуносупрессивными подмножествами Т-клеток. Дальнейшая интеграция частоты инфильтрации опухоли подмножеств иммунных клеток с клиническими результатами, они определили изобилие нескольких подмножеств ТАМ, которые могут предсказать выживаемость пациентов без прогрессирования. Кроме того, CyTOF и визуализация CyTOF также были объединены с профилированием экосистемы злокачественных клеток и иммунных клеток при раке груди.Wagner et al. одновременно сравнивали иммунные и злокачественные клеточные компоненты опухоли молочной железы, прилегающих опухолей и образцов ткани после маммопластики. Фенотипическая аномалия опухолевых клеток и динамика иммунных клеток предполагает комбинированные опухолево-иммунные фенотипы пациентов с опухолью молочной железы независимо от клинической степени и подтипов, предполагая, что местные взаимодействия могут быть более важными для эффективности лечения прогноза (83). Используя визуализацию CyTOF, Jackson et al. создали высоко мультиплексированные молекулярно-пространственные карты микросреды опухоли молочной железы с различными клиническими подтипами и степенями.Изучая особенности одноклеточной патологии, они также предположили, что подгруппы пациентов по признакам патологии в микросреде опухоли могут лучше предсказать общую выживаемость пациентов и предоставить новые стратегии для клинического подтипа (75).
Обладая более высокой размерностью, scRNA-seq предоставляет возможность более широко и систематически профилировать TME и связанный с ним иммунный атлас со многими более важными функциональными аспектами (84). Например, с помощью scRNA-seq, Azizi et al.идентифицировали непрерывные клеточные состояния Т-клеток и миелоидных клеток при раке груди (85). Они предположили, что как сигналы TCR, так и стимулы окружающей среды могут модулировать функциональность Т-клеток для комбинирования клонотипов TCR с фенотипами Т-клеток. scRNA-seq также позволяет проводить более полный анализ клонов для отражения динамических ответов иммунных клеток во время туморогенеза. С помощью анализа скорости РНК (64) и отслеживания клонов митохондрий (86) Zhang et al. показали, что подмножество дендритных клеток LAMP3 + может мигрировать из опухолей в печеночные лимфатические узлы, чтобы запускать систематические адаптивные иммунные ответы (76).
Объединение данных генотипирования и одноклеточной транскриптомики клеток миелопролиферативного новообразования, Nam et al. всесторонне очерчены вклады мутации CALR в дифференцировку гемопоэтических стволовых и клеток-предшественников (HSPC). Они также выявили, что мутация CALR больше влияет на экспрессию клеточных генов на более поздней стадии дифференцировки, и дополнительно идентифицировали специфичную для мутации активацию пути IRE1-XBP1 в HSPC как потенциальную терапевтическую мишень (77).Посредством одноклеточного секвенирования геномики и транскриптомики злокачественных клеток острого миелоидного лейкоза (AML) van Galen et al. идентифицировали шесть подмножеств злокачественных клеток AML по иерархии развития. Они выявили определяющую роль генотипа в составе клеток AML у пациентов и дополнительно определили, что дифференцированные клетки AML могут подавлять функцию Т-клеток. Генотип-специфический фенотип клеток AML и иммуносупрессивная функция дифференцированных клеток AML могут в дальнейшем определять генотип-специфические иммунотерапии при AML (87).Одноклеточное тройное омиксное секвенирование (scTrio-seq), платформа, которая одновременно профилирует геномные, эпигеномные и транскриптомные данные для отдельных клеток, способна очертить более сложные представления о скоординированных регуляциях вариаций числа копий, метилирования ДНК и экспрессии генов. в злокачественных клетках гепатоцеллюлярной карциномы и колоректального рака (88, 89). Более того, сравнивая эпигеномные регуляторные сети мононуклеарных клеток костного мозга и периферической крови у здоровых пациентов и пациентов с острым лейкозом со смешанным фенотипом (MPAL), Granja et al.раскрыли общие факторы регуляции и выявили RUNX1 как онкоген, повышающий регуляцию CD69 в MPAL (47). Интеграция scRNA-seq и пространственных транскриптомных данных в аденокарциноме протока поджелудочной железы, Moncada et al. пересекали экспрессию специфичного для региона гена с экспрессией гена специфического типа клетки. Они выявили, что раковые клетки стресс-ответ были совместно локализованы с IL-6, высвобождающими воспалительные фибробласты, поддерживая индуцированный IL-6 механизм стресс-реакции при раке (78). Таким образом, интеграция одноклеточных мультиомиков позволяет более всесторонне изучить эволюцию рака, локальные клеточные взаимодействия и иммунную регуляцию в микросреде опухоли, укрепляя наше понимание патогенеза рака и подавления иммунитета (90, 91).
Эволюция раковых клеток в опухолевом генезе и устойчивости к лекарствам
Углубленная характеристика раковых клеток в TME и их динамическое регулирование в онкогенезе, метастазировании и ответах на лекарства может раскрыть гетерогенность раковых клеток и их причинную связь с клинические исходы (90, 92). Профилирование scRNA-seq различных раковых клеток у пациентов с олигодендроглиомой выявило подмножество недифференцированных злокачественных клеток с фенотипами стволовых клеток и потенциалом пролиферации, предполагая первичную роль раковых стволовых клеток (CSC) в развитии рака (93).Интегрируя генно-инженерные модели мышей (GEMM) и scRNA-seq, Marjanovic et al. имитировали и профилировали прогрессирование аденомы легких и аденокарциномы человека. Они идентифицировали подмножество клеток TIGIT + с высокопластичным клеточным состоянием (HPCS) и аннотировали эти клетки как переходные опухолевые клетки, которые способствовали прогрессированию опухоли и химиорезистентности (94). Neftel et al. также охарактеризовали четыре подмножества злокачественных клеток глиобластомы с использованием scRNA-seq со специфическими молекулярными особенностями, и что клеточные переходы продемонстрировали пластичность злокачественных клеток в различных подмножествах злокачественных клеток с дополнительным штрих-кодированием клеток и отслеживанием клонов (95).Все эти результаты подчеркнули влияние профилирования отдельных клеток с высоким разрешением на понимание туморогенеза и эволюции раковых клеток.
Метастазирование является основной причиной смерти онкологических больных, и его процесс является стохастическим и динамичным (96). Исследование scRNA-seq при метастатической аденокарциноме легкого человека (LUAD) выявило подмножество раковых клеток с отчетливой траекторией дифференцировки и генной сигнатурой агрессивного клеточного движения, пролиферации и апоптоза. А генная сигнатура этого подмножества раковых клеток обогащена в более поздних и метастатических опухолевых тканях и связана с худшим прогнозом (97).Между тем, применение scRNA-seq и Cas9 с высоким разрешением клонального отслеживания модели ксенотрансплантата клеточной линии LUAD наметило всеобъемлющие пути распространения метастатических раковых клеток. И, комбинируя фенотипический анализ данных scRNA-seq, Quinn et al. раскрыли характеристики раковых клеток с различной метастатической способностью и количественно оценили их специфическую транскриптомную регуляцию в модуляции метастазирования (98).
Лекарственная устойчивость раковых клеток серьезно ограничивает эффективность химиотерапии или молекулярно-направленной терапии, а клеточные состояния и реакции во время лечения могут определять дальнейшее прогрессирование заболевания (4).При раке молочной железы одноклеточное профилирование устойчивых к доцетакселу клеток рака молочной железы MCF7 выявило подмножество клеток со стволовым фенотипом и идентифицировало LEF1 как критический регулятор молекулы при устойчивости к лекарствам (99). При меланоме специфическая для иммунного уклонения программа злокачественных клеток, идентифицированная с помощью scRNA-seq, может предсказывать клинические реакции ингибиторов иммунных контрольных точек (ICI). Нацеливание на активацию сигнала CDK4 / 6 в этой программе может подавить программу лекарственной устойчивости и повысить эффективность ICI (100).Между тем, мультимодальный метод (Perturb-CITE-seq) был применен для характеристики механизмов устойчивости ICI. Объединяя одновременное профилирование РНК и белков с геномными скринами для нокаута Cas9, Frangieh et al. подтвердили известные механизмы устойчивости к ICI, а также выявили новый механизм устойчивости, связанный с CD58. В частности, они обнаружили, что подавление экспрессии CD58 может индуцировать экспрессию PD-L1 на злокачественных клетках и снижать костимуляторный сигнал оси CD58-CD2 на Т-клетках CD8 + (101).В целом, всестороннее исследование клеточных реакций и устойчивости злокачественных клеток к лекарственным препаратам могло бы выявить новые излечимые мишени и направить комбинированные методы лечения рака.
Т-клеточные ответы и репертуар TCR в опухолевом иммунитете
Т-клетки являются важными адаптивными иммунными клетками, которые опосредуют опухолевый иммунитет. Многообещающая терапия блокады иммунных контрольных точек (ICB) в основном нацелена на Т-клетки и восстанавливает Т-клеточный иммунитет за счет нарушения взаимодействий PD-1 / PD-L1 и CTLA-4 / CD80 или CD86 или специфической активации клонов Т-клеток, специфичных к опухолевому антигену (102, 103).К сожалению, только у небольшой части пациентов наблюдается положительный ответ с восстановленными противоопухолевыми Т-клеточными ответами. Повышение эффективности ICB требует более полного понимания динамических ответов Т-клеток у пациентов во время онкогенеза и лечения ICB (104).
Платформы, которые объединяют данные scRNA-seq и scTCR-seq в отдельных Т-клетках, такие как Smart-seq3 и 10X Genomics для одноклеточного иммунного профилирования, позволяют более точно определять иммунные ответы и отслеживать происхождение Т-клеток при онкогенезе или недостаточности. иммунотерапевтические процедуры (105).Smart-seq3, представитель платформы полноразмерного секвенирования, может считывать полноразмерные последовательности CDR3 цепей TCRαβ в отдельных клетках, но с ограниченной пропускной способностью (23). 10-кратное одноклеточное иммунное профилирование, коммерческая капельная платформа, которая объединяет процедуры обогащения TCR, обеспечивает более эффективное иммунное профилирование Т-клеток (68).
Каждой Т-клетке принадлежит уникальный TCR, который обеспечивает ценный маркер отслеживания клонов для исследования динамики Т-клеток, включая клональную экспансию Т-клеток, функциональные изменения клонотипа TCR и миграцию Т-клеток по различным тканям.Пейзаж Т-клеток с информацией о парных α- и β-цепях TCR при раке печени всесторонне раскрывает путь перехода истощенных Т-клеток CD8 + в ГЦК и подчеркивает, что подмножество Т-клеток CD8 + с промежуточными уровнями PDCD1 и TIGIT могут быть клетками-мишенями для иммунотерапии (106). В другой работе Zhang et al. разработали алгоритм анализа (STRATRAC) для количественной оценки роста, миграции и перехода Т-клеток с парными репертуарами TCR (107).С помощью анализа перехода Т-клеток истощенных Т-клеток CD8 + в колоректальных опухолях Zhang et al. выявили тесную ассоциацию этих клеток с Т-клетками эффекторной памяти CD8 + , но независимость от траектории развития эффекторной памяти и недавно активированных Т-клеток эффекторной памяти CD8 + , что указывает на TCR-зависимое решение судьбы в онкогенезе. Эти работы укрепляют наше понимание динамики истощения Т-клеток при онкогенезе. Кроме того, углубленное профилирование динамики Т-клеток до и после терапии анти-PD-1 при базальной или плоскоклеточной карциноме предполагает, что вновь введенные клонотипы Т-клеток, а не истощенные клонотипы Т-клеток, отвечают на иммунотерапию против PD-1 ( 79).
Т-клетки являются доминирующими мишенями иммунотерапии, и их ответы после иммунотерапевтического лечения имеют решающее значение для оценки клинической эффективности (108). Таким образом, клональные экспансии и соответствующие изменения репертуаров TCR в опухолях, нормальной прилегающей ткани и периферической крови могут быть использованы для прогнозирования клинических ответов на иммунотерапию (109). Между тем, было разработано множество вычислительных методов, чтобы связать сходство последовательностей TCR с функциями Т-клеток, что расширило бы возможности применения репертуаров TCR в исследованиях рака (110–112).Кроме того, всестороннее обследование Т-клеток в опухолях также направляет адоптивный перенос Т-клеток (АКТ) при лечении рака для выявления опухолевых Т-клеток (104).
Молекулярные биомаркеры для диагностики и прогноза опухолей
Неоднородность микросреды опухоли и разительно разные клинические исходы у пациентов с опухолями требуют всестороннего молекулярного профилирования для выбора индивидуализированной терапии. Было основано множество инициатив для выявления опухолеспецифических биомаркеров для облегчения принятия более эффективных клинических решений с использованием интегративного анализа данных одноклеточных омиков (73, 113, 114).
Несколько групп сосредоточились на поиске биомаркеров, связанных с потенциальным заболеванием или прогнозом, с помощью CyTOF. Сравнивая периферический иммунный атлас 20 пациентов с меланомой до и после иммунотерапии анти-PD-1, Krieg et al. обнаружили, что частота CD14 + CD16 – HLA-DR + моноцитов в периферической крови до лечения сильно коррелировала с ответом на иммунотерапию против PD-1 и, таким образом, могла помочь в стратификации пациентов перед анти-PD- 1 курс иммунотерапии (115).В аналогичном исследовании рассечения иммунного профилирования при классической лимфоме Ходжкина (116) различия периферических TCR в CD4 + Т-клетках на исходном уровне и во время терапии блокадой PD-1 были связаны с клиническими ответами. Между тем, сравнивая развитие В-клеток у пациентов с острым лимфобластным лейкозом-предшественником В-клеток и здоровых людей из контрольной группы, Good et al. показали, что аномальное расширение специфических субпопуляций B-клеток во время развития может предсказать рецидив заболевания на момент постановки диагноза (117).Несмотря на то, что все они реализованы в небольшой группе пациентов, все они убедительно свидетельствуют о прогностической способности изменений клеточного состава в прогнозировании прогноза и мониторинге заболевания. Кроме того, пространственный анализ с помощью визуализации CyTOF в молекулярной колокализации метастатической меланомы выявил связь между предшествующей экспрессией β2m в TME и клиническими результатами иммунотерапии (118). Профилирование субклеточных молекулярных карт 483 образцов опухоли молочной железы с использованием визуализации CyTOF в когорте METABRIC, Ali et al.раскрыли геномную регуляцию локальных опухолевых экосистем, включая клеточные составы и клеточные окрестности. Они интенсивно изучили свою клиническую прогностическую роль в прогнозе рака груди (119). Все эти исследования демонстрируют силу одноклеточной системы CyTOF в поиске потенциальных молекулярных биомаркеров для прогноза рака и прогнозирования эффективности лечения.
ДанныеscRNA-seq также использовались для поиска молекулярной и клеточной основы TME. Разные сигнатуры транскрипции злокачественных клеток с разным геномным фоном помогают классифицировать подтипы опухолей и разрабатывать целевые методы лечения с более высоким разрешением (120).Сравнивая экосистемы тканей первичного и раннего рецидива ГЦК, Sun et al. указал и подтвердил обогащение врожденных CD161 + CD8 + Т-клеток с ограниченной цитотоксической способностью в тканях с рецидивом ГЦК и может иметь слабый ответ на субклональные неоантигены в клетках с ранним рецидивом опухоли, обеспечивая новые мишени для сдерживания рецидива ГЦК (80). При одноклеточном исследовании лимфоцитов, инфильтрирующих опухоль при раке молочной железы, Savas et al. выявили генную сигнатуру резидентных в тканях Т-клеток памяти CD8 + , а не только CD8, может лучше предсказать выживаемость пациента, предполагая, что эти клетки являются потенциальными регулирующими мишенями иммунотерапии при раке груди (121).Совсем недавно Hwang et al. очертили изменения молекулярной таксономии TME у пациентов с аденокарциномой протока поджелудочной железы, получавших или не получавших неоадъювантную химиотерапию и лучевую терапию, с помощью интегрированного секвенирования одноядерной РНК и анализа транскриптомики с пространственным разрешением (81). Они обнаружили, что базальное или классическое перепрограммирование злокачественных клеток было связано с отчетливой иммунной инфильтрацией в опухолях и в дальнейшем влияло на результаты лечения и клинические решения.
Несмотря на стойкие клинические ответы на терапию химерными антигенными рецепторами Т-клеток (CAR-T) при лечении гематологических злокачественных новообразований, частота ответа, побочные эффекты и нейротоксичность во время лечения CAR-T могут варьироваться от пациентов (122, 123). Одноклеточные омики применялись для выявления молекулярных биомаркеров клинических ответов и мониторинга функциональных изменений CAR-T-клеток для лучшего клинического применения (124, 125). Используя scRNA-seq, Deng et al. интенсивно исследовали транскриптомные фенотипы CAR-T-клеток в продуктах для инфузии (IP) с их последующими клиническими результатами у пациентов с крупноклеточной В-клеточной лимфомой (124).Они показали, что обогащение фенотипа памяти CAR-T-клеток внутри IP приводит к положительным клиническим ответам, но что обогащение фенотипа истощения CAR-T-клеток связано с прогрессированием заболевания. Более того, они также идентифицировали субпопуляцию моноцитоподобных клеток в IPs, в значительной степени связанных с синдромом нейротоксичности, ассоциированной с иммунными эффекторными клетками высокой степени (ICANS). Кроме того, Sheih et al. всесторонне профилировали временные изменения CD8 + CAR-T-клеток в IP, периферической крови в начале после инфузии и после пика экспансии CAR-T-клеток (125).Используя парные scRNA-seq и scTCR-seq, они идентифицировали CD8 + CAR-T-клетки в пределах клонотипов с своевременной повышенной относительной частотой (IRF), высоко экспрессировали генные сигнатуры цитотоксичности и пролиферации Т-клеток, что позволяет предположить их эффективную роль в противоопухолевые ответы. Эти исследования направляют дальнейшее применение одноклеточных омиков для более глубокого понимания механизмов эффективной терапии CAR-T, что прольет свет на оптимизацию терапии CAR-T и раскрытие молекулярных биомаркеров для прогнозирования клинических результатов.
Кроме того, в рамках проекта сети атласа опухолей человека (HTAN) (73) была представлена новая концепция трехмерного атласа клеток во время эволюции опухолей, указывающая на молекулярные, пространственные и клинические исследования опухолей человека, которые помогут раскрыть фундаментальные механизмы туморогенеза и новые биомаркеры для скрининга рака, метастазирования опухолей, иммунотерапии рака и лекарств в будущем.
Перспективы
В этом обзоре мы всесторонне резюмируем развитие методов многоклеточной омики и их применение в биологии рака и иммунологии рака.Эти инновационные методы значительно расширили наше понимание туморогенеза, механизмов иммунного ускользания, вызванного опухолью, и динамических реакций на различные методы лечения опухолей. Несмотря на достигнутый значительный прогресс, все еще существует множество проблем, которые могут ограничить текущие исследования и требуют дальнейшего решения. В системе CyTOF предустановленное и ограниченное количество обозначенных маркеров затрудняет идентификацию новых или редких популяций клеток. Дополнительные редкие элементы для увеличения обнаруживаемого количества каналов необходимы для дальнейшего содействия их применению в клинической области.В системе scRNA-seq, поскольку количество обнаруженных генов, охват длины транскрипта и пропускная способность измерения варьировались на разных платформах и анализах, сложно интегрировать и сравнивать данные отдельных клеток из разных систем. Между тем, ограниченная эффективность захвата транскрипта методами scRNA-seq приводит к значительному падению данных scRNA-seq, что приводит к более высокому уровню шума, чем объемная последовательность RNA-seq (126). Обычное использование захвата 3 ’конца транскрипта в методах scRNA-seq включает в себя множество неинформативных транскриптов, что делает невозможным специфическое исследование заинтересованных транскриптов и приводит к потере затрат на секвенирование (127).Таким образом, срочно требуется оптимизированная система, которая способна экономично и эффективно генерировать данные scRNA-seq с высоким качеством данных и унифицированным форматом данных для достижения надежного анализа более крупных выборок. Между тем, более перспективным направлением в будущем является профилирование отдельных клеток с интегрированными мультикомпонентами, чтобы обеспечить лучшее и более глубокое профилирование сложной экосистемы опухоли. Более того, новые вычислительные инструменты для улучшения качества интегрированных данных, облегчения биологической интерпретации и ускорения процедур анализа очень важны для разработки.
Клиническая трансляция на основе данных одной клетки важна и многообещающа в диагностике и лечении рака. Из-за высокой стоимости одноклеточных методов когорта пациентов, включенных в текущее исследование рака, очень мала, что приводит к противоречивым и неповторимым биологическим результатам. Как исследовать огромные одноклеточные особенности с клиническими результатами – это сложно с вычислительной точки зрения и требует дополнительных внешних проверок. Более того, участки ткани, статус образца, методы выделения и временные точки для удаления образца могут варьироваться в разных клинических исследованиях, что приводит к нестабильным и неповторимым одноклеточным биомаркерам, обнаруживаемым в клинической области.Таким образом, для лучшего клинического перевода в будущем срочно необходимы более осуществимая одноклеточная структура для проведения крупномасштабных клинических исследований, а также ресурсы для совместного использования и использования опубликованных одноклеточных данных, главным образом в области рака.
Таким образом, методы одноклеточной омики будут незаменимы для исследования как основных, так и клинических проблем в биологии опухолей, иммунологии опухолей и иммунотерапии опухолей в будущем, поскольку они обеспечивают более широкое и глубокое понимание большой группы пациентов, чтобы вдохновить на более точные и точные исследования. персонализированная медицина в лечении рака.
Вклад авторов
Рукопись написали JL, WY, WC и SQ. TZ помогал с подготовкой рисунка, и все авторы давали вдумчивые советы по исправлению рукописи. Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.
Финансирование
Этот проект был поддержан Национальным фондом естественных наук Китая 31600751, WY и Министерством науки и технологий Китая, № 2017ZX10203205, WC.
Конфликт интересов
HS и WY являются соучредителями, а WC является научным консультантом Zhejiang Puluoting Health Technology Co., ООО (PLT). HS является генеральным директором PLT.
Остальные авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.
Благодарности
Мы благодарим всех авторов за вклад и финансирование этого проекта.
Ссылки
1. Лабани-Мотлаг А., Ашья-Махдави М., Лоског А. Микроокружение опухоли: среда, препятствующая и затрудняющая противоопухолевые иммунные ответы. Front Immunol (2020) 11: 940. doi: 10.3389 / fimmu.2020.00940
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
2. Бинньюис М., Робертс Э. У., Керстен К., Чан В., Фирон Д. Ф., Мерад М. и др. Понимание иммунной микросреды опухоли (время) для эффективной терапии. Nat Med (2018) 24: 541–50. DOI: 10.1038 / s41591-018-0014-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
3. Петитпрез Ф., Мейлан М., де Рейни А., Сотес-Фридман С., Фридман WH.Микроокружение опухоли в ответ на терапию блокадой иммунных контрольных точек. Front Immunol (2020) 11: 784. doi: 10.3389 / fimmu.2020.00784
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
5. Чае Ю.К., Пан А.П., Дэвис А.А., Патель С.П., Карнейро Б.А., Курцрок Р.и др. Путь к прецизионной онкологии: обзор целевых терапевтических исследований и инструментов для определения «действенности» молекулярного поражения и поддержки ведения пациентов. Mol Cancer Ther (2017) 16: 2645–55.doi: 10.1158 / 1535-7163.MCT-17-0597
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
7. Ма А., МакДермейд А., Сюй Дж., Чанг И, Ма К. Интегративные методы и практические проблемы для одноклеточных многоклеточных омиков. Trends Biotechnol (2020) 38: 1007–22. doi: 10.1016 / j.tibtech.2020.02.013
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
9. Салоки Г., Года К. Компенсация в многоцветной проточной цитометрии. Цитометрия. Часть A J Int Soc Analytical Cytology (2015) 87: 982–5.doi: 10.1002 / cyto.a.22736
CrossRef Полный текст | Google Scholar
10. Бандура Д.Р., Баранов В.И., Орнатский О.И., Антонов А., Кинах Р., Лу Х и др. Массовая цитометрия: метод многоцелевого иммунологического анализа одиночных клеток в реальном времени на основе времяпролетной масс-спектрометрии с индуктивно связанной плазмой. Analytical Chem (2009) 81: 6813–22. doi: 10.1021 / ac
9w
CrossRef Полный текст | Google Scholar
13. Гадалла Р., Ноамани Б., Маклауд Б.Л., Диксон Р.Дж., Гуо М., Сюй В. и др.Проверка Cytof против проточной цитометрии для иммунологических исследований и мониторинга клинических испытаний рака человека. Передний Oncol (2019) 9: 415. doi: 10.3389 / fonc.2019.00415
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
14. Гизен С., Ван Х.А., Шапиро Д., Живанович Н., Якобс А., Хаттендорф Б. и др. Мультиплексная визуализация опухолевых тканей с субклеточным разрешением с помощью масс-цитометрии. Nat Methods (2014) 11: 417–22. DOI: 10,1038 / метр.2869
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
15. Cheung P, Vallania F, Dvorak M, Chang SE, Schaffert S, Donato M, et al. Одноклеточная эпигенетика – Атлас модификации хроматина, представленный методом массовой цитометрии. Clin Immunol (2018) 196: 40–8. doi: 10.1016 / j.clim.2018.06.009
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
16. Frei AP, Bava FA, Zunder ER, Hsieh EW, Chen SY, Nolan GP, et al. Одновременное обнаружение РНК и белков в единичных клетках с высокой степенью мультиплексирования. Nat Methods (2016) 13: 269–75. doi: 10.1038 / nmeth.3742
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
20. Шмидт WM, Мюллер MW. Capselect: высокочувствительный метод 5’-кэп-зависимого обогащения полноразмерной Cdna в Pcr-опосредованном анализе Mrnas. Nucleic Acids Res (1999) 27: e31. doi: 10.1093 / nar / 27.21.e31
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
21. Islam S, Kjallquist U, Moliner A, Zajac P, Fan JB, Lonnerberg P, et al.Характеристика одноклеточного транскрипционного ландшафта с помощью высоко мультиплексной Rna-Seq. Genome Res (2011) 21: 1160–7. doi: 10.1101 / gr.110882.110
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
22. Mereu E, Lafzi A, Moutinho C, Ziegenhain C, McCarthy DJ, Alvarez-Varela A, et al. Сравнительный анализ протоколов секвенирования РНК одной клетки для проектов атласа клеток. Nat Biotechnol (2020) 38: 747–55. doi: 10.1038 / s41587-020-0469-4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
23.Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Chen P, Ramskold D, Hendriks GJ, Larsson AJM, et al. Подсчет одноклеточных РНК при разрешении аллелей и изоформ с использованием Smart-Seq3. Nat Biotechnol (2020) 38 (6): 708–14. doi: 10.1038 / s41587-020-0497-0
CrossRef Полный текст | Google Scholar
24. Керен-Шауль Х., Кенигсберг Э., Джайтин Д.А., Дэвид Э., Пол Ф., Танай А. и др. Mars-Seq2.0: экспериментальный и аналитический конвейер для индексированной сортировки в сочетании с секвенированием одноклеточной РНК. Nat Protoc (2019) 14: 1841–62.doi: 10.1038 / s41596-019-0164-4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
25. Хашимшони Т., Сендерович Н., Авиталь Г., Клохендлер А., де Лиу Й., Анави Л. и др. Cel-Seq2: чувствительная высокомультиплексированная одноклеточная Rna-Seq. Биология генома (2016) 17:77. doi: 10.1186 / s13059-016-0938-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
26. Macosko EZ, Basu A, Satija R, Nemesh J, Shekhar K, Goldman M, et al. Профилирование экспрессии отдельных клеток с высокой параллельностью генома с использованием капель нанолитра. Cell (2015) 161: 1202–14. doi: 10.1016 / j.cell.2015.05.002
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
27. Кляйн А.М., Мазутис Л., Акартуна И., Таллапрагада Н., Верес А., Ли В. и др. Капельное штрих-кодирование для транскриптомики одиночных клеток применительно к эмбриональным стволовым клеткам. Cell (2015) 161: 1187–201. doi: 10.1016 / j.cell.2015.04.044
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
28. Zheng GX, Terry JM, Belgrader P, Ryvkin P, Bent ZW, Wilson R, et al.Массивно-параллельное цифровое транскрипционное профилирование отдельных клеток. Nat Commun (2017) 8: 14049. doi: 10.1038 / ncomms14049
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
29. Цао Дж., Пакер Дж. С., Рамани В., Кусанович Д. А., Хьюн С., Даза Р. и др. Комплексное транскрипционное профилирование одноклеточного многоклеточного организма. Наука (2017) 357: 661–7. doi: 10.1126 / science.aam8940
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
30.Кучина А., Бреттнер Л.М., Палеологу Л., Роко С.М., Розенберг А.Б., Кариньяно А. и др. Секвенирование микробной одноклеточной РНК с помощью штрих-кодирования с разделением пула. Наука (2020) 371: 6531. doi: 10.1101 / 869248
CrossRef Полный текст | Google Scholar
31. Розенберг А.Б., Роко С.М., Маскат Р.А., Кучина А., Образец П, Яо З. и др. Одноклеточное профилирование развивающегося мозга и спинного мозга мыши с помощью штрих-кодирования Split-Pool. Наука (2018) 360: 176–82. doi: 10.1126 / science.aam8999
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
32.Hughes TK, Wadsworth MH 2nd, Gierahn TM, Do T, Weiss D, Andrade PR и др. Массивно-параллельная Scrna-Seq на основе синтеза второй цепи выявляет клеточные состояния и молекулярные особенности воспалительных патологий кожи человека. Иммунитет (2020) 53: 878–894 e877. doi: 10.1016 / j.immuni.2020.09.015
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
34. Yin Y, Jiang Y, Lam KG, Berletch JB, Disteche CM, Noble WS, et al. Высокопроизводительное секвенирование отдельных клеток с линейным усилением. Mol Cell (2019) 76: 676–690 e610. doi: 10.1016 / j.molcel.2019.08.002
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
35. Захариадис В., Ченг Х., Эндрюс Н., Энге М. Высоко масштабируемый метод совместного секвенирования всего генома и профилирования экспрессии генов отдельных клеток. Mol Cell (2020) 80: 541–53.e545. doi: 10.1016 / j.molcel.2020.09.025
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
36. Петти А.А., Уильямс С.Р., Миллер К.А., Фиддес ИТ, Сриватсари С.Н., Чен Д.Й. и др.Общий подход к обнаружению экспрессируемых мутаций в клетках Aml с использованием одноклеточного РНК-секвенирования. Nat Commun (2019) 10 (1): 1–16. doi: 10.1038 / s41467-019-11591-1
CrossRef Полный текст | Google Scholar
37. Ву Т.Н., Нгуен Х.Н., Кальза С., Калари К.Р., Ван Л., Павитан Ю. Обнаружение соматических мутаций на уровне клеток на основе секвенирования РНК одной клетки. Биоинформатика (2019) 35: 4679–87. doi: 10.1093 / биоинформатика / btz288
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
38.Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC, Chang HY, Greenleaf WJ. Транспозиция нативного хроматина для быстрого и чувствительного эпигеномного профилирования открытого хроматина, ДНК-связывающих белков и положения нуклеосом. Nat Methods (2013) 10: 1213–8. doi: 10.1038 / nmeth.2688
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
39. Buenrostro JD, Wu B, Litzenburger UM, Ruff D, Gonzales ML, Snyder MP, et al. Доступность одноклеточного хроматина раскрывает принципы регуляторных изменений. Nature (2015) 523: 486–90. doi: 10.1038 / nature14590
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
40. Цао Дж., Кусанович Д.А., Рамани В., Агамирзайе Д., Плинер Х.А., Хилл А.Дж. и др. Совместное профилирование доступности хроматина и экспрессии генов в тысячах одиночных клеток. Наука (2018) 361: 1380–5. doi: 10.1126 / science.aau0730
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
41. Chen S, Lake BB, Zhang K. Высокопроизводительное секвенирование транскриптома и доступности хроматина в одной и той же клетке. Nat Biotechnol (2019) 37: 1452–7. doi: 10.1038 / s41587-019-0290-0
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
42. Ма С., Чжан Б., Лафэйв Л.М., Эрл А.С., Чианг З., Ху Й. и др. Хроматиновый потенциал, идентифицированный общим одноклеточным профилированием РНК и хроматина. Ячейка (2020) 183 (4): 1103–16. doi: 10.1101 / 2020.06.17.156943
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
43. Ван Ц., Сунь Д., Хуанг Х, Ван Ц., Ли З., Хань И и др.Интегративный анализ одноклеточного транскриптома и регулома с использованием Maestro. Genome Biol (2020) 21: 1–28. doi: 10.1186 / s13059-020-02116-x
CrossRef Полный текст | Google Scholar
44. Стюарт Т., Шривастава А., Ларо С., Сатия Р. Мультимодальный анализ одноклеточного хроматина с помощью Signac. bioRxiv (2020). doi: 10.1101 / 2020.11.09.373613
CrossRef Полный текст | Google Scholar
45. Stoeckius M, Hafemeister C, Stephenson W., Houck-Loomis B, Chattopadhyay PK, Swerdlow H, et al.Одновременное измерение эпитопа и транскриптома в одиночных клетках. Nat Methods (2017) 14: 865–8. doi: 10.1038 / nmeth.4380
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
47. Гранья Дж. М., Клемм С., Макгиннис Л. М., Катириа А. С., Мезгер А., Корсес М. Р. и др. Одноклеточный мультиомный анализ определяет регуляторные программы при остром лейкозе со смешанным фенотипом. Nat Biotechnol (2019) 37: 1458–65. doi: 10.1038 / s41587-019-0332-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
48.Zhang SQ, Ma KY, Schonnesen AA, Zhang M, He C, Sun E и др. Высокопроизводительное определение антигенной специфичности рецепторов Т-клеток в единичных клетках. Nat Biotechnol (2018) 36 (12): 1156–9. doi: 10.1101 / 457069
CrossRef Полный текст | Google Scholar
49. Stoeckius M, Zheng S, Houck-Loomis B., Hao S, Yeung BZ, Mauck WM 3rd, et al. Хеширование клеток с помощью штрих-кодированных антител обеспечивает мультиплексирование и обнаружение дублетов для геномики одиночных клеток. Биология генома (2018) 19: 224.doi: 10.1186 / s13059-018-1603-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
52. Радж А., Ван ден Богард П., Рифкин С.А., Ван Ауденаарден А., Тьяги С. Визуализация отдельных молекул Mrna с помощью нескольких зондов с одной меткой. Nat Methods (2008) 5: 877–9. doi: 10.1038 / nmeth.1253
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
53. Eng CL, Lawson M, Zhu Q, Dries R, Koulena N, Takei Y, et al. Транскриптомно-масштабная сверхразрешенная визуализация в тканях, Rna Seqfish. Nature (2019) 568: 235–9. doi: 10.1038 / s41586-019-1049-y
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
54. Родрикес С.Г., Стиклс Р.Р., Гоева А., Мартин К.А., Мюррей Е., Вандербург С.Р. и др. Slide-Seq: масштабируемая технология для измерения экспрессии в масштабе всего генома с высоким пространственным разрешением. Наука (2019) 363: 1463–7. doi: 10.1126 / science.aaw1219
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
55. Стиклс Р.Р., Мюррей Э., Кумар П., Ли Дж. Л., Маршалл Дж. Л., Ди Белла Д. Д. и др.Высокочувствительная пространственная транскриптомика с разрешением, близким к клеточному, с помощью Slide-Seqv2. Nat Biotechnol (2020) 39 (3): 313–9. doi: 10.1038 / s41587-020-0739-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
56. Викович С., Эраслан Г., Салмен Ф., Клухаммер Дж., Стенбек Л., Шапиро Д. и др. Пространственная транскриптомика высокого разрешения для профилирования тканей in situ. Nat Methods (2019) 16: 987–90. doi: 10.1038 / s41592-019-0548-y
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
57.Лю И, Ян М., Дэн И, Су Дж, Эннинфул А., Го С.К. и др. Мульти-омическое секвенирование с высоким пространственным разрешением с помощью детерминированного штрих-кодирования в тканях. Cell (2020) 183: 1665–81.e1618. doi: 10.1016 / j.cell.2020.10.026
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
59. Хиэ Б., Петерс Дж., Найквист С.К., Шалек А.К., Бергер Б., Брайсон Б.Д. Вычислительные методы секвенирования одноклеточной РНК. Annu Rev Biomed Data Sci (2020) 3: 339–64. doi: 10.1146 / annurev-biodatasci-012220-100601
CrossRef Полный текст | Google Scholar
61.Цао Дж., Шпильманн М., Цю Х, Хуанг Х, Ибрагим Д.М., Хилл А.Дж. и др. Одноклеточный транскрипционный ландшафт органогенеза млекопитающих. Nature (2019) 566: 496–502. doi: 10.1038 / s41586-019-0969-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
62. Вольф Ф.А., Хейми Ф.К., Пласс М., Солана Дж., Далин Дж. С., Готтгенс Б. и др. Paga: Graph Abstraction согласовывает кластеризацию с выводом траектории через карту отдельных ячеек с сохранением топологии. Genome Biol (2019) 20 (1): 1–9.DOI: 10.1186 / s13059-019-1663-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
63. Street K, Risso D, Fletcher RB, Das D, Ngai J, Yosef N, et al. Slingshot: происхождение клеток и псевдодинамический вывод для транскриптомики одиночных клеток. BMC Genomics (2018) 19 (1): 1–16. doi: 10.1186 / s12864-018-4772-0
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
65. Bergen V, Lange M, Peidli S, Wolf FA, Theis FJ. Обобщение скорости РНК для переходных состояний клеток посредством динамического моделирования. Nature Biotechnol (2020) 38: 1408–14. doi: 10.1038 / s41587-020-0591-3
CrossRef Полный текст | Google Scholar
66. Gulati GS, Sikandar SS, Wesche DJ, Manjunath A, Bharadwaj A, Berger MJ, et al. Транскрипционное разнообразие отдельных клеток является признаком потенциала развития. Наука (2020) 367 (6476): 405–11. doi: 10.1126 / science.aax0249
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
69. Аргелаге Р., Арноль Д., Бредихин Д., Делоро Ю., Фельтен Б., Мариони Дж. К. и др.Mofa +: Статистическая структура для комплексной интеграции мультимодальных данных с одной ячейкой. Genome Biol (2020) 21: 111. doi: 10.1186 / s13059-020-02015-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
71. Zhang F, Wei K, Slowikowski K, Fonseka CY, Rao DA, Kelly S, et al. Определение состояний воспалительных клеток в синовиальных тканях суставов при ревматоидном артрите путем интеграции транскриптомики единичных клеток и массовой цитометрии. Nat Immunol (2019) 20: 928–42.doi: 10.1038 / s41590-019-0378-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
72. Gayoso A, Steier Z, Lopez R, Regier J, Nazor KL, Streets A, et al. Совместное вероятностное моделирование многокомпонентных данных одной соты с Totalvi. Nat Methods (2021) 18: 272–82. doi: 10.1038 / s41592-020-01050-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
73. Rozenblatt-Rosen O, Regev A, Oberdoerffer P, Nawy T., Hupalowska A, Rood JE, et al.Сеть атласа опухолей человека: отображение переходов опухолей в пространстве и времени при одноклеточном разрешении. Cell (2020) 181: 236–49. doi: 10.1016 / j.cell.2020.03.053
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
74. Лавин Й., Кобаяши С., Лидер А, Амир Э.Д., Элефант Н., Бигенвальд С. и др. Врожденный иммунный ландшафт при ранней аденокарциноме легкого с помощью парных одноклеточных анализов. Cell (2017) 169: 750–765 e717. doi: 10.1016 / j.cell.2017.04.014
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
75.Джексон HW, Фишер JR, Zanotelli VRT, Ali HR, Mechera R, Soysal SD и др. Пейзаж одноклеточной патологии рака молочной железы. Nature (2020) 578: 615–20. doi: 10.1038 / s41586-019-1876-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
76. Zhang Q, He Y, Luo N, Patel SJ, Han Y, Gao R, et al. Пейзаж и динамика единичных иммунных клеток при гепатоцеллюлярной карциноме. Cell (2019) 179: 829–845 e820. doi: 10.1016 / j.cell.2019.10.003
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
77.Нам А.С., Ким К.Т., Шалин Р., Иззо Ф., Энг С., Тейлор Дж. И др. Соматические мутации и идентичность клеток, связанные генотипированием транскриптомов. Nature (2019) 571: 355–60. doi: 10.1038 / s41586-019-1367-0
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
78. Монкада Р., Баркли Д., Вагнер Ф., Чиодин М., Девлин Дж. К., Барон М. и др. Интеграция пространственной транскриптомики на основе микрочипов и одноклеточной Rna-Seq выявляет архитектуру ткани в протоковых аденокарциномах поджелудочной железы. Nat Biotechnol (2020) 38: 333–42. doi: 10.1038 / s41587-019-0392-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
79. Йост К.Э., Сатпати А.Т., Уэллс Д.К., Ци Й., Ван С., Кагеяма Р. и др. Клональное замещение опухолеспецифических Т-клеток после блокады Pd-1. Nat Med (2019) 25: 1251–9. doi: 10.1038 / s41591-019-0522-3
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
80. Sun Y, Wu L, Zhong Y, Zhou K, Hou Y, Wang Z и др.Одноклеточный ландшафт экосистемы при раннем рецидиве гепатоцеллюлярной карциномы. Ячейка (2020) 184 (2): 404–21.e16. doi: 10.1016 / j.cell.2020.11.041
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
81. Hwang WL, Jagadeesh KA, Guo JA, Hoffman HI, Yadollahpour P, Mohan R, et al. Одноядерная и пространственная транскриптомика архивного рака поджелудочной железы выявляет многокомпонентное перепрограммирование после неоадъювантного лечения. BioRxiv (2020). DOI: 10.1158 / 1538-7445.PANCA20-PR-007
CrossRef Полный текст | Google Scholar
82. Chevrier S, Levine JH, Zanotelli VRT, Silina K, Schulz D, Bacac M, et al. Иммунный атлас светлоклеточной почечно-клеточной карциномы. Cell (2017) 169: 736–49.e718. doi: 10.1016 / j.cell.2017.04.016
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
83. Wagner J, Rapsomaniki MA, Chevrier S, Anzeneder T, Langwieder C, Dykgers A, et al. Боденмиллер Б. Атлас одноклеточных опухолей и иммунной экосистемы рака груди человека. Cell (2019) 177: 1330–1345 e1318. doi: 10.1016 / j.cell.2019.03.005
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
84. Гохил С.Х., Йоргулеску Дж.Б., Браун Д.А., Кескин Д.Б., Ливак К.Дж. Применение высокоразмерных одноклеточных технологий для анализа иммунотерапии рака. Нат Рев Клин Онкол (2020) 18 (4): 244–56. DOI: 10.1038 / s41571-020-00449-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
85. Азизи Э., Карр А.Дж., Плитас Дж., Корниш А.Е., Конопацки С., Прабхакаран С. и др.Одноклеточная карта разнообразных иммунных фенотипов в микросреде опухоли молочной железы. Cell (2018) 174: 1293–308.e1236. doi: 10.1016 / j.cell.2018.05.060
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
86. Людвиг Л.С., Ларо, Калифорния, Улирш Дж. К., Кристиан Э., Муус К., Ли Л. Х. и др. Отслеживание происхождения у людей на основе митохондриальных мутаций и одноклеточной геномики. Cell (2019) 176: 1325–39.e1322. doi: 10.1016 / j.cell.2019.01.022
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
87.ван Гален П., Ховестадт В., Уодсворт И. М., Хьюз Т. К., Гриффин Г. К., Батталья С. и др. Одноклеточный Rna-Seq выявляет иерархию Aml, имеющую отношение к прогрессированию заболевания и иммунитету. Cell (2019) 176: 1265–81.e1224. doi: 10.1016 / j.cell.2019.01.031
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
88. Биан С., Хоу И, Чжоу Х, Ли Х, Юн Дж, Ван И и др. Одноклеточное мультиомное секвенирование и анализ колоректального рака человека. Наука (2018) 362: 1060–3.doi: 10.1126 / science.aao3791
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
89. Hou Y, Guo H, Cao C, Li X, Hu B, Zhu P и др. Секвенирование одноклеточной тройной омики выявляет генетическую, эпигенетическую и транскриптомную гетерогенность гепатоцеллюлярных карцином. Cell Res (2016) 26: 304–19. doi: 10.1038 / cr.2016.23
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
90. Нам А.С., Шалинь Р., Ландау Д.А. Интеграция генетических и негенетических детерминант развития рака с помощью одноклеточной мульти-омики. Nat Rev Genet (2021) 22: 3–18. doi: 10.1038 / s41576-020-0265-5
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
93. Tirosh I., Venteicher AS, Hebert C, Escalante LE, Patel AP, Yizhak K, et al. Одноклеточная Rna-Seq поддерживает иерархию развития в олигодендроглиоме человека. Nature (2016) 539: 309–13. DOI: 10.1038 / nature20123
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
94. Марьянович Н.Д., Хофри М., Чан Дж. Э., Каннер Д., Ву К., Тракала М. и др.Возникновение высокопластичного клеточного состояния в процессе развития рака легкого. Cancer Cell (2020) 38: 229–246. e213. doi: 10.1016 / j.ccell.2020.06.012
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
95. Нефтел С., Лаффи Дж., Филбин М.Г., Хара Т., Шор М.Э., Раме Дж. Дж. И др. Интегративная модель клеточных состояний, пластичности и генетики глиобластомы. Cell (2019) 178: 835–49.e821. doi: 10.1016 / j.cell.2019.06.024
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
97.Kim N, Kim HK, Lee K, Hong Y, Cho JH, Choi JW и др. Секвенирование одноклеточной РНК демонстрирует молекулярное и клеточное репрограммирование метастатической аденокарциномы легкого. Nat Commun (2020) 11: 1–15. doi: 10.1038 / s41467-020-16164-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
98. Куинн Дж. Дж., Джонс М. Г., Окимото Р. А., Нанджо С., Чан М. М., Йосеф Н. и др. Одноклеточные линии выявляют частоту, пути и факторы метастазирования в раковых ксенотрансплантатах. Наука (2021) 371 (6532): eabc1944.doi: 10.1126 / science.abc1944
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
99. Прието-Вила М., Усуба В., Такахаши Р-У, Шимомура И., Сасаки Х., Очия Т. и др. Одноклеточный анализ выявляет уже существующую субпопуляцию, устойчивую к лекарствам, в подтипе просвета молочной железы. Cancer Res (2019) 79: 4412–25. doi: 10.1158 / 0008-5472.CAN-19-0122
PubMed Реферат | CrossRef Полный текст | Google Scholar
100. Jerby-Arnon L, Shah P, Cuoco MS, Rodman C, Su M-J, Melms JC, et al.Программа раковых клеток способствует исключению Т-клеток и устойчивости к блокаде контрольных точек. Cell (2018) 175: 984–97.e924. doi: 10.1016 / j.cell.2018.09.006
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
101. Frangieh CJ, Melms JC, Thakore PI, Geiger-Schuller KR, Ho P, Luoma AM и др. Мультимодальные объединенные скрины Perturb-Cite-Seq в моделях пациентов определяют механизмы уклонения от рака. Нат Генет (2021) 53: 332–41. DOI: 10.1038 / s41588-021-00779-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
103.Manfredi F, Cianciotti BC, Potenza A, Tassi E, Noviello M, Biondi A и др. Tcr-перенаправленные Т-клетки для лечения рака: достижения, препятствия и цели. Front Immunol (2020) 11: 1689. doi: 10.3389 / fimmu.2020.01689
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
104. Waldman AD, Fritz JM, Lenardo MJ. Руководство по иммунотерапии рака: от фундаментальной науки о Т-клетках до клинической практики. Nat Rev Immunol (2020) 20: 651–68. doi: 10.1038 / s41577-020-0306-5
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
105.Редмонд Д., Поран А., Элемент О. Одноклеточный Tcrseq: парное восстановление всех транскриптов альфа- и бета-цепей Т-клеток в рецепторах Т-клеток из одноклеточного Rnaseq. Genome Med (2016) 8:80. doi: 10.1186 / s13073-016-0335-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
106. Zheng C, Zheng L, Yoo JK, Guo H, Zhang Y, Guo X и др. Пейзаж инфильтрации Т-клеток при раке печени, выявленный с помощью секвенирования отдельных клеток. Cell (2017) 169: 1342–56.e1316.doi: 10.1016 / j.cell.2017.05.035
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
107. Zhang L, Yu X, Zheng L, Zhang Y, Li Y, Fang Q и др. Отслеживание происхождения выявляет динамические отношения Т-клеток при колоректальном раке. Nature (2018) 564: 268–72. doi: 10.1038 / s41586-018-0694-x
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
108. Кидман Дж., Принсипи Н., Уотсон М., Лассманн Т., Холт Р.А., Новак А.К. и др. Характеристики репертуара Tcr, связанные с успешным иммунным ответом на терапию контрольными точками. Front Immunol (2020) 11: 587014. doi: 10.3389 / fimmu.2020.587014
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
109. Ву Т.Д., Мадиредди С., де Алмейда П.Е., Банчеро Р., Чен Ю.Дж., Читре А.С. и др. Увеличение периферических Т-клеток прогнозирует инфильтрацию опухоли и клинический ответ. Nature (2020) 579: 274–8. doi: 10.1038 / s41586-020-2056-8
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
110. Depuydt MAC, Prange KHM, Slenders L, Ord T, Elbersen D, Boltjes A, et al.Микроанатомия атеросклеротической бляшки человека с помощью одноклеточной транскриптомики. Circ Res (2020) 127: 1437–55. doi: 10.1161 / CIRCRESAHA.120.316770
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
111. Хуанг Х, Ван Ч, Рубельт Ф, Скриба Т. Дж., Дэвис М. М.. Анализ иммунного ответа Mycobacterium Tuberculosis с помощью кластеризации рецепторов Т-клеток с помощью Gliph3 и полногеномного скрининга антигенов. Nat Biotechnol (2020) 38 (10): 1194–202. doi: 10.1038 / s41587-020-0505-4
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
112.Dash P, Fiore-Gartland AJ, Hertz T, Wang GC, Sharma S, Souquette A и др. Поддающиеся количественной оценке прогностические характеристики определяют репертуары эпитоп-специфических рецепторов Т-клеток. Nature (2017) 547: 89–93. DOI: 10.1038 / nature22383
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
113. Ирмиш А., Бонилла Х, Шеврие С., Леманн К.В., Зингер Ф., Туссент NC и др. Исследование профилировщика опухолей: интегрированное, мульти-омическое функциональное профилирование опухолей для поддержки принятия клинических решений. Cancer Cell (2021) 39 (3): 288–93.doi: 10.1016 / j.ccell.2021.01.004
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
114. Раевский Н., Альмоузни Г., Горски С.А., Аэртс С., Амит И., Бертеро М.Г. и др. Продолжительность жизни и улучшение европейского здравоохранения с помощью перехватывающей медицины на основе клеток. Nature (2020) 587: 377–86. doi: 10.1038 / s41586-020-2715-9
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
115. Krieg C, Nowicka M, Guglietta S, Schindler S, Hartmann FJ, Weber LM, et al.Высокомерный одноклеточный анализ предсказывает ответ на иммунотерапию анти-Pd-1. Nat Med (2018) 24: 144–53. DOI: 10,1038 / нм.4466
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
116. Cader FZ, Hu X, Goh WL, Wienand K, Ouyang J, Mandato E, et al. Периферический иммунный признак реагирования на блокаду Pd-1 у пациентов с классической лимфомой Ходжкина. Nat Med (2020) 26 (9): 1468–79. doi: 10.1038 / s41591-020-1006-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
117.Good Z, Sarno J, Jager A, Samusik N, Aghaeepour N, Simonds EF и др. Одноклеточная классификация острой лимфобластной лейкемии-предшественника В-клеток при диагностике выявляет предикторы рецидива. Nat Med (2018) 24: 474–83. DOI: 10,1038 / нм.4505
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
118. Martinez-Morilla S, Villarroel-Espindola F, Wong PF, Toki MI, Aung TN, Pelekanou V, et al. Обнаружение биомаркеров у пациентов с меланомой, леченной иммунотерапией, с помощью визуальной масс-цитометрии. Clin Cancer Res (2021) 27 (7): 1987–96. doi: 10.1158 / 1538-7445.AM2020-2001
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
119. Али Х.Р., Джексон Х.В., Занотелли ВРТ, Даненберг Э., Фишер Дж. Р., Бардвелл Х. и др. Визуализирующая массовая цитометрия и мультиплатформенная геномика определяют феногеномный ландшафт рака молочной железы. Nat Cancer (2020) 1: 163–75. doi: 10.1038 / s43018-020-0026-6
CrossRef Полный текст | Google Scholar
121. Савас П., Вирассами Б., Йе С., Салим А., Минтофф С.П., Карамия Ф. и др.Одноклеточное профилирование Т-клеток рака молочной железы выявляет резидентную в тканях подгруппу памяти, связанную с улучшенным прогнозом. Nat Med (2018) 24: 986–93. DOI: 10.1038 / s41591-018-0078-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
123. Neelapu SS, Locke FL, Bartlett NL, Lekakis LJ, Miklos DB, Jacobson CA, et al. Axicabtagene Ciloleucel Car T-Cell Therapy при рефрактерной большой B-клеточной лимфоме. New Engl J Med (2017) 377: 2531–44. doi: 10.1056 / NEJMoa1707447
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
124.Дэн Кью, Хан Джи, Пуэбла-Осорио Н., Ма MCJ, Страти П., Часен Б. и др. Характеристики продуктов для инфузии автомобильных Т-клеток против Cd19, связанные с эффективностью и токсичностью у пациентов с крупноклеточными В-клеточными лимфомами. Nat Med (2020) 26: 1878–87. doi: 10.1038 / s41591-020-1061-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
125. Sheih A, Voillet V, Hanafi L-A, DeBerg HA, Yajima M, Hawkins R, et al. Клональная кинетика и профили одноклеточной транскрипции Car-T клеток у пациентов, проходящих иммунотерапию Cd19 Car-T. Nat Commun (2020) 11: 1–13. doi: 10.1038 / s41467-019-13880-1
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
126. Gong W, Kwak I-Y, Pota P, Koyano-Nakagawa N, Garry DJ. Drimpute: вменение событий выпадения в данные секвенирования РНК одиночных клеток. BMC Bioinf (2018) 19: 1–10. doi: 10.1186 / s12859-018-2226-y
CrossRef Полный текст | Google Scholar
127. Канев К., Роэлли П., Ву М., Вурмсер С., Делорензи М., Пфаффл М.В. и др. Настройка разрешения одноклеточного секвенирования РНК для первичных цитотоксических Т-клеток. Nat Commun (2021) 12: 1–11. doi: 10.1038 / s41467-020-20751-7
PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar
Вернуться к чертежной доске?
% PDF-1.6 % 1 0 объект > поток doi: 10.1371 / journal.pone.0254322