Запрет на продажу алкоголя на национальных и государственных автомагистралях: В то время как уведомление центрального правительства запрещало винные магазины только вдоль национальных автомагистралей – те, которые примыкают к национальным автомагистралям, – Верховный суд ввел запрет на расстояние 500 метров, сославшись на статью 142. Кроме того, в отсутствие какого-либо подобного уведомления со стороны правительства какого-либо штата суд распространил запрет также на государственные автомагистрали. В результате этого распоряжения тысячи отелей, ресторанов, баров и винных магазинов были вынуждены закрыть или прекратить продажу спиртных напитков, в результате чего сотни тысяч сотрудников были уволены с работы.Можно отметить, что общий процент несчастных случаев со смертельным исходом из-за вождения в нетрезвом виде, как определил суд по статистике 2015 года, составил всего 4,2% против 44,2%, вызванных превышением скорости. Сам Верховный суд постановил, что право на трудоустройство является основным правом, прослеживаемым в статье 21. Однако в своем постановлении, запрещающем продажу алкоголя на автомагистралях, он не упомянул потерю работы сотнями тысяч людей, что является прямым следствием. порядка.

Передача дел, возбужденных против лиц, обвиняемых в деле о сносе мечети Бабри Масджид: Коллегия из двух судей вынесла постановление, которое противоречило более раннему решению коллегии из трех судей Верховного суда, между теми же сторонами, что было для него обязательным.Несмотря на решение более крупной коллегии, суд был готов постановить, ссылаясь на статью 142, что ввиду длительного рассмотрения дела в течение 25 лет он постановил, что теперь судебное разбирательство будет перенесено с Рэй Барели в Лакхнау. На мой взгляд, решение не просто дополнило закон, но и заменило его по причине обязательного характера решения коллегии трех судей, которое составляло res judicata между сторонами. Фактически судебный процесс над Раэ Барели близился к завершению; Теперь потребуется не менее двух лет для допроса нескольких сотен свидетелей в Лакхнау до завершения судебного разбирательства, поскольку также должно быть рассмотрено обвинение в заговоре.

Я должен повторить, что я выступал в качестве юриста во всех вышеупомянутых делах.

Это правда, что статья 142 была применена с целью принести огромную пользу широким слоям населения и даже нации в целом. Верховный суд осознал свою роль как задачу, которая потребует от него «вытереть каждую слезу со всех глаз», но, возможно, пришло время, чтобы использование этой огромной неограниченной власти включало систему сдержек и противовесов.

Передача в Конституционную палату

Пока кто-то обдумывает возможное решение этой головоломки, нельзя упускать из виду тот факт, что сегодня у нас есть суд из 31 судьи, который заседает в тринадцати отделениях по два или три человека и обсуждает вопросы основные правовые вопросы дня.Можно даже заметить, что в Индии существует тринадцать верховных судов, поскольку каждое из них само по себе представляет Верховный суд Индии, и каждая судебная коллегия независима от другой. Поэтому я предлагаю передать все дела, в которых применяется статья 142, в Конституционную коллегию в составе не менее пяти судей, чтобы это осуществление дискреционных полномочий стало результатом деятельности пяти независимых судей, занимающихся вопросами, имеющими столь далеко идущие последствия для жизни людей. люди. Я также предлагаю, чтобы во всех случаях, когда суд ссылается на статью 142, правительство должно выпустить белую книгу для изучения положительных, а также отрицательных последствий судебного решения по прошествии шести месяцев или около того с даты его вынесения.

Пришло время Верховному суду задуматься о том, должно ли использование статьи 142 в качестве независимого источника власти регулироваться строгими руководящими принципами, чтобы, по словам судьи Бенджамина Кардозо, судья «не был рыцарем». блуждающий по своему желанию в поисках собственного идеала… »

Систематическое обнаружение функциональных протеоформных групп на основе восходящих протеомных наборов данных

Принцип метода и его реализация

Отнесение пептидов к уникальным протеоформам является сложной задачей в восходящих протеомных рабочих процессах, поскольку большинство обнаруженных пептидов часто являются общими между множественными протеоформами и множественными расходящимися пептидами не может быть однозначно назначено во время вывода белка.Здесь мы предлагаем управляемую данными стратегию для отнесения пептидов к уникальным функциональным группам протеоформ на основе моделей корреляции пептидов в больших наборах протеомных данных снизу вверх (COPF). Мы определяем функциональную группу протеоформ как группу пептидов, происходящих от одного и того же гена, которые варьируются в большом и разнородном наборе данных. Группа протеоформ может, но не обязательно, представлять уникальную специфическую протеоформу (см. Также глоссарий в дополнительной таблице 1). Стратегия COPF основана на следующих соображениях: (i) в случае, если экспрессируется только одна протеоформа или все протеоформы белка имеют схожие характеристики в гетерогенном наборе данных, все родственные пептиды (т.е., пептиды, происходящие от одного и того же родительского гена / белка) должны демонстрировать аналогичный количественный профиль, как схематически показано на левой панели фиг. 1A; (ii) если ген генерирует несколько различных протеоформ, которые различаются между проанализированными образцами в разнородном наборе данных, родственные пептиды этого белка могут быть разделены на группы сильно коррелированных пептидов, которые мы соответственно относим к разным группам протеоформ, схематически показанным на рис. 1А правая панель.

A COPF основан на концепции, согласно которой все пептиды одного протеоформного белка, которые по-разному регулируются в наборе данных, должны следовать одному и тому же количественному шаблону (левая панель). Напротив, для дифференциально регулируемых белков с более чем одной протеоформой пептиды, уникальные для каждой протеоформы, должны следовать определенной количественной схеме (правая панель). На этом рисунке изображены примерные протеоформы, полученные посредством альтернативного сплайсинга.Экзоны в пре-мРНК обозначены цветными прямоугольниками, а интроны – линиями. В изображенном примере альтернативного сплайсинга один вариант сплайсинга содержит только синие экзоны, что приводит к синей протеоформе. Второй вариант сплайсинга дополнительно содержит два оранжевых экзона, таким образом образуя смешанную синюю и оранжевую протеоформу. Во время протеолитического расщепления для восходящей протеомики белки и протеоформы расщепляются на пептиды – процесс, во время которого прямая связь между пептидом и его родительской протеоформой теряется.COPF использует преимущества наборов данных, которые оценивают количественные профили пептидов по большому количеству образцов (шаг 1). Здесь это иллюстрируется 12 образцами, измеренными в двух разных условиях. Чтобы количественно оценить ковариацию по образцам, все попарные корреляции пептидов рассчитываются для каждого белка (шаг 2). Расстояние корреляции (1 – корреляция Пирсона) впоследствии используется для иерархической кластеризации пептидов в две группы (этап 3). Наконец, баллы протеоформ и соответствующие значения p вычисляются на основании соотношения междумежкластерная корреляция Пирсона (шаг 4). Белки без альтернативных протеоформ в разных условиях получают низкий балл / скорректированное значение p (серые точки), тогда как белки с множественными детектированными протеоформами между условиями достигают более высокого балла протеоформ / скорректированного низкого значения p (красные точки). B COPF встроен в структуру CCprofiler. Группы протеоформ, обнаруженные из данных SEC-SWATH-MS, поэтому могут быть напрямую интегрированы в анализ белкового комплекса для определения протеоформ, специфичных для сборки.Здесь пептиды оранжевой группы протеоформ присутствуют исключительно в мономерном состоянии, тогда как пептиды синей группы протеоформ образуют белковый комплекс с двумя белками, указанными серым цветом. C COPF имеет модуль постобработки для анализа близости последовательностей. Пептиды обозначены в виде маленьких прямоугольников, окрашенных в оранжевый или синий цвет в соответствии с назначенной им группой протеоформ.

Концептуально рабочий процесс обнаружения протеоформ в COPF можно разделить на четыре этапа (рис. 1A, анализ вычислительных данных).Во-первых, интенсивности пептидов, присвоенных одному и тому же идентификатору гена или белка, определяются из соответствующих сигналов МС для всех измеренных образцов. Во-вторых, все парные пептидные корреляции внутри белка рассчитываются на основе определенных значений интенсивности по образцам. В-третьих, пептиды белка подвергаются иерархической кластеризации с использованием единицы минус ранее рассчитанная корреляция в качестве показателя расстояния. Затем дерево разрезают на два кластера, каждый из которых содержит минимум два пептида (подробности см. В разделе «Методы»).В-четвертых, для каждого белка рассчитывается оценка протеоформы. Оценка рассчитывается как средняя корреляция пептидов по кластерам минус корреляция внутри кластера. Таким образом, более высокий балл протеоформы указывает на более высокую корреляцию внутри кластера по сравнению с межкластерным. Предположение нашей стратегии COPF состоит в том, что белки с множеством различных протеоформ, которые ведут себя по-разному в наборе данных, будут иметь более высокие баллы протеоформ, чем белки без разных протеоформ. Наконец, COPF оценивает значения p для каждой оценки протеоформ и выполняет коррекцию множественного тестирования (подробности см. В разделе «Методы»).

Важно подчеркнуть, что анализ COPF не требует какого-либо предварительного определения биологических условий или конкретного плана эксперимента, поскольку он использует присущие данные независимо от их происхождения. Таким образом, COPF имеет уникальное преимущество, заключающееся в том, что он применим к непарным сравнениям или к сравнениям, которые не включают несколько условий, примером которых являются непрерывные данные, такие как один эксперимент SEC-SWATH-MS, в котором анализируется только одно условие. Кроме того, COPF также можно применять к данным со сложным вложенным дизайном, включающим несколько ковариат.Фактически, основанный на корреляции подход, используемый COPF, особенно эффективен при применении к большим и разнородным наборам данных, даже при отсутствии явного справочного условия. Их обычно трудно оценить с помощью других подходов, таких как PeCorA ²⁷ , которые требуют однородных эталонных условий.

Стратегия COPF реализована и открыто доступна как расширенная версия нашего ранее опубликованного пакета CCprofiler R ^21,30,31 по адресу: https: // github.com / CCprofiler / CCprofiler. Структура CCprofiler предлагает уникальную возможность напрямую интегрировать результаты COPF в анализ сборок белковых комплексов с помощью SEC-SWATH-MS или аналогичных подходов совместного фракционирования MS (рис. 1B). Таким образом, группы протеоформ, назначенные COPF, могут быть напрямую классифицированы как специфичные для сборки и / или как специфические для состояния, если анализируются несколько состояний. Чтобы получить еще больше информации о характеристиках обнаруженных групп протеоформ, мы дополнительно реализовали анализ близости пептидов в качестве модуля постобработки в COPF (рис.1С). Анализ близости оценивает, находятся ли пептиды, отнесенные к одной и той же группе протеоформ, в более близкой относительной близости последовательностей, чем ожидалось для случайного группирования пептидов. Этот модуль определяет случаи, когда протеоформы отличаются протяженностью удлиненных последовательностей, например, когда они генерируются альтернативным сплайсингом или протеолитическим расщеплением. Таким образом, модули постобработки COPF, доступные в рамках CCprofiler, предоставляют возможность не только обнаруживать группы протеоформ, но также систематически оценивать некоторые из их биологических характеристик.

Benchmark

Особой проблемой для сравнительного анализа стратегии COPF по назначению функциональных протеоформных групп является отсутствие доступных биологических базовых данных. Поэтому для оценки эффективности COPF мы провели анализ чувствительности, основанный на сгенерированном in silico наборе данных сравнительного анализа, и сравнили результаты COPF с результатами PeCorA, недавно опубликованного инструмента для оценки протеоформ ²⁷ . Мы использовали подмножество мультилабораторного исследования SWATH-MS ¹⁹ в качестве основы для получения данных сравнительного анализа.Выбранный набор данных содержит 21 повторный MS-анализ лизатов клеток HEK293, измеренный в течение 3 дней в течение недели (дни 1, 3 и 5, соответственно). Чтобы ввести количественные вариации, мы сгенерировали in silico кратные изменения, регулируя интенсивность данных дня 3 и дня 5 с двумя случайно выбранными факторами от 1 до 6. Затем были введены искусственные протеоформы для 1000 белков путем выбора определенного количества пептидов, для которых значения интенсивности в данных дня 5 были скорректированы случайным коэффициентом между 0.01 и 0.9. Примерные профили интенсивности для белка с двумя протеоформами (вверху) и белка только с одной протеоформой (внизу) показаны на фиг. 2A. Полученный набор белков с одной или двумя протеоформами затем использовался для оценки способности нашего алгоритма правильно различать белки с одной или несколькими протеоформами, а также правильно относить пептиды к их соответствующей группе протеоформ. На рис. 2В показан график псевдовулкана для белков с двумя (зеленый) и одиночной (оранжевый) протеоформами.Здесь протеоформы генерировались случайным изменением между 2 пептидами и 50% пептидов в белке. Чтобы установить показатели производительности COPF в контексте предыдущей работы, мы также проанализировали наш набор данных эталонного тестирования с помощью недавно опубликованного программного обеспечения PeCorA ²⁷ . Для этого сравнения мы создали три набора тестов: первый состоял из белков, протеоформы которых различались одним пептидом, второй – из белков, протеоформы которых различались двумя пептидами, а третий состоял из белков, протеоформы которых различались на 50%. пептиды.Мы сравнили кривые рабочих характеристик приемника (ROC) для COPF и PeCorA для всех трех наборов тестов (рис. 2C). Здесь отдельные точки выводятся путем фильтрации данных по конкретному скорректированному (настроенному) пороговому значению p и отображению соответствующей частоты истинных положительных результатов (TPR) и частоты ложных положительных результатов (FPR). COPF требует минимум двух пептидов для дифференциации протеоформных групп. Как и ожидалось, COPF не смог обнаружить протеоформы, отличающиеся одним пептидом в первом тестовом наборе (рис.2С левая панель). Напротив, PeCorA был специально разработан для обнаружения протеоформ, различающихся одним пептидом, и, следовательно, мог обеспечить убедительную кривую ROC. Во втором тестовом наборе группы протеоформ различались по двум пептидам, и COPF и PeCorA показывают аналогичные кривые ROC (рис. 2, средняя панель и дополнительный рис. 1A). Здесь COPF имеет немного более высокие значения TPR в нижнем диапазоне значений FPR от 0 до 0,1. Наконец, COPF заметно превзошел PeCorA в третьем тестовом наборе, в котором группы протеоформ различались на 50% от пептидов белка (рис.2С правая панель). Наблюдаемые результаты соответствуют ожиданиям, вытекающим из конструкции любого инструмента. PeCorA особенно чувствителен при обнаружении отдельных пептидов с выбросами, тогда как COPF особенно эффективен при обнаружении протеоформ, которые различаются несколькими пептидами. Глядя на отнесение пептидов к протеоформам, очевидно, что PeCorA может успешно определять отдельные протеоформные пептиды (оранжевый цвет на левой панели рис. 2С). Однако ошибки возрастают с увеличением количества пептидов на протеоформу (фиолетовый цвет на рис.2С средняя и правая панель). Напротив, COPF может успешно группировать пептиды в правильную группу протеоформ, учитывая, что протеоформы различаются минимум двумя пептидами (оранжевый цвет на рис. 2C, средняя и правая панели).

A Мы создали набор тестовых данных in silico для оценки производительности COPF. Двадцать одно повторное измерение лизатов клеток HEK293, полученных из межлабораторного исследования SWATH-MS ¹⁹ , было отобрано и скорректировано (i) для внесения различий между образцами и (ii) для введения протеоформ для подмножества белков.На верхней панели показаны профили интенсивности уровня пептидов для типичного белка, состоящего из двух детектируемых протеоформ (два возмущенных пептида выделены фиолетовым цветом). На нижней панели показаны профили интенсивности на уровне пептидов для белка, состоящего из единственной детектируемой протеоформы (без возмущенных пептидов). B Псевдовулканический график для белков с двумя (зеленый) и только одной (оранжевый) протеоформой. Для этого рисунка протеоформы генерировались случайным изменением между двумя пептидами и 50% пептидов в белке. C Кривые характеристик оператора приемника (ROC) для трех наборов эталонных данных in silico. Они показывают процент истинных положительных результатов (TPR) над уровнем ложных положительных результатов (FPR). Отдельные точки на кривой генерируются путем перебора различных скорректированных пороговых значений p . Точки данных, полученные из скорректированного порогового значения 0,1 p , выделены красным кружком. D Эмпирические значения FDR в сравнении с расчетными скорректированными значениями p . Отдельные точки на кривых генерируются путем перебора различных скорректированных пороговых значений p .

Чтобы оценить оценку вероятности ложного обнаружения (FDR) в COPF, мы сравнили настройку множественного тестирования. p -значение с эмпирическим FDR в каждом из наборов данных наземных тестов (рис. 2D). Результаты показывают, что оценки FDR с помощью COPF хорошо откалиброваны и в целом консервативны (обычно следуют, но остаются ниже диагональной линии) для протеоформ, различающихся двумя или более пептидами (рис. 2D, средняя и правая панели). Введение порога оценки протеоформ в дополнение к прил. p -values ​​дает еще более консервативные результаты. Наш дальнейший анализ показывает, что прил. p -значения, сообщаемые PeCorA, не могут быть напрямую интерпретированы как FDR. Хотя они представляют отношение упорядочения и, таким образом, дают разумные кривые ROC (рис. 2C), прил. p -значения PeCorA не соответствуют оценкам FDR на уровне белка (рис. 2D). Хотя выполнение дополнительной коррекции множественного тестирования значений p , сообщаемых PeCorA для всех пептидов в наборе данных, несколько снизило этот эффект (дополнительный рис.1A, B), потребуются дополнительные меры для получения статистики FDR для PeCorA.

Таким образом, эталонный анализ in silico демонстрирует, что COPF может (1) уверенно идентифицировать белки с протеоформами, если протеоформы различаются двумя или более пептидами, (2) правильно группировать пептиды в правильные группы протеоформ и (3) хорошо обеспечивать -калиброванные и консервативные оценки FDR для обнаружения протеоформ. Сравнение с современным инструментом PeCorA показывает, что эти два инструмента дополняют друг друга.Хотя PeCorA хорошо работает с протеоформами, отличающимися одним пептидом, COPF превосходит PeCorA для протеоформ, отличающихся несколькими пептидами.

Идентификация протеоформ, специфичных для клеточного цикла и сборки, в наборе данных SEC-SWATH-MS

Мы применили стратегию COPF к нашему ранее опубликованному набору данных нативного комплексного фракционирования клеток Hela CCL2, синхронизированных в интерфазе и митозе ²⁸ до идентифицировать протеоформы, специфичные для клеточного цикла и сборки. В этом случае набор данных состоит из нативных комплексов, выделенных из клеток в двух состояниях клеточного цикла, разделенных с помощью SEC, а затем проанализированных восходящим протеомным анализом с использованием DIA / SWATH-MS ^21,31 .Рабочий процесс с отдельными этапами схематично проиллюстрирован на рис. 3А. Во-первых, клетки лизируются в условиях, близких к нативным, для сохранения целостности белковых комплексов. Во-вторых, смесь белковых комплексов разделяется с помощью SEC на 65 фракций. В-третьих, каждая отобранная фракция отдельно обрабатывается для восходящих протеомных измерений с помощью SWATH-MS ¹⁷ с последующим пептид-центрическим анализом ^32,33,34 . На четвертом этапе профили элюции пептидов во фракциях SEC оцениваются для определения сборок белковых комплексов с помощью CCprofiler, как описано ранее ^21,31 , и дополнительно методом COPF для идентификации протеоформ, дифференциально связывающихся с комплексами внутри или между состояниями клеточного цикла.

A Схематический обзор плана эксперимента и рабочего процесса анализа SEC-SWATH-MS. Клетки HeLa были заблокированы либо в интерфазе, либо в митозе. Образцы подвергали мягкому лизису клеток (1) с последующим фракционированием белковых комплексов с помощью SEC (2). Каждую из последовательно отобранных фракций отдельно подвергали восходящему протеомному процессу, включая триптическое расщепление и сбор данных МС с помощью SWATH-MS (3).Полученные количественные профили на уровне белков и пептидов по измерению SEC были использованы для оценки белковых комплексов и анализа протеоформ с помощью COPF (4). B График псевдовулкана, показывающий результаты оценки протеоформ для набора данных клеточного цикла SEC-SWATH-MS. При многократном тестировании скорректированный порог значения p , равный 10%, и минимальная оценка протеоформы 0,1, алгоритм предсказал, что набор из 317 белков будет содержать несколько групп протеоформ. C Оценка зарегистрированных протеоформных групп. D Анализ обогащения по ключевым словам UniProt предсказанного набора зарегистрированных групп протеоформ.

Для анализа COPF мы взяли исходные профили элюции на уровне пептидов из Heusel et al. ²⁸ в качестве отправной точки. Мы импортировали данные в структуру CCprofiler для последующей предварительной обработки данных следующим образом. Во-первых, мы аннотировали пептиды их начальным и конечным положением в канонической последовательности белка. Во-вторых, пептиды с перекрывающимися начальным и конечным положениями (например,g. пептиды, полученные в результате пропущенных расщеплений) были уменьшены до одного репрезентативного пептида, выбранного на основе наивысшей общей интенсивности во всем наборе данных. В-третьих, пропущенные значения были вменены для дробей с действительным значением как в предыдущей, так и в следующей дроби SEC. В-четвертых, пептиды, обнаруженные менее чем в трех последовательных фракциях, и пептиды с нулевой дисперсией по измерению SEC были удалены. Наконец, только белки с двумя или более оставшимися пептидами рассматривались для дальнейшего анализа с помощью COPF.Важно отметить, что интенсивности отдельных пептидов во всех измеренных фракциях и условиях учитывались для расчета парных корреляций в COPF и для получения показателей оценки.

Псевдо-вулканический график для 5451 белка из набора данных SEC-SWATH-MS, который остался после вышеуказанных этапов фильтрации, показан на рис. 3B. При многократном тестировании скорректированный порог значения p , равный 10%, и минимальный балл протеоформы 0,1, COPF сообщил о 317 белках с функциональными протеоформными группами.Двести сорок три (77%) этих белков аннотированы множественными изоформами в UniProt (точный критерий Фишера: отношение шансов = 1,8, p -значение = 6 × 10 ^-7 по сравнению со всем SEC- Набор данных SWATH-MS). Сравнение с независимым исследованием передачи фосфо-сигналов в условиях клеточного цикла ³⁵ также показало, что 317 белков значительно обогащены фосфозитами, регулируемыми клеточным циклом (точный критерий Фишера: отношение шансов = 4,8, p -значение = 7 × 10 ⁻³⁹ ).Анализ близости идентифицированных пептидов в пределах белковой последовательности показал, что протеоформы для 68 белков (21%) были значительно ближе по близости последовательности, чем ожидалось случайно ( p – значение ≤ 10%), а протеоформы для дополнительных 92 белков (29%) ) набрал один из 10% самых низких из возможных значений p , учитывая количество пептидов в белке (подробности см. также в разделе «Методы»). Мы дополнительно проанализировали набор данных в отношении протеоформ, которые связаны с различными комплексами (специфичными для сборки), и протеоформами, которые различаются между состояниями клеточного цикла (специфичными для клеточного цикла).Группы протеоформ для 109 белков (34%) могут быть классифицированы как специфичные для сборки, поскольку мы наблюдали их в нескольких различных состояниях сборки, разрешенных по измерению SEC (подробности см. В разделе «Методы»). Кроме того, COPF предсказал протеоформные группы из 124 белков (39%), которые были значительно дифференцированно экспрессированы между двумя стадиями клеточного цикла (log2-кратное изменение ≥ 1 и Benjamini-Hochberg (BH) с поправкой p -значение ≤ 0,05). Сводная характеристика протеоформ представлена ​​на рис.3С.

В качестве окончательной оценки общих характеристик набора белков, обнаруженных как имеющие несколько групп протеоформ, мы выполнили анализ обогащения (рис. 3D). Мы заметили, что набор белков сильно обогащен фосфопротеинами и генами, обработанными альтернативным сплайсингом. Кроме того, набор белков обогащен ключевыми словами UniProt, относящимися к процессам, важным во время развития клеточного цикла, что ожидается с учетом тестируемых биологических условий.

В дополнение к этим глобальным открытиям наш набор данных предоставил богатый источник новой биологической информации.Далее мы представляем избранные примеры, которые подчеркивают различные механизмы, генерирующие протеоформы и различные функциональные ассоциации протеоформ с клеточным циклом или сборкой белка.

Первым примером является субъединица-β протеасомы типа 7 (PSMB7, UniProt ID: Q99436), которая убедительно разрешена в наших данных SEC. Линия сборки протеасом – это хорошо изученная, но все еще тщательно изученная система. На рис. 4А представлена ​​упрощенная схема процесса. Ключевым этапом в распространенной модели сборки 20S частиц является интеграция PSMB7 в качестве последней β-субъединицы, запускающей протеолитическое расщепление его пропептида с последующим образованием полного протеасомного комплекса 20S core ³⁶ .Наша основанная на данных стратегия COPF идентифицировала две специфичные для сборки протеоформы для PSMB7 (см. Также дополнительный рис. 2A). Профили SEC всех обнаруженных пептидов PSMB7 показаны на фиг. 4B. Пептиды, отнесенные к двум разным группам протеоформ, выделены синим и оранжевым цветом. Хотя пептиды обеих протеоформных групп участвуют в пике с более низкой молекулярной массой (MW) вокруг фракции 33, только пептиды оранжевой группы протеоформ были обнаружены в пике с более высокой молекулярной массой около фракции 25.Из анализа совместной элюции белков (дополнительный рис. 2C) и нашего предыдущего исследования ²¹ мы знаем, что группа пиков вокруг фракции 33 соответствует промежуточному продукту сборки протеасомы, а группа пиков вокруг фракции 25 соответствует полной протеасоме 20S ядра. Проверка расположения обнаруженных пептидов вдоль последовательности PSMB7 показывает, что пептиды синей протеоформы соответствуют двум N-концевым пептидам (фиг. 4C, также см. Дополнительный фиг. 2B). Второй пептид (TGTTIAGVVYK) охватывает известный сайт протеолитического расщепления пропептида PSMB7.Чтобы проверить наш результат, мы выполнили целевую повторную экстракцию полупептида (TTIAGVVYK), который продуцируется триптическим расщеплением обработанной короткой протеоформы с использованием Skyline ^37,38 . Извлеченный сигнал этого полупептида выделен зеленым на фиг. 4B, C (также см. Дополнительный фиг. 3). В отличие от полностью триптического (синего) пептида, отщепленная пептидная последовательность коэлюируется с пептидами оранжевой протеоформной группы, что указывает на то, что процессированная форма интегрирована в основной комплекс протеасомы 20S, как ожидалось, и идентифицируя точное местоположение протеолитической группы. обработка, которая генерирует протеоформу.

A Схематический обзор линии сборки протеасом. B Пептидные профили протеасомной субъединицы β типа 7 (β7, PSMB7, UniProt ID: Q99436) в интерфазе. Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. Увеличенный фрагмент от 10 до 40 показан в логарифмической шкале, включая дополнительный полуптиптический пептид TTIAGVVYK, который представляет N-концевой триптический пептид процессированной протеоформы (зеленый).Обратите внимание, что значения содержания оранжевого и синего пептидов нельзя напрямую сравнивать с полуптиптическим пептидом TTIAGVVYK, выделенным зеленым цветом, из-за использования отдельных платформ для анализа. C График последовательности белка для PSMB7. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Информация о пропептидах и цепях от UniProt обозначена горизонтальными полосами. Известный сайт расщепления пропептида указан ножницами.Область вокруг аннотированного сайта расщепления представлена ​​в увеличенном масштабе. Полутриптический пептид из B выделен зеленым. D Схематический обзор биогенеза протеоформ NUP98 и NUP96 из одной и той же мРНК и белка-предшественника (UniProt ID: P52948). E Пептидные профили продукта гена Nup98 в интерфазе (слева) и митозе (справа). Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. F График последовательности белка для продукта гена Nup98 .Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Информация о цепочке и альтернативные изоформы последовательностей от UniProt обозначены горизонтальными полосами. Известный сайт автокаталитического расщепления NUP98 / 96 показан стрелкой в ​​увеличенном масштабе соответствующей области последовательности.

Белок комплекса ядерных пор (NPC) Nup98-Nup96 (UniProt ID: P52948) представляет собой второй пример способности COPF к управляемому данными назначению протеоформ.Группы протеоформ Nup98-Nup96 были идентифицированы с помощью алгоритма как специфичные как для сборки, так и для клеточного цикла (фиг. 4D). Ген Nup98 , как известно, кодирует белок-предшественник 186 кДа, который подвергается автопротеолитическому расщеплению с образованием нуклеопорина 98 кДа (NUP98) и нуклеопорина 96 кДа (NUP96) (рис. 4D) ^39,40,41,42 . NUP96 является важным каркасным компонентом NPC, тогда как NUP98 выполняет различные функциональные роли во время митоза. Ранее мы показали повышенную регуляцию субкомплекса Nup107-160 (Corum ID: 87) в митозе по сравнению с интерфазой (см.рис.6H в исх. ²⁸ ). Там мы заявили, что белковый продукт гена Nup98 активируется вместе с другими членами субкомплекса Nup107-160, то есть белками SEC13 (P55735), NUP107 (P57740), NUP160 (Q12769), NUP43 (Q8NFh4). , NUP37 (Q8NFh5), NUP133 (Q8WUM0), SEh2L (Q96EE3) и NUP85 (Q9BW27). Здесь наш подход, основанный исключительно на данных, позволил правильно сгруппировать пептиды в соответствии с двумя известными протеоформами NUP98 и NUP96 (рис. 4E, F, также см. Дополнительный рис.2D, E). Основываясь на этом назначении, мы можем теперь также продемонстрировать, что только протеоформа NUP96 интегрируется в субкомплекс Nup107-160 и следует его поведению на протяжении клеточного цикла (дополнительный рис. 2F). Это соответствует отчетам о предыдущих исследованиях ⁴³ .

В дополнение к вышеупомянутым примерам, в которых протеоформы были получены в результате ферментативного или автопротеолитического расщепления, алгоритм COPF может дополнительно обнаруживать протеоформы, полученные в результате альтернативного сплайсинга, примером которого является ядерный аутоантигенный белок спермы (NASP, UniProt ID: P49321).Предыдущие исследования сообщили о двух протеоформах белка NASP, происходящих из альтернативного сплайсинга, которые могут быть обнаружены в трансформированных клеточных линиях: соматическая форма (sNASP) и более короткая тестикулярная форма (tNASP) ⁴⁴ . В нашем наборе данных клеточного цикла HeLa, COPF обнаружил две специфичные для сборки группы протеоформ, которые правильно соответствуют аннотированным протеоформам sNASP и tNASP (Fig. 5A, также см. Supplementary Fig. 4A). Две отдельные группы пептидных пиков в разных MW-областях разделения SEC действительно подтверждают предыдущие данные о том, что две протеоформы участвуют в разных сборках.

A Пептидные профили ядерного аутоантигенного белка сперматозоидов (NASP, UniProt ID: P49321) в митозе. Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. B График последовательности белка для NASP. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Информация о цепочке и альтернативные изоформы последовательностей от UniProt обозначены горизонтальными полосами. C Пептидные профили трансмембранного белка 106B (TMEM106B, UniProt ID: Q9NUM4) в интерфазе. Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. D График последовательности белка TMEM106B. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Информация о цепочке от UniProt отображается в виде горизонтальной полосы. Предлагаемые сайты каталитического расщепления ^45,46 указаны ножницами. E Круговая диаграмма, иллюстрирующая количество белков с протеоформой, обогащенных фосфозитами, регулируемыми клеточным циклом ³⁵ , и их перекрытие со специфичностью клеточного цикла протеоформы. F Пептидные профили атаксин-2-подобного белка (ATXN2L, UniProt ID: Q8WWM7) в интерфазе (слева) и в митозе (справа). Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. Кроме того, красным, фиолетовым и коричневым цветом выделены следы впоследствии экстрагированных фосфопептидов.Обратите внимание, что значения содержания оранжевого и синего пептидов нельзя напрямую сравнивать с фосфопептидами из-за использования отдельных платформ анализа. G График последовательности белка для ATXN2L. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Фосфозиты, регулируемые клеточным циклом, обозначены красными полосками, тогда как нерегулируемые фосфозиты показаны серым цветом ³⁵ . Области отдельных фосфопептидов визуализируются в отдельных окнах увеличения, соответствующих цветам соответствующих пептидов в F .

Принимая во внимание, что примеры, описанные выше, относятся к хорошо аннотированным протеоформам, которые мы смогли разрешить без включения предварительных знаний в анализ, наши результаты также выявили менее хорошо изученные протеоформы. На рис. 5C, D показаны профиль и расположение последовательности пептидов трансмембранного белка 106B (TMEM106B, UniProt ID: Q9NUM4), который не имеет аннотированных вариантов последовательности или конкретных этапов постобработки, аннотированных в UniProt. Тем не менее, COPF идентифицировал две четко различимые протеоформы, специфичные для сборки (дополнительный рис.4Б). В недавней литературе мы нашли доказательства того, что TMEM106B является лизосомальным мембранным белком, который после интеграции в мембрану подвергается эволюционно консервативному регулируемому внутримембранному протеолизу ^45,46 . Это включает двухэтапный механизм, при котором люминальный домен сначала отщепляется неизвестным ферментом по остатку AA 127, а затем следует второе расщепление (по AA 106) N-концевого фрагмента, который все еще закреплен в мембране (сайты расщепления обозначены ножницами на фиг. 5D).Наши данные предполагают, что пептиды группы синей протеоформы принадлежат С-концевому люминальному домену, элюируя отдельно в диапазоне низких молекулярных масс, что, вероятно, соответствует мономерной форме (ожидаемая молекулярная масса мономера = 31 кДа, наблюдаемая элюция при ~ 42 ± 10 кДа. согласно оценке, основанной на лог-линейной калибровке MW фракций SEC, см. раздел «Методы»). Сигнал с высокой молекулярной массой, вероятно, соответствует полноценному белку, интегрированному в лизосомальную мембрану. Анализ обогащения совместно элюируемых белков в диапазоне высокой молекулярной массы показывает обогащение мембранно-связанными белками (дополнительный рис.4В, Г).

Сильное обогащение фосфопротеинов в целом и, в частности, белками с ранее описанными фосфозитами, регулируемыми клеточным циклом ³⁵ в наборе белков с группами протеоформ, было важным открытием в общем анализе результатов COPF (рис. 3D). Чтобы продолжить эти результаты, мы намеревались идентифицировать специфические группы протеоформ, которые обогащены фосфозитами регулируемого клеточного цикла. Для этого мы выполнили анализ обогащения в каждой из наших предсказанных групп протеоформ, чтобы проверить, обогащены ли они фосфозитами, регулируемыми клеточным циклом, как определено Karayel et al. ³⁵ . В целом, 42 из 317 белков с множественными группами протеоформ (13%) имели одну группу протеофромов, значительно обогащенную ранее аннотированными фосфозитами, регулируемыми клеточным циклом, что позволяет предположить, что эти протеоформы могут быть производными фосфорилирования. Двадцать восемь (67%) этих белков также оказались специфичными для стадии клеточного цикла (log2-кратное изменение ≥ 1 и BH прил. p – значение ≤ 0,05, рис. 5E). Одним из таких примеров является белок, подобный атаксину-2 (UniProt ID: Q8WWM7). Пептиды первой группы протеоформ (оранжевый) более распространены в митозе (log2-кратное изменение = 1.38 и BH прил. p -значение = 0,002), тогда как вторая протеоформа (синий) имеет значительно меньшее количество (log2-кратное изменение до -2,66 и BH прил. p -значение = 0,005) (рис. 5F и дополнительный рис. 5). Четыре из пяти регулируемых фосфозитов ³⁵ (рис. 5G) попали в области последовательности, охваченные нашим набором данных, точно совпадая с четырьмя пептидами второй протеоформы (синий). Воспользовавшись возможностью повторного извлечения данных из карт SWATH-MS, мы выполнили целевой анализ в Skyline для обнаружения и количественной оценки ожидаемых фосфопептидов в нашем наборе данных (дополнительный рис.6). Как и предполагалось, мы смогли подтвердить митоз-специфическое фосфорилирование для двух из четырех пептидов (EIESS [+80] PQYR и TLSS [+80] PSNRPSGETSVPPPPAVGR, рис. 5F). Один фосфопептид (GPPQS [+80] PVFEGVYNNSR) имел только слабый сигнал (фиолетовый), а четвертый не мог быть обнаружен. Тем не менее, примечательно, что фосфопептиды можно было обнаружить и количественно определить в образцах с учетом длительного протокола обработки без обогащения и без специфической обработки ингибированием фосфатазы. Эти результаты подчеркивают, что подход COPF способен определять фосфоспецифические протеоформные группы, учитывая, что задействованы как минимум два пептида.Здесь важно еще раз подчеркнуть, что стратегия, с помощью которой были обнаружены фосфоспецифические группы протеоформ с помощью COPF, напрямую связывает эти обнаружения с их биологической значимостью в клеточном цикле.

Тканеспецифические протеоформы в данных SWATH-MS для различных тканей мыши

По сравнению с набором данных SEC-SWATH-MS, где комплексы нативных белков разделяются и анализируются в последовательных фракциях, восходящие наборы протеомных данных нефракционированных образцов встречаются чаще. доступный.Используя ранее опубликованный набор данных SWATH-MS для пяти различных тканей мышей от восьми мышей BXD каждая ²⁹ (рис. 6A), мы проверили предположение, что стратегия COPF для идентификации функциональных протеоформ также применима к матрицам интенсивности пептидов по сравнению с образцами данных. из наборов выборок достаточного размера и вариативности между выборками.

A Схематический обзор экспериментального дизайна и концепции анализа.Образцы тканей были получены из восьми различных штаммов генетической контрольной панели мышей BXD. Выбранными тканями были мозг, коричневая жировая ткань (BAT), сердце, печень и четырехглавая мышца. Каждый образец отдельно обрабатывали восходящей протеомикой с использованием SWATH-MS. Полученные количественные профили на уровне пептидов можно использовать для идентификации тканеспецифической экспрессии протеоформы, здесь примером может служить мышечная экспрессия белка с сердечно-специфической протеоформой (синий и оранжевый) и четырехглавой протеоформой (только синий). B График псевдовулкана, показывающий результаты оценки протеоформ для набора данных SWATH-MS тканей мыши, сгенерированного алгоритмом COPF. При многократном тестировании скорректированный порог значения p , равный 10%, и минимальный балл протеоформы 0,1, было предсказано 63 белка с множественными группами протеоформ. C Оценка зарегистрированных протеоформных групп. D Обогащенный анализ по ключевым словам UniProt для 63 белков с множественными группами протеоформ, о которых сообщалось. E Диаграмма Венна, показывающая перекрытие протеоформ, содержащих протеины, определенное с помощью COPF (10% прил. p -значение и оценка протеоформы ≥ 0,1) и PeCorA (10% скорректированное значение p -значение) по сравнению с общим набором белков в наборе данных.

Первоначально мы импортировали матрицу данных на уровне пептидов (интенсивность по сравнению с образцом) в структуру CCprofiler и применили те же этапы обработки данных, что и для применения COPF для данных SEC-SWATH-MS, описанных выше, за исключением последовательного идентификационного фильтра. и вменение пропущенных значений. Белки с двумя или более оставшимися пептидами рассматривались для дальнейшего анализа с помощью COPF, и в результате был получен псевдовулканический график для 2885 белков, показанный на рис.6Б. При многократном тестировании скорректированный порог значения p , равный 10%, и минимальный балл протеоформы 0,1, COPF сообщил о 63 белках с потенциальными функциональными группами протеоформ. Четырнадцать (22%) из них аннотированы несколькими изоформами в UniProt. Анализ близости пептидов в кодирующей последовательности также показал, что протеоформы для 19 белков (30%) были значительно ближе по близости последовательности, чем ожидалось случайно ( p – значение ≤ 10%), а протеоформы для дополнительных 7 белков (11%) оценивается среди 10% самых низких из возможных значений p , учитывая количество пептидов, идентифицированных для соответствующего белка (подробности см. также в разделе «Методы»).Дальнейшая оценка обнаруженных протеоформных групп показала, что протеоформные группы для 56 белков (89%) могут быть классифицированы как тканеспецифичные. Эта классификация основана на дифференциальной регуляции белка при использовании ткани и информации о предсказанной группе протеоформ в качестве предварительной информации для дисперсионного анализа (ANOVA) (скорректированный Бонферрони p – значение ≤ 0,01). Краткое описание характеристик протеоформ представлено на фиг. 6C.

Далее мы провели анализ обогащения белков, аннотированных множественными протеоформами (рис.6D), показывая, что они значительно обогащены ключевыми словами, связанными с метаболизмом жирных кислот. Интересно, что многие белки также связаны с ацетилированием.

Наконец, мы сравнили протеоформу, содержащую белки, называемые COPF, с белками, определенными PeCorA ²⁷ (рис. 6E). В целом, PeCorA сообщил о значительных пептидах для 2730 из 2885 белков (95%) при добавлении. p -значение отсечки 10%. Этот набор охватывает все протеоформы, содержащие протеин, определенный с помощью COPF, кроме одной.При дополнительном многократном тестировании исправление прил. Значение p , сообщаемое PeCorA, было выполнено для всех пептидов, количество белков, о которых сообщает PeCorA, упало только на 41, при этом все еще покрывая 93% всех белков. Эти результаты согласуются с результатами сравнительного анализа (см. Выше), предполагая, что PeCorA более чувствителен, чем COPF, при определении резко выделяющихся пептидов, однако за счет потенциально высокого FPR.

Среди 63 белков, которым COPF присвоил функциональные протеоформные группы, выделяются несколько интересных с биологической точки зрения примеров, примером которых является белок 3, связывающий домен LIM (Ldb3, также известный как Cypher, UniProt ID: Q9JKS4), а также сорбин и домен Sh4. содержащие белок 2 (Sorbs2, UniProt ID: Q3UTJ2) соответственно.

Белок Ldb3 был ранее описан как специфичный для мышц ⁴⁷ и, соответственно, было обнаружено, что он высоко экспрессируется только в образцах сердца и квадрицепса из нашего набора данных (рис. 7A). Стратегия COPF четко разделила пептиды Ldb3 на две тканеспецифичные группы протеоформ, обозначенные оранжевым и синим (фиг. 7B). Эти протеоформы напрямую совпадают с ранее аннотированными вариантами сплайсинга Ldb3, где пептиды первой группы протеинов, Q9JKS4-1, точно отображаются на область канонической последовательности, которая также имеет альтернативный вариант последовательности (альтернативная последовательность 1 на рис.7С). Чтобы дополнительно подтвердить этот вывод, мы выполнили целевую экстракцию пептидов в области альтернативной последовательности (пептиды: VVANSPANADYQER и FNPSVLK) и смогли подтвердить их экспрессию в ткани четырехглавой мышцы (дополнительный рис. 7). Эти находки согласуются с предыдущими исследованиями, которые сообщили о тканеспецифической экспрессии альтернативного варианта сплайсинга в скелетных мышцах ⁴⁷ .

A Пептидные профили LIM-домен-связывающего белка 3 (Ldb3, также известного как Cypher, UniProt ID: Q9JKS4).Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. B Увеличенное изображение мышечной ткани с выделением двух дополнительно экстрагированных пептидов VVANSPANADYQER (светло-зеленый) и FNPSCLK (темно-зеленый), которые специфичны для известной специфической для скелетных мышц изоформы сплайсинга Ldb3. Обратите внимание, что значения содержания оранжевого и синего пептидов нельзя напрямую сравнивать с дополнительно экстрагированными пептидами зеленого цвета из-за использования отдельных платформ для анализа. C График последовательности белка для Ldb3. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Информация о цепочке и альтернативные изоформы последовательностей от UniProt обозначены горизонтальными полосами. Увеличенное изображение альтернативной последовательности 1 показывает последовательность изоформы сплайсинга, специфичной для скелетных мышц. Два пептида из B выделены светло-зеленым и темно-зеленым цветом соответственно. D Пептидные профили сорбина и белка 2, содержащего домен Sh4 (Sorbs2, UniProt ID: Q3UTJ2).Пептиды двух назначенных протеоформных групп окрашены в оранжевый и синий цвета. E Кластерная дендограмма для Sorbs2. F График последовательности белка для Sorbs2. Покрытие последовательностей и положение обнаруженных пептидов двух назначенных протеоформных групп указаны синим и оранжевым цветом. Изоформы альтернативных последовательностей от UniProt обозначены горизонтальными полосами. Увеличение концевых участков альтернативной последовательности 10 показывает, что протеоформа оранжевого цвета не покрывает эту область последовательности.

Для Sorbs2 (рис. 7D) наш подход, полностью основанный на данных, отнес пептиды к двум четко различающимся группам протеоформ (рис. 7E). Пептиды группы протеоформ оранжевого цвета в изобилии присутствуют в тканях мозга, сердца и печени, тогда как пептиды второй группы протеоформ синего цвета наблюдаются исключительно в головном мозге. Сопоставляя идентифицированные пептиды с канонической последовательностью белка и сопоставляя их с вариантами аннотированной последовательности (рис. 7F), можно наблюдать, что два синих пептида отображаются в области специфичного для мозга варианта сплайсинга (альтернативная последовательность 10), которая включает экзон, который, как ранее было показано, экспрессируется только в ткани мозга и исключительно в нейронах ^48,49,50 .

Естественная история COVID-19 и современные знания о вариантах терапевтического лечения

Основные моменты

•

Цитокиновый шторм является фактором осложнения при инфекциях COVID-19.

•

Перепрофилированные препараты в настоящее время проходят испытания на пациентах с COVID-19 под экстренным одобрением не по прямому назначению.

•

Интерферон, лопинавир и ритонавир показали многообещающие результаты в клинических испытаниях против SARS-CoV-2.

•

Анакинра кажется многообещающей для лечения тяжелых форм COVID-19.

•

Вакцины COVID-19 уже проходят клинические испытания и, как ожидается, будут доступны до конца 2020 года.

Реферат

Несмотря на интенсивные исследования, в настоящее время нет эффективной вакцины против новой тяжелой острой болезни. Коронавирус-2 респираторного синдрома (SARS-CoV-2) возник в конце 2019 года и стал причиной пандемии COVID-19.Это инфекционное и инфекционное заболевание стало одной из основных проблем общественного здравоохранения в мире. Клиническое лечение COVID-19 ограничивалось мерами профилактики и контроля инфекций, связанными с поддерживающей терапией, такой как дополнительный кислород и механическая вентиляция легких. Тем временем предпринимаются попытки найти эффективное лечение для подавления репликации вируса, смягчения симптомов, увеличения выживаемости и снижения смертности. Несколько классов лекарств, многие из которых уже используются для лечения других заболеваний, оцениваются на основе совокупности клинических знаний, полученных от инфицированных пациентов в отношении естественного течения и развития инфекции.Здесь мы предоставим обновленный обзор естествознания и текущих знаний о лекарствах и терапевтических средствах, тестируемых для профилактики и лечения COVID-19. К ним относятся различные классы лекарств, такие как противовирусные агенты (хлорохин, ивермектин, нитазоксанид, гидроксихлорохин, лопинавир, ремдесивир, тоцилизумаб), вспомогательные агенты (витамин C, витамин D, азитромицин, кортикостероиды) и многообещающие экспериментальные вакцины. Учитывая противоречия и чрезмерное количество соединений, которые тестируются и публикуются в литературе, мы надеемся, что этот обзор может предоставить полезную и обновленную консолидированную информацию о потенциальных лекарствах, используемых для профилактики, контроля и лечения пациентов с COVID-19 во всем мире.

Ключевые слова

SARS-CoV-2

Гидроксихлорохин

Плазма выздоравливающих

Anakinra

Кортикостероиды

Вакцина

Рекомендуемые статьиЦитирующие статьи (0)

. Опубликовано Elsevier Masson SAS.

Рекомендуемые статьи

Цитирующие статьи

Журнальные статьи | Медицинский факультет Мэрилендского университета

1. Капер Дж.Б., Г.С. Сэйлер, М. Бальдини и Р.Р.Колвелл. Температура окружающей среды, первичное неселективное обогащение для выделения Salmonella spp. из устьевой среды. Прикладная и экологическая микробиология, 1977; 33: 829-835.
2. Колвелл Р.Р., Дж. Капер и С.В. Джозеф. Vibrio cholerae , Vibrio parahaemolyticus и другие вибрионы: появление и распространение в Чесапикском заливе. Science, 1977; 198: 394-396.
3. Капер, Дж. Б., А. Л. Миллс, Р.Р. Колвелл. Оценка точности и точности подсчета аэробных гетеротрофов в пробах воды методом распределительной тарелки. Прикладная и экологическая микробиология, 1978; 35: 756-761.
4. Капер, Дж. Б., Х. Локман, Р. Р. Колвелл, и С. У. Джозеф. Экология, серология и производство энтеротоксинов Vibrio cholerae в Чесапикском заливе. Прикладная и экологическая микробиология, 1979; 37: 91-103.
5. Наемура, Л.Г., С.Т. Бэгли, Р.Дж. Зайдлер, Дж. Б. Капер и Р. Р. Колвелл.Численная таксономия штаммов Klebsiella pneumoniae , выделенных из клинических и доклинических источников. Current Microbioloby, 1979; 2: 175-189.
6. Kaper, J., R.J. Зайдлер, Х. Локман и Р.Р. Колвелл. Среда для предполагаемой идентификации Aeromonas hydrophila и Enterobacteriaceae . Прикладная и экологическая микробиология, 1979; 38: 1023-1026.
7. Макникол, Л.А., Дж. Б. Капер, Х.А. Локман, Э.Ф. Реммерс, У. Спира, М.Дж.Фолля и Р.Р. Колвелл. Носительство R-фактора в вибрионе группы F, изолированном из Бангладеш. Противомикробные препараты и химиотерапия, 1980; 17: 512-515.
8. Макникол, Л.А., А.К. Азиз, И. Хук, Дж. Б. Капер, Х.А. Локман, Э.Ф. Реммерс, У. Спира, М.Дж. Волл и Р.Р. Колвелл. Изоляция лекарственно-устойчивого Aeromonas hydrophila из водной среды. Противомикробные препараты и химиотерапия, 1980; 17: 477-483.
9. Капер, Дж. Б., Э. Ф. Реммерс и Р. Р. Колвелл. Среда для предполагаемой идентификации Vibrio parahaemolyticus .Журнал защиты пищевых продуктов, 1980; 43: 936-938.
10. Капер, J.B., H.A. Локман, Р.Р. Колвелл и С.В. Джозеф. Экология и токсигенность Aeromonas hydrophila в Чесапикском заливе. Журнал прикладной бактериологии, 1981; 50: 359-377.
11. Капер, Дж.Б., Э.Ф. Реммерс, Х.А. Локман и Р.Р.Колвелл. Распространение Vibrio parahaemolyticus в Чесапикском заливе. Эстуарии, 1981 г .; 4: 322-327.
12. Colwell, R.R., R.J. Зайдлер, Дж. Капер, С.В. Джозеф, С.Гарджес, Х.А. Локман, Д. Маневаль, Х. Брэдфорд, Н. Робертс, Э. Реммерс, И. Хук и А. Хук. Выделение холерного вибриона группы 0-1 и родственных ему вибрионов из эстуариев Мэриленда и Луизианы. Прикладная и экологическая микробиология, 1981; 41: 555-558.
13. Капер, Дж. Б., С. Мозли и С. Фалькоу. Молекулярная характеристика нетоксигенных холерных вибрионов и родственных видов. Инфекция и иммунитет, 1981; 32: 661-667.
14. Капер, J.B., H.B. Брэдфорд, Н.С. Робертс и С.Фалькоу. Молекулярная эпидемиология Vibrio cholerae , проживающего на побережье Мексиканского залива США. Журнал клинической микробиологии, 1982; 16: 129-134.
15. Джозеф, С.В., Р.Р. Колуэлл, и Дж. Б. Капер. Вибрион парагемолитический . CRC Critical Reviews of Microbiology, 1982; 10: 77-124.
16. Робертс, Северная Каролина, Р.Дж. Зиблинг, Дж.Б. Капер и Х. Брэдфорд. Вибрионы в окружающей среде побережья Мексиканского залива Луизианы. Микробная экология, 1982; 8: 299-312.
17. Шандера, W.X., Б. Хафкин, Д.Л. Мартин, Дж. П. Тейлор, Д.Л. Maserang, J.G. Уэллс, М. Келли, К. Ганди, Дж. Б. Капер, Дж. В. Ли и П.А. Блейк. Устойчивость холеры в США. Американский журнал тропической медицины и гигиены, 1983; 32: 812-817.
18. Капер, J.B., H.A. Локман, Э.Ф. Реммерс и Р.Р. Колвелл. Числовая таксономия видов вибрионов. Международный журнал систематической бактериологии, 1983; 33: 229-255.
19. Левин М.М., П. Ристайно, Р. Б. Сак, Дж. Б. Капер, Ф. Орсков, И. Орсков. Антигены фактора колонизации I и II и соматические пили типа 1 у энтеротоксигенных бактерий E.coli : отношение к типу энтеротоксина. Инфекция и иммунитет, 1983; 39: 889-897.
20. Левин М.М., Дж. Б. Капер, Х. Локман, Р. Блэк, М. Клементс и С. Фалькоу. Исследования по оценке риска рекомбинантной ДНК у человека: эффективность плохо мобилизуемых плазмид в биологической изоляции. Журнал инфекционных болезней, 1983; 148: 699-709.
21. Baldini, M.M., J.B. Kaper, M.M. Левин, Д.А. Кэнди и Х. Луна. Плазмидная адгезия у энтеропатогенных Escherichia coli .Журнал детской гастроэнтерологии и питания, 1983; 2: 534-538.
22. Локман, Х. и Дж. Б. Капер. Анализ нуклеотидной последовательности субъединиц А2 и В холерного вибриона энтеротоксина. Журнал биологической химии, 1983; 258: 13722-13726.
23. Левин М.М., Дж. Б. Капер, Р. Э. Блэк и М. Клементс. Новые знания о патогенезе бактериальных кишечных инфекций применительно к разработке вакцин. Microbiological Reviews, 1983; 47: 510-550.
24. Макникол, Л.А., С.П. Де, Дж. Б. Капер, П.А. Уэст и Р.Р.Колуэлл. Численная таксономия Vibrio cholerae и родственных видов, выделенных из районов, эндемичных и неэндемичных по холере. Журнал клинической микробиологии, 1983; 17: 1102-1113.
25. Капер, Дж. Б., Х. Локман, М. М. Бальдини, М. Левин. Рекомбинантные нетоксиногенные штаммы холерного вибриона как кандидаты в аттенуированные вакцины против холеры. Природа, 1984; 308: 655-658.
26. О’Брайен, A.D., M.E. Chen, R.K. Холмс, Дж. Капер и М.М. Левин. Экологические и человеческие изоляты Vibrio cholerae и Vibrio parahaemolyticus продуцируют цитотоксин, подобный Shigella dysenteriae 1 (shiga), Lancet, 1984; 2: 77-78.
27. Капер, Дж. Б., Р. К. Кампен, Р.Дж. Зайдлер, М. Бальдини и С. Фалькоу. Клонирование термостабильного прямого гемолизина или гемолизина, связанного с феноменом Канагавы, из Vibrio parahaemolyticus . Инфекция и иммунитет, 1984; 45: 290-292.
28. Капер, Дж. Б., Х. Локман, М. М. Бальдини, М.М. Левин. Рекомбинантная живая оральная вакцина против холеры. Био / Технология, 1984; 2: 345-349.
29. Локман, Х.А., Дж. Э. Гален и Дж. Б. Капер. Дальнейший анализ Vibrio cholerae Enterotoxin Genes: Анализ нуклеотидной последовательности гена, кодирующего ADP-рибозилирующую субъединицу. Журнал бактериологии, 1984; 159: 1086-1089.
30. Левин М.М., Р.Э. Блэк, М. Клементс и Дж. Б. Капер. Текущее состояние вакцин против холеры. Biochemical Society Transactions, 1984; 12: 200-202.
31. Датта, А.Р., Дж.Б. Капер, А.М. МакКвиллан. Векторы челночного клонирования морских бактерий Vibrio parahaemolyticus . Журнал бактериологии, 1984; 160: 808-811.
32. Херст, Т.Р., Дж. Санчес, Дж. Б. Капер, С.Дж. Харди и Дж. Холмгрен. Механизм секреции токсина Vibrio cholerae исследован на штаммах, несущих плазмиды, кодирующие термолабильные энтеротоксины Escherichia coli . Труды Национальной академии наук США, 1984; 81: 7752-7756.
33. Натаро, Дж.П., М.М. Baldini, J.B. Kaper, R.E. Блэк, Н. Браво и М. Левин. Обнаружение фактора адгезии энтеропатогенной Escherichia coli с использованием ДНК-зонда. Журнал инфекционных болезней, 1985; 152: 560-565. “
34. Nishibuchi, M., and J.B. Kaper. Нуклеотидная последовательность гена Vibrio parahaemolyticus tdh (термостабильный прямой гемолизин). Журнал бактериологии, 1985; 162: 558-564.
35. Натаро, J.P., I.C.A. Скалецкий, Я.Б.Капер, М. Левин, Л. Трабульси.Плазмидно-опосредованные факторы, способствующие диффузной и локальной адгезии энтеропатогенных Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1985; 48: 378-383.
36. Левин М.М., Дж.П. Натаро, Х. Карч, М.М. Baldini, J.B. Kaper, R.E. Блэк, М. Клементс и А.Д. О’Брайен. Диарейный ответ человека на энтеропатогенный классического серотипа Escherichia coli зависит от плазмиды, кодирующей фактор энтеропатогенности. Журнал инфекционных болезней. 1985; 152: 550-559.
37. Lanata, C.F., J.B. Kaper, M.M. Бальдини, Р. Блэк, М. Левин. Чувствительность и специфичность ДНК-зондов для обнаружения энтеротоксинов E. coli с использованием метода блоттинга стула. Журнал инфекционных болезней, 1985; 152: 1087-1090.
38. Nishibuchi, M., M. Ishibachi, Y. Takeda, and J.B. Kaper. Обнаружение термостабильного прямого гена гемолизина и связанных последовательностей ДНК в Vibrio parahaemolyticus и других вибрионах с помощью теста гибридизации колоний ДНК.Инфекция и иммунитет, 1985; 49: 481-486.
39. Райт, A.C., J.G. Моррис-младший, Д. Маневаль младший, К. Ричардсон и Дж. Б. Капер. Клонирование цитотоксина / гемолизина Vibrio vulnificus. Инфекция и иммунитет, 1985; 50: 922-924.
40. Пирс, Н.Ф., Дж. Б. Капер, Дж. Дж. Мекаланос и В. Cray, Jr. Роль холерного токсина в кишечной колонизации с помощью Vibrio cholerae 01 у кроликов. Инфекция и иммунитет, 1985; 50: 813-816.
41. Hedstrom, R.C., C.R. Funk, J.B. Kaper, O.Р. Павлоскис, Д. Гэллоуэй. Клонирование гена, участвующего в регуляции экспрессии экзотоксина А. Инфекция и иммунитет, 1986; 51: 37-42.
42. Левин М.М., Г. Лосонский, Д. Херрингтон, Дж. Б. Капер, К. Тэкет, М. Реннелс, Дж. Моррис. Детская диарея: проблема профилактики. Дополнение к журналу детских инфекционных болезней, 1986; 5: 29-43.
43. Линь, F.Y.C., J.G. Моррис младший, Дж. Б. Капер, Т. Гросс, Дж. Михальски, К. Моррисон, Дж. П. Либонати и Э. Исраэль. Устойчивость холеры в Соединенных Штатах: выделение Vibrio cholerae 01 от пациента с диареей в Мэриленде.Журнал клинической микробиологии, 1986; 23: 624-626.
44. Эчеверрия, П., Д.Н. Тейлор, У. Лексомбун, Н. Блэклоу, С. Пинной, Дж. П. Натаро, Дж. Капер и Б. Роу. Выявление кишечных патогенов в тонкой и толстой кишке у детей с диареей. Диагностическая микробиология и инфекционные болезни, 1986; 4: 277-284.
45. Nishibuchi, M., W.E. Хилл, Г. Зон, В.Л. Пейн и Дж. Б. Капер. Синтетические олигодезоксирибонуклеотидные зонды для обнаружения позитивного по феномену Канагавы Vibrio parahaemolyticus .Журнал клинической микробиологии, 1986; 23: 1091-1095.
46. Baldini, M.M., J.P. Nataro и J.B. Kaper. Локализация детерминанта адгезии HEp-2 энтеропатогенной Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1986; 52: 334-336.
47. Хаббаз, Р.Ф., Дж. Б. Капер, М. Р. Муди, С. С. Шимпфф, Дж. Х. Тенни. Молекулярная эпидемиология коринебактерий группы JK в онкологическом отделении: отсутствие доказательств передачи от пациента к пациенту. Журнал инфекционных заболеваний, 1986; 154: 95-99.
48. Byun, M.O.K., J.B. Kaper, and L.O. Инграм. Конструирование нового вектора для экспрессии чужеродных генов в Zymomonas mobilia . Журнал промышленной микробиологии, 1986; 1: 9-15.
49. Капер, Дж. Б., Дж. П. Натаро, Н. С. Робертс, Р. Дж. Зибелинг, Х. Брэдфорд. Молекулярная эпидемиология не-01 Vibrio cholerae и V. mimicus в регионе побережья Мексиканского залива США. Журнал клинической микробиологии, 1986; 23: 652-654.
50. Wood, P.K., J.G. Моррис младший, P.L.C. Смолл, О. Сетабутр, Л. Трабульси, Дж. Б. Капер. Сравнение ДНК-зондов с тестом Серени для идентификации инвазивных штаммов Shigella и Escherichia coli . Журнал клинической микробиологии, 1986; 24: 498-500.
51. Томпсон, М.Р., Р.Л. Джордан, М.А.Луттрелл, Х. Брандвейн, Дж. Б. Капер, М. Левин, Р.А. Джаннелла. Слепой, двухлабораторный сравнительный анализ продукции E. coli STa с использованием ELISA на моноклональные антитела, радиоиммуноанализа, анализа на сосущих мышах и анализа генного зонда.Журнал клинической микробиологии, 1986; 24: 753-758.
52. Richardson, K., J. Michalski, and J.B. Kaper. Производство гемолизина и клонирование двух детерминантов гемолизина из классического Vibrio cholerae . Инфекция и иммунитет, 1986; 54: 415-420.
53. Хонда, Т., М. Нисибути, Т. Миватани и Дж. Б. Капер. Демонстрация плазмидного гена, экспрессирующего термостабильный прямой гемолизин, в штаммах Vibrio cholerae , отличных от 01. Прикладная и экологическая микробиология, 1986; 52: 1218-1220.
54. Knutton, S., M.M. Бальдини, Дж.Б.Капер, А.С. Макниш. Роль факторов адгезии, кодируемых плазмидой, в адгезии энтеропатогенной Escherichia coli к клеткам HEp-2. Инфекция и иммунитет, 1987; 55: 78-85.
55. Левин М.М., Я. Цзянь-гуо, Дж. Б. Капер, Х. Лиор, В. Прадо, Б. Толл, Дж. Натаро, Х. Карч, И.К. Ваксмут и К. Роггс. Чувствительный и специфический ДНК-зонд для выявления энтерогеморрагической Escherichia coli из 0157: H7 и других серотипов, вызывающих геморрагический колит и гемолитико-уремический синдром.Журнал инфекционных болезней, 1987; 156: 175-182.
56. Пирс, Н.Ф., Дж. Б. Капер, Дж. Дж. Mekalanos, W.C. Крей-младший, К. Ричардсон. Детерминанты иммуногенности живых вирулентных и мутантных Vibrio cholerae 01 в кишечнике кролика. Инфекция и иммунитет, 1987; 55: 477-481.
57. Натаро, Дж. П., К. О. Махер, П. Маки и Дж. Б. Капер. Характеристика плазмид, кодирующих фактор адгезии энтеропатогенного Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1987; 55: 2370-2377.
58. Karch, H., J. Heesemann, R. Laufs, H.P. Кролл, Дж. Б. Капер и М. Левин. Серологический ответ на соматические фимбрии типа 1 при диарейной инфекции, вызванной классической энтеропатогенной инфекцией Escherichia coli . Микробный патогенез, 1987; 2: 425-434.
59. Натаро, Дж. П., Дж. Б. Капер, Р. Робинс-Браун, В. Прадо, П. Виал и М. Левин. Паттерны прикрепления диареи Escherichia coli к клеткам HEp-2. Детская инфекционная болезнь, 1987; 6: 829-831.
60. Эчеверрия, П., Д.Н. Тейлор, А. Донохью-Рольф, К. Супават, О. Ратчтрахенчай, Дж. Капер и Г.Т. Кеуш. Адгезия клеток HeLa и продукция цитотоксина энтеропатогенными бактериями Escherichia coli , выделенными от младенцев с диареей в Таиланде. Журнал клинической микробиологии, 1987; 25: 1519-1523.
61. Chatkaeomorakot, A., P. Echeverria, D.N. Taylor, K.A. Беттельхейм, Н. Р. Блэклоу, О. Сетабутр, Дж. Сериватана и Дж. Капер. HeLa Cell-Adherent Escherichia coli у детей с диареей в Таиланде.Журнал инфекционных болезней, 1987; 156: 669-672.
62. Левин М.М., Дж. Б. Капер, Д. Херрингтон, Г. Лосонский, Дж. Моррис, М. Клементс, Р. Блэк, Б. Толл и Р. Холл. Добровольные исследования мутантов делеции Vibrio cholerae , полученные рекомбинантными методами. Инфекция и иммунитет, 1988; 56: 161-167.
63. Pierce, N.F., W.C. Крей младший, Дж. Б. Капер и Дж. Дж. Мекаланос. Детерминанты иммуногенности и механизмы защиты вирулентными и мутантными Vibrio cholerae 01 у кроликов.Инфекция и иммунитет, 1988; 56: 142-148.
64. Капер, J.B., и M.M. Левин. Прогресс в создании вакцины против энтеротоксигенной Escherichia coli . Вакцины, 1988 г .; 6: 197-199.
65. Vimr, E.R., L. Lawrisuk, J. Galen, and J.B. Kaper. Клонирование и экспрессия гена нейраминидазы Vibrio cholerae nanH в Escherichia coli . Журнал бактериологии, 1988; 170: 1495-1504.18.
66. Левин М.М., В. Прадо, Р. Робинс-Браун, Х. Лиор, Дж. Б. Капер, С.L. Moseley, K. Gicquelais, J.P. Nataro, P.A. Флакон, Б. Толл. ДНК-зонды и анализ адгезии клеток HEp-2 для обнаружения диареи Escherichia coli . Журнал инфекционных болезней, 1988; 158: 224-228.
67. Виал П.А., Р. Робинс-Браун, Х. Лиор, В. Прадо, Дж. Б. Капер, Дж. П. Натаро, Д. Маневаль, А. Эльсайед и М. Левин. Характеристика энтероадгезивных агрегатов Escherichia coli : предполагаемый агент диарейного заболевания. Журнал инфекционных болезней, 1988; 158: 70-79.
68. Холл, Р.Х., П.А. Фиал, Дж. Б. Капер, Дж. Дж. Мекаланос, М. Левин. Морфологические исследования фимбрий, экспрессируемых Vibrio cholerae 01. Патогенез микробов, 1988; 4: 257-265.
69. Левин М.М., Дж. Б. Капер, Д. Херрингтон, Дж. Кетли, Г. Лосонский, С. О. Tacket, B. Tall и S. Cryz. Безопасность, иммуногенность и эффективность рекомбинантных живых пероральных вакцин против холеры, CVD103 и CVD103-HgR. Ланцет, 1988; II: 467-470.
70. Наир, Г. Б., Я. Оку, Ю. Такеда, А. Гош, Р.К. Гош, С. Чаттопадьяй, С.С. Пал, Дж. Б. Капер и Т. Такеда. Профили токсинов Vibrio cholerae Non-O1 из источников окружающей среды в Калькутте, Индия. Прикладная и экологическая микробиология, 1988; 54: 3180-3182.
71. Левин М.М., Дж. Б. Капер, Д. Херрингтон, Г. Лосонский, К. Тэкет и Б. Толл. Текущее состояние разработки вакцины против холеры и опыт испытаний вакцины против холеры на добровольцах. Юго-Восточная Азия, J Trop Med Pub Hlth, 1988; 19: 401-415.
72. Капер, Дж.Б., С.О. Tacket. Применение биотехнологии в разработке вакцин. Разработки в промышленной микробиологии (журнал промышленной микробиологии, приложение № 3), 1988 г .; 29: 109-118.
73. Ричардсон К., Дж. Б. Капер и М. Левин. Иммунный ответ человека на Vibrio cholerae целых клеток и изолированные антигены внешней мембраны. Инфекция и иммунитет, 1989; 57: 495-501.
74. Бхан, М.К., П. Радж, М.М. Левин, Дж. Б. Капер, Н. Бхандари, Р. Шривастава, Р. Кумар и С. Сазавал.Энтероагрегант Escherichia coli , связанный со стойкой диареей в когорте сельских детей в Индии. Журнал инфекционных болезней, 1989; 159: 1061-1064.
75. Милиотис, доктор медицины, Дж. Э. Гален, Дж. Б. Капер и Дж. Дж. Моррис-младший. Разработка и тестирование синтетического олигонуклеотидного зонда для обнаружения патогенных штаммов иерсинии. Журнал клинической микробиолобы, 1989; 27: 1667-1670.
76. Капер, Дж. Б. Vibrio cholerae Vaccines. Обзоры инфекционных болезней, 1989; 11 (Suppl.3): S568-S573.
77. Migasena, S., P. Pitisuttitham, B. Prayurahong, P. Suntharasamai, W. Supanaranond, V. Desakorn, U. Vongsthongsril, B. Tall, J. Ketley, G. Losonsky, S. Cryz, J.B. Kaper, M.M. Левин. Предварительная оценка безопасности и иммуногенности штамма живой оральной вакцины против холеры CVD 103-HgR у здоровых тайских взрослых. Инфекция и иммунитет, 1989; 57: 3261-3264.
78. Роггентин П., Б. Рот, Дж. Б. Капер, Дж. Гален, Л. Лаврисук, Э. Р. Вимр и Р. Шауэр. Консервативные последовательности бактериальных и вирусных сиалидаз.Гликоконъюгат, 1989; 6: 349-353.
79. Бхан, М.К., Н. Бхандари, С. Сазавал, Дж. Клеменс, П. Радж, М.М. Левин и Дж.Б.Капер. Описательная эпидемиология стойкой диареи среди детей раннего возраста в сельских районах Северной Индии. Бюллетень Всемирной организации здравоохранения, 1989 г .; 67: 281-288.
80. Nishibuchi, M. and J.B. Kaper. Дупликация и вариация термостабильного гена прямого гемолизина (tdh) в Vibrio parahaemolyticus . Молекулярная микробиология. 1990; 4: 87-99.
81. Нисибути, М., В. Хэоманее-ям, Т. Хонда, Дж. Б. Капер и Т. Миватани. Сравнительный анализ генов гемолизина Vibrio cholerae non-01, V. mimicus и V. hollisae, сходных с геном tdh V. parahaemolyticus. Письмо FEMS Microbiology. 1990; 67: 251-256.
82. Кетли, Дж. М., Дж. Б. Капер, Д. А. Херрингтон, Г. Лосонский, М. Левин. Снижение иммуногенности рекомбинационно-дефицитного производного вакцинного штамма Vibrio cholerae CVD103. Инфекция и иммунитет, 1990; 58: 1481-1484.
83. Маркус, Х., Дж. М. Кетли, Дж. Б. Капер и Р.К. Холмс. Влияние продукции ДНКазы, размера плазмиды и рестрикционных барьеров на трансформацию Vibrio cholerae путем электропорации и осмотического шока. Письма о микробиологии FEMS. 1990; 68: 149-154.
84. Baudry, B., S.J. Саварино, П. Виал, Дж. Б. Капер, М. Левин. Чувствительный и специфический ДНК-зонд для идентификации энтероагреганта Escherichia coli , недавно открытого возбудителя диареи. Журнал инфекционных болезней.1990; 161: 1249-1251.18.
85. Ричардсон К., Л. Никсон, П. Мостоу, Дж. Б. Капер и Дж. Михальски. Индуцированные транспозонами неподвижные мутанты Vibrio cholerae . Журнал общей микробиологии. 1990; 136: 717-725.
86. Донненберг, М.С., С.Б. Кальдервуд, А. Донохью-Рольф, Г. Keusch, J.B. Kaper. Конструирование и анализ мутантов TnphoA энтеропатогенной Escherichia coli , неспособной проникать в клетки HEp-2. Инфекция и иммунитет, 1990; 58: 1565-1571.
87. Cryz, Jr., С.Дж., М.М. Левин, Дж. Б. Капер, Э. Фурер и Б. Альтхаус. Рандомизированное двойное слепое плацебо-контролируемое испытание для оценки безопасности и иммуногенности штамма живой оральной вакцины против холеры CVD 103-HgR у взрослых в Швейцарии. Вакцина, 1990 г .; 8: 577-580.
88. Ямамото, К., А.С. Райт, Дж. Б. Капер, Дж. Дж. Дж. Моррис младший. Ген цитолизина Vibrio vulnificus: последовательность и связь с Vibrio cholerae El Tor Cytolysin. Инфекция и иммунитет, 1990; 58: 2706-2709.
89. Джерс, А.Э., Дж. Ю, Б.Д. Высокий и Дж. Б. Капер. Генетический локус энтеропатогенной Escherichia coli , необходимый для образования прикрепляющихся и поражающих участки на клетках тканевой культуры. Труды Национальной академии наук США, 1990 г .; 87: 7839-7843.
90. Caron, J., D.R. Маневаль, Дж. Б. Капер и Дж. Р. Скотт. Ассоциация гомологов rns с антигеном CFA в клинических изолятах Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1990; 58: 3442-3444.
91. Жикле, К.Г., М.М. Baldini, J. Martinez, L. Maggi, W.C. Мартин, В. Прадо, Дж. Б. Капер и М. Левин. Практический и экономичный метод использования биотинилированных ДНК-зондов с блотами бактериальных колоний для выявления диареи, вызывающей Escherichia coli . Журнал клинической микробиологии, 1990; 28: 2485-2490.
92. Капер, Дж. Б. и М. М. Левин. Рекомбинантные ослабленные штаммы Vibrio cholerae , используемые в качестве живых оральных вакцин. Исследования в области микробиологии, 1990; 141: 901-906.
93. Джерс, А.E., W.C. Мартин, Дж. Э. Гален и Дж. Б. Капер. Олигонуклеотидный зонд для обнаружения фактора адгезии EPEC EAF локализованных адгезивных энтеропатогенных Escherichia coli . Журнал клинической микробиологии. 1990; 28: 2842-2844.
94. Хирон, Дж. А., Т. Джонс, Ф. Миллан-Веласко, Э. Муньос-Кастро, Дж. Фрай, Г. Франкель, С. Л. Мозли, Б. Бодри, Дж. Б. Капер, Г.К. Школьник, Л.В. Райли. Распространение Escherichia coli (DAEC) как предполагаемая причина диареи у детей майя в Мексике.Журнал инфекционных болезней. 1991; 163: 507-513.
95. Fasano, A., B. Baudry-Maurelli, D.W. Пумплин, С.С.Вассерман, Б.Д. Толл, Дж. М. Кетли и Дж. Б. Капер. Vibrio cholerae продуцирует второй энтеротоксин, который влияет на узкие контакты кишечника. Труды Национальной академии наук США. 1991; 88: 5242-5246.
96. Фрэнсис К. Л., А. Э. Джерс, Дж. Б. Капер и С. Фалькоу. Характеристика взаимодействий энтеропатогенной Escherichia coli 0127: H6 с клетками млекопитающих in vitro.Журнал инфекционных болезней. 1991; 164: 693-703.
97. Линд К.Д., Р.Х. Дэвис, Р.Л. Геррант, Дж. Б. Капер и Дж. Р. Матиас. Эффекты Vibrio cholerae Рекомбинантных штаммов на подвздошной кишке кролика in vivo. Продукция энтеротоксинов и миоэлектрическая активность. Гастроэнтерология. 1991; 101: 319-324.
98. Nishibuchi, M., K. Kumagai, Y. Takeda, and J.B. Kaper. Вклад гена tdh2 положительного по феномену Канагава Vibrio parahaemolyticus в продукцию внеклеточного термостабильного прямого гемолизина.Microb. Патогенез. 1991; 6: 453-460.
99. Jerse, A.E., K.G. Gicquelais и J.B. Kaper, Плазмиды и хромосомные элементы, участвующие в патогенезе прикрепления и отделения Escherichia coli . Инфекция и иммунитет. 1991; 59: 3869-3875.
100. Jerse, A.E., and J.B. Kaper. Ген eae Enteropathogenic Escherichia coli кодирует мембранный белок 94 кДа, на экспрессию которого влияет плазмида EAF. Инфекция и иммунитет. 1991. 59: 4302-4309.
101. Donnenberg, M.S., and J.B. Kaper. Конструирование eae мутанта для делеции энтеропатогенного Escherichia coli с использованием суицидного вектора с положительным отбором. Инфекция и иммунитет. 1991; 59: 4310-4317.
102. Гален, Дж. Э., Дж. М. Кетли, А. Фазано, С. Х. Ричардсон, С.С. Вассерман и Дж. Б. Капер. Роль нейраминидазы Vibrio cholerae в функции токсина холеры. Инфекция и иммунитет. 1992; 60: 406-415.
103. Б. Бодри, А. Фазано, Дж. Кетли и Дж.Б. Капер. Клонирование гена (zot), кодирующего новый токсин, продуцируемый Vibrio cholerae . Инфекция и иммунитет. 1992; 60-428-434.
104. Yu, J. and J.B. Kaper. Клонирование и характеристика гена энтерогеморрагической кишечной палочки Escherichia coli 0157: H7. Молекулярная микробиология. 1992; 6: 411-417.
105. Барретт Т.Дж., Дж.Б. Капер, А.Е. Джерси и И.К. Ваксмут. Факторы вирулентности в шига-подобном токсине, продуцирующем Escherichia coli , выделенном от людей и крупного рогатого скота.Журнал инфекционных болезней. 1992; 165: 979-980.
106. Finlay, B.B., I. Rosenshine, M.S. Донненберг и Дж. Б. Капер. Цитоскелетный состав прикрепляющихся и выходящих поражений, связанных с энтеропатогенными Escherichia coli Привязка к клеткам HeLa. Инфекция и иммунитет. 1992; 60: 2541-2547.
107. Donnenberg, M.S., and J.B. Kaper. Мини-обзор: Enteropathogenic Escherichia coli . Инфекция и иммунитет. 1992; 60: 3953-3961
108. Нисибути, М., А. Фазано, Р.Г. Рассел и Дж. Б. Капер. «Энтеротоксигенность Vibrio parahaemolyticus с генами, кодирующими термостабильный прямой гемолизин, и без них». Инфекция и иммунитет. 1992; 60: 3539-3545.
109. Cryz, S.J., M.M. Левин, Г. Лосонский, Дж. Б. Капер и Б. Альтхаус. Безопасность и иммуногенность бустерной дозы Vibrio cholerae CVD 103-HgR живой оральной вакцины против холеры для взрослых в Швейцарии. Инфекция и иммунитет. 1992; 60: 3916-3917.
110. Су-Арехаваратана, П., П.Сингхарадж, Д.Н. Тейлор, К. Хоге, А. Трофа, К. Куванонт, С. Мигасена, П. Питисуттихам, Ю.Л. Лим, Г. Лосонский, Дж.Б. Капер, С.С. Вассерман, С. Криз, П. Эчеверриа, М. Левин. Безопасность и иммуногенность различных схем иммунизации живой пероральной вакциной против холеры от сердечно-сосудистых заболеваний 103-HgR у солдат и гражданских лиц в Таиланде. Журнал инфекционных болезней. 1992; 165: 1042-1048.
111. Розеншайн, И., М.С. Донненберг, Дж. Б. Капер и Б. Б. Финли. Передача сигнала между энтеропатогенной Escherichia coli (EPEC) и эпителиальными клетками: EPEC индуцирует фосфорилирование тирозина белков клетки-хозяина, чтобы инициировать перестройку цитоскелета и захват бактериями.EMBO Journal 1992; 11: 3551-3560.
112. Tacket, C.O., Г. Лосонский, J.B. Kaper, M.M. Левин. Начало и продолжительность защитного иммунитета у зараженных добровольцев после вакцинации живой пероральной вакциной против холеры CVD 103-HgR. Журнал инфекционных болезней, 1992; 166: 837-841.
113. Сухарионо, К. Симанджунтак, Н. Уитхам, Н. Пенджаби, Д.Г. Хеппнер, Г. Лосонский, Х. Тотосудирджо, А. Рифаи, Дж. Клеменс, Д. Берр, С.С. Вассерман, Дж. Б. Капер, К. Соренсон, С. Криз, М. Левин. Безопасность и иммуногенность однократной живой пероральной вакцины против холеры CVD 103-HgR у индонезийских детей в возрасте 5–9 лет.Lancet, 1992, 340: 689-694.
114. Донненберг, M.S., J.A. Хирон, Дж. П. Натаро и Дж. Б. Капер. Кодируемый плазмидой фимбриальный ген типа IV энтеропатогенного Escherichia coli , ассоциированный с локализованной адгезией. Молекулярная микробиология 1992, 6: 3427-3437.
115. Капер, Дж. Б., и Б. С. Шривастава. Генетика холерного токсина. Индийский журнал медицинских исследований 1992, (A) 95: 163-167.
116. Левин, М.М., и Дж. Б. Капер. Живые оральные вакцины против холеры: обновление. Vaccine 1993, 11: 207-212.
117. Лосонский Г.А., С.О. Такет, С.С. Вассерман, Дж. Б. Капер, М. Левин. Вторичный Vibrio cholerae. – специфические клеточные ответы антител после гомологичного заражения дикого типа у людей, вакцинированных живой пероральной вакциной против холеры CVD 103-HgR: изменения со временем и отсутствие корреляции с защитой. Инфекция и иммунитет. 1993, 61: 729-733.
118. Trucksis M., J.E. Galen, J. Michalski, A. Fasano и J.B. Kaper. Дополнительный холерный энтеротоксин (Ace), третий член кассеты вирулентности холерного вибриона.Труды Национальной академии наук США. 1993, 90: 5267-5271.
119. Яков, А., В. Б. Синха, М. Сахиб, Р. Шривастава, Дж. Б. Капер, Б.С. Шривастава. Идентификация антигена 33 кДа, ассоциированного с адгезивным и колонизирующим штаммом Vibrio cholerae El tor, и его роль в защите. Вакцина. 1993, 11: 376-382.
120. Синха, В.Б., А. Джейкоб, Р. Шривастава, Дж. Б. Капер и Б.С. Шривастава. Идентификация жгутиковых антигенов Vibrio cholerae El Tor и их роль в защите.Вакцина. 1993, 11: 372-375.
121. Джонсон, J.A., J.G. Моррис младший и Дж. Б. Капер. Ген, кодирующий токсин Zonula Occludens (zot), не возникает независимо от генов энтеротоксина холеры (ctx) в Vibrio cholerae . Журнал клинической микробиологии. 1993, 31: 732-733.
122. Донненберг, М.С., С. Ципори, М.Л. Макки, А.Д. О’Брайен, Дж. Алрой и Дж. Б. Капер. Роль гена eae энтерогеморрагической Escherichia coli в интимном прикреплении in vitro и в модели на свинье.Журнал клинических исследований. 1993, 92: 1418-1424.
123. Донненберг, M.S., C.O. Такет, С.П. Джеймс, Дж. Лосонский, Дж. П. Натаро, С.С. Вассерман, Дж. Б. Капер и М. Левин. Роль гена eaeA в экспериментальной энтеропатогенной инфекции Escherichia coli . Журнал клинических исследований. 1993, 92: 1412-1417.
124. Донненберг, М.С., Дж. Ю и Дж. Б. Капер. Второй хромосомный ген, необходимый для интимного прикрепления энтеропатогенной Escherichia coli к эпителиальным клеткам.Журнал бактериологии. 1993, 175: 4670-4680.
125. Кетли, Дж. М., Дж. Михальски, Дж. Гален, М. М. Левин и Дж.Б.Капер. Создание генетически маркированных вакцинных штаммов Vibrio cholerae O1. Письмо FEMS Microbiology. 1993, 111: 15-22.
126. Михальский, Дж., Дж. Э. Гален, А. Фазано и Дж. Б. Капер. CVD110: ослабленный штамм вакцины для перорального введения Vibrio cholerae 01 Эль Тор живой оральной вакцины. Инфекция и иммунитет. 1993, 61: 4462-4468.
127. Канил, К., И. Розеншайн, С. Рушковски, М.С. Донненберг, Дж. Б. Капер и Б. Б. Финли. Энтеропатогенный Escherichia coli Снижает трансэпителиальное электрическое сопротивление поляризованных эпителиальных монослоев. Инфекция и иммунитет. 1993, 61: 2755-2762.
128. Girón, J.A., M.S. Донненберг, В. Мартин, К. Джарвис и Дж. Б. Капер. Распределение связкообразующего структурного гена пилуса (bfpA) среди энтеропатогенных Escherichia coli . Журнал инфекционных болезней, 1993, 168: 1037-1041.
129. Gotuzzo E, Butron B, Seas C, Penny M, Ruiz R, Losonsky G, Lanata CR, Wasserman SS, Salazar E, Kaper JB, Cryz S, Levine MM.Безопасность, иммуногенность и характер выведения однократной живой пероральной вакцины против холеры CVD 103-HgR у взрослых перуанцев с высоким и низким социально-экономическим уровнем. Инфекция и иммунитет, 1993, 61: 3994-3997.
130. Lagos R, Avendaño A, Horwitz I, Prado V, Ferreccio C, Sotomayor V, Losonsky G, Wasserman SS, Cryz S, Kaper JB, Levine MM. Переносимость и иммуногенность пероральной дозы CVD 103-HgR: двойное слепое исследование у взрослых чилийцев. Revista Médica de Chile, 1993, 121: 857-863.
131. Симанджунтак, К.Х., П. О’Хэнли, Н.Х. Пенджаби, Ф. Норьега, Г. Паццалья, П. Дикстра, Б. Кей, Сухарионо, А. Будиарсо, А.Р. Рифаи, С.С. Вассерман, Г. Лосонский, Дж. Капер, С. Криз, М. Левин. Безопасность, иммуногенность и трансмиссивность однократной дозы живой пероральной вакцины против холеры CVD 103-HgR у индонезийских детей в возрасте от 24 до 59 месяцев. Журнал инфекционных болезней. 1993, 168: 1169-1176.
132. Tacket, C.O., G. Losonsky, J.P. Nataro, S.J. Cryz, R. Edelman, A. Fasano, J. Michalski, J.B. Kaper, and M.М. Левин. Безопасность и иммуногенность живой оральной вакцины против холеры-кандидата CVD 110, a? CtxA,? Zot,? Ace, производное El Tor Ogawa Vibrio cholerae . Журнал инфекционных болезней. 1993, 168: 1536-1540.
133. Р. Лагос, А. Авенданьо, И. Хорвиц, В. Прадо, К. Ферреччо, В. Сотомайор, Г. Лосонский, С.С. Вассерман, С. Криз, Дж. Б. Капер и М. Левин. Переносимость и иммуногенность пероральной дозы CVD 103-HgR, живого аттенуированного штамма Vibrio cholerae 01: двойное слепое исследование на взрослых чилийцах.Rev. Med. Чили. 1993, 121: 856-863.
134. Скотт, Д.А. и J.B. Kaper. Клонирование и секвенирование генов, кодирующих цитолетальный расширяющийся токсин Escherichia coli . Инфекция и иммунитет. 1994, 62: 244-251.
135. Капер, Дж. Б., Дж. Михальски, Дж. М. Кетли и М. Левин. Возможность повторного приобретения генов холерного энтеротоксина ослабленным вакцинным штаммом Vibrio cholerae CVD 103-HgR. Инфекция и иммунитет. 1994, 62: 1480-1483.
136. Кумар, К.К., Р. Шривастава, В.Б. Синха, Дж. Б. Капер, Б.С. Шривастава. Влияние мутации recA на Vibrio cholerae Приверженность и колонизацию. Микробиология (Журнал общей микробиологии). 1994, 140: 1217-1222.
137. Girón, J.A., M.M. Левин и Дж.Б.Капер. Longus: длинная ультраструктура пилуса, продуцируемая энтеротоксигенным веществом человека Escherichia coli . Молекулярная микробиология. 1994, 12: 71-82.
138. Фарук, С.М., Л. Комсток, Дж. Б. Капер и М. Дж. Альберт. Распространенность гена токсина (zot) zonula occludens среди клинических изолятов Vibrio cholerae O1 из Бангладеш и Африки.J. Diarrheal Disease. Research., 1994, 12: 222-224.
139. Капер, J.B., J.G. Моррис-младший и М. Левин. Холера. Обзоры клинической микробиологии. 1995, 8: 48-86.
140. Комсток, Л.Э., Д. Маневаль, мл., П. Паниграхи, А. Джозеф, М. Левин, Дж.Б.Капер, Дж.Г. Моррис-младший и Дж. Джонсон. Капсула и антиген O в Vibrio cholerae O139 Bengal связаны с генетической областью, отсутствующей в Vibrio cholerae O1. Инфекция и иммунитет. 1995, 63: 317-323.
141. Лагос, Р., А. Авендано, В. Прадо, И. Хорвиц, С. Вассерман, Г. Лосонский, С. Криз-младший, Дж. Б. Капер и М. Левин. Аттенуированный штамм вакцины против холеры CVD 103-HgR вызывает значительно более высокие титры сывороточных вибриоцидных антител у лиц с группой крови О. Infection and Immunity 1995, 63: 707-709.
142. Gomez-Duarte, O.G. и J.B. Kaper. Кодируемая плазмидой регуляторная область активирует хромосомную экспрессию eaeA в энтеропатогенной Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1995, 63: 1767-1776.
143. МакДэниел, Т. К., К. Дж. Джарвис, М. С. Донненберг и Дж. Б. Капер. Генетический локус исчезновения энтеротцитов сохраняется среди различных энтеробактериальных патогенов. Труды Национальной академии наук США, 1995, 92: 1664-1668.
144. Nishibuchi, M. and J.B. Kaper. Термостабильный ген прямого гемолизина Vibrio parahaemolyticus : ген вирулентности, приобретенный морской бактерией. Инфекция и иммунитет, 1995, 63: 2093-2099.
145. Raimondi, F., J.P.Y. Као, Дж.Б. Капер, С. Гуандалини, А. Фазано. Кальцийзависимая секреция хлоридов кишечника, индуцированная термостабильным прямым гемолизином Vibrio parahaemolyticus в подвздошной кишке кролика. Гастроэнтерология, 1995, 109: 381-386.
146. А. Фазано, К. Фиорентини, Г. Донелли, Дж. Б. Капер, К. Маргареттен, X. Динг, С. Гуандалини, Л. Комсток, С. Э. Гольдблюм. Токсин Zonula occludens (ZOT) модулирует плотные контакты посредством протеинкиназы С-зависимой реорганизации актина in vitro. Журнал клинических исследований, 1995, 96: 710-720.
147. Джарвис, К. Г., Дж. А. Хирон, А. Э. Джерс, Т. К. МакДэниел, М. С. Донненберг и Дж. Б. Капер. Энтеропатогенный Escherichia coli содержит специализированную систему секреции, необходимую для экспорта белков, участвующих в прикреплении и удалении образования повреждений. Слушания Национальной академии наук США, 1995, 92: 7996-8000.
148. Gabastou, J.M., S. Kernéis, M.F. Берне-Камар, А. Барбат, М. Коконье, Дж. Б. Капер и А. Л. Сервин. Две стадии энтеропатогенной кишечной патогенности Escherichia coli регулируются вверх и вниз за счет дифференцировки эпителиальных клеток.Дифференциация, 1995, 59: 127-134.
149. Хирон Дж. А., Дж. Дж. Сюй, К. Р. Гонсалес, Д. Хоун, Дж. Б. Капер и М.М. Левин. Одновременная и конститутивная экспрессия факторов колонизации CFA / I и CS3 энтеротоксигенного Escherichia coli с помощью? AroC,? AroD, вакцинный штамм Salmonella typhi CVD 908. Vaccine, 1995, 13: 939-946.
150. Ципори, С., Ф. Гунцер, М.С. Донненберг, Л. ДеМонтиньи, Дж. Б. Капер и А. Доног-Рольф. Роль гена eaeA в диарее и неврологических осложнениях на модели энтерогеморрагической инфекции Escherichia coli у гнотобиотических поросят.Инфекция и иммунитет, 1995, 63: 3621-3627.
151. Tacket, C.O., G. Losonsky, J.P. Nataro, L. Comstock, J. Michalski, R. Edelman, J.B. Kaper и M.M. Левин. Первоначальные клинические исследования сердечно-сосудистых заболеваний 112 Vibrio cholerae O139 живая оральная вакцина: безопасность и эффективность против экспериментального заражения. Журнал инфекционных болезней, 1995, 172: 883-886.
152. Girón, J.A., G.I. Вибуд, В. Сперандио, А.Г. Гомес-Дуарте, Д. Маневаль, М.Дж. Альберт, М. Левин и Дж.Б.Капер. Распространенность и ассоциация структурного гена longus pilus (lngA) с антигенами факторов колонизации, типами энтеротоксинов и серотипами энтеротоксигенного Escherichia coli .Инфекция и иммунитет, 1995, 63: 4195-4198.
153. Сперандио, В., Дж. А. Хирон, В.Д. Сильвейра и Дж. Б. Капер. Белок внешней мембраны OmpU, потенциальный фактор присоединения Vibrio cholerae .Infection and Immunity, 1995, 63: 4433-4438.
154. Хирон, Дж. А., Ф. Кадри, Т. Азим, К. Дж. Джарвис, Дж. Б. Капер и М. Дж. Альберт. Моноклональные антитела, специфичные к образующим пучок ворсинкам Enteropathogenic Escherichia coli . Инфекция и иммунитет, 1995, 63: 4949-4952.
155. Смит, К.J., J.B. Kaper, D.R. Мак. Кишечный муцин подавляет адгезию энтеропатогенных бактерий Escherichia coli человека к клеткам Hep-2. Журнал детской гастроэнтерологии и питания, 1995, 21: 269-276.
156. Левин, М. и J.B. Kaper. Живая оральная вакцина против холеры: от принципа к продукту. Bull Inst Pasteur, 1995, 93: 243-353.
157. Sears, C.L. и J.B. Kaper. Кишечные бактериальные токсины: механизмы действия и связь с кишечной секрецией. Microbiological Reviews, 1996, 60: 167-215.
158. Комсток, J.E., J.A. Джонсон, Дж.М. Михальский, Дж. Моррис младший и Дж. Б. Капер. Клонирование и последовательность области, кодирующей поверхностный полисахарид Vibrio cholerae O139, и характеристика сайта вставки в хромосому Vibrio cholerae O1. Молекулярная микробиология, 1996, 19: 815-826.
159. Acheson, D.W.K., M.M. Левин, Дж.Б.Капер и Г. Кеуш. Защитный иммунитет к шига-подобному токсину-I после пероральной иммунизации субъединицей B шига-подобного токсина-I, продуцирующей V.cholerae CVD 103-HgR. Инфекция и иммунитет, 1996, 64: 355-357.
160. Альберт, М.Дж., С.М. Faruque, A.S.G. Фарук, К. Беттельхейм, П.К.Б. Неоги, Н.А. Бхуйян и Дж. Б. Капер. Контролируемое исследование инфекций Escherichia coli, вызывающих цитотоксических токсинов, у детей Бангладеш. Журнал клинической микробиологии, 1996, 34: 717-719.
161. Сильва, Т.М.Дж., М.А.Шлеупнер, К.О. Тэкет, Т. Штайнер, Дж. Б. Капер, Р. Эдельман, Р. Л. Геррант. Новые данные о воспалительном компоненте диареи, вызванной отобранными новыми живыми аттенуированными вакцинами против холеры и вакцинами El Tor и 0139 Vibrio cholerae .Инфекция и иммунитет, 1996, 64: 2362-2364.
162. Джарвис, К.Г. и J.B. Kaper. Секреция внеклеточных белков энтерогеморрагической Escherichia coli через систему секреции предполагаемого типа III. Инфекция и иммунитет, 1996, 64: 4826-4829.
163. Сперандио, В., К. Бейли, Дж. А. Хирон, В.Д. Силвейра, А.Л. Ветторе, Дж. Б. Капер. Клонирование и характеристика гена, кодирующего белок внешней мембраны OmpU Vibrio cholerae . Инфекция и иммунитет, 1996, 64: 5406-5409.
164. Сэнгер, Дж. М., Р. Чанг, Ф. Эштон, Дж. Б. Капер и Дж. У. Сэнгер. Новая форма подвижности на основе актина переносит бактерии на поверхность инфицированных клеток. Подвижность клеток и цитоскелет. 1996, 34: 279-287.
165. Капер, Дж. Б., Т. К. Макдэниел и К. Дж. Джарвис. Молекулярная генетика энтеропатогенной Escherichia coli . Rev. Microbiol. Сан-Паулу, 1996, 27 (Дополнение 1): 82-88.
166. Капер, Дж. Б. Определение EPEC. Rev. Microbiol. Сан-Паулу, 1996, 27 (Дополнение 1): 130-133.
167. Rabinowitz, R.R., L-C. Лай, К. Джарвис, Т. К. Макдэниел, Дж. Б. Капер, К. Д. Стоун, М. С. Донненберг. Присоединение и удаление клеток-хозяев энтеропатогенной Escherichia coli в отсутствие детектируемой передачи сигнала, опосредованной тирозинкиназой. Микробный патогенез, 1996, 21: 157-171.
168. Girón, J.A., O.G. Гомес-Дуарте, К. Дж. Джарвис и Дж. Б. Капер. Длинный пилус энтеротоксигенного Escherichia coli и его родство с другими пилями типа 4 – мини-обзор.Джин, 1997, 192: 39-43.
169. McDaniel, T.K. и J.B. Kaper. Клонированный остров патогенности из энтеропатогенной Escherichia coli придает фенотип прикрепления и удаления E. coli K-12. Молекулярная микробиология, 1997, 23: 399-407.
170. Франко, А.А., Л.М. Манди, М. Труксис, С. Ву, Дж. Б. Капер и К. Л. Сирс. Клонирование и характеристика гена токсина металлопротеиназы Bacteroides fragilis. Инфекция и иммунитет. 1997. 65: 1007-1013.
171. Хедберг, К.W., S.J. Саварино, Дж.М. Бессер-Вик, К.Дж. Паулюс, В. Телен, Л.Дж. Майерс, Д.Н.Кэмерон, Т.Дж. Барретт, Дж. Б. Капер, М. Остерхольм и следственная группа. Вспышка болезни пищевого происхождения, вызванная Escherichia coli O39: NM: Диареагенная E. coli , которая не вписывается в существующую схему классификации диареи E. coli . Журнал инфекционных болезней. 1997, 176: 1625-1628.
172. Донненберг, М.С., Дж. Б. Капер, Б. Б. Финли. Энтеропатогенные взаимодействия Escherichia coli с клетками-хозяевами.Тенденции микробиологии. 1997, 6: 109-114.
173. Tacket, C.O., K.L. Котлофф, Г. Лосонский, Дж. П. Натаро, Дж. Михальский, Дж. Б. Капер, Р. Эдельман, М. Левин. Исследования на добровольцах, посвященные изучению безопасности и эффективности живой оральной вакцины El Tor Vibrio cholerae O1, штамм CVD 111. Американский журнал тропической медицины и гигиены. 1997. 56: 533-537.
174. Фиоре, А.Е., М. М. Михальски, Р. Г. Рассел, К. Л. Сирс и Дж. Б. Капер. Клонирование, характеристика и хромосомное картирование фосфолипазы (лецитиназы), продуцируемой Vibrio cholerae .Инфекция и иммунитет. 1997, 65: 3112-3117.
175. Лосонский Г. А., Й. Лим, П. Мотамеди, Л. Э. Комсток, Дж. А. Джонсон, Дж. Г. Моррис, младший, К. О. Тэкет, Дж. Б. Капер и М. М. Левин. Ответы вибриоцидных антител у добровольцев из Северной Америки, подвергшихся воздействию вакцины дикого типа или вакцины Vibrio cholerae O139: специфичность и отношение к иммунитету. Клинико-диагностическая лаборатория иммунологии. 1997, 4: 264-269.
176. Эллиот, С. Дж. И Дж. Б. Капер. Роль фимбрий типа 1 в инфекциях EPEC.Микробный патогенез, 1997, 23: 113-118.
177. Тейлор, Д.Н., Тэкет, С.О., Лосонский, Г., Кастро, О., Меза, Р., Натаро, Дж. П., Капер, Дж. Б., Вассерман, С.С., Эдельман, Р., Левин, М., Криз, С.Дж. Оценка бивалентной (CVD 103-HgR / CVD 111) живой пероральной вакцины против холеры у взрослых в США и Перу. Инфекция и иммунитет 1997, 65: 3852-3856.
178. Вилер, Л. Х., Т. К. МакДэниел, Т. С. Уиттам, Дж. Б. Капер. Место встраивания локуса сглаживания энтероцитов у энтеропатогенных и энтерогеморрагических E.coli отличается в отношении клональной филогении штаммов. Письма о микробиологии FEMS 1997, 156: 49-53.
179. Trucksis, M., T. L. Conn, A. Fasano, and J. B. Kaper. Производство Vibrio cholerae Дополнительный холерный энтеротоксин (АПФ) в дрожжах Pschia pastoris. Инфекция и иммунитет. 1997, 65: 4984-4988.
180. Натаро, Дж. П. и Дж. Б. Капер. Диареи Escherichia coli . Обзоры клинической микробиологии 1998, 11: 142-201.
181. Капер, Дж. Б. Энтерогеморрагический Escherichia coli .Current Opinion in Microbiology 1998, 1: 103-108.
182. Тэкет, К. О., Р. К. Тейлор, Г. Лосонски, Ю. Лим, Дж. П. Натаро, Дж. Б. Капер и М. М. Левин. Изучение роли токсин-корегулируемых пилей и маннозо-чувствительных пилей гемагглютинина в патогенезе инфекции Vibrio cholerae O139. Инфекция и иммунитет 1998, 66: 692-695.
183. Караолис, Д. К. Р., Дж. А. Джонсон, К. К. Бейли, Э. С. Бодекер, Дж. Б. Капер, П. Р. Ривз. Vibrio cholerae остров патогенности (VPI), связанный с эпидемическими и пандемическими штаммами.Труды Национальной академии наук США. 1998, 95: 3134-3139.
184. Уэйнрайт, Л. А. и Дж. Б. Капер. EspB и EspD требуют определенного шаперона для правильной секреции энтеропатогенной кишечной палочки. Молекулярная микробиология, 1998, 27: 1247-1260.
185. Кроуфорд, Дж. А., Дж. Б. Капер и В. Дж. ДиРита. Анализ ToxR-зависимой активации транскрипции ompU, гена, кодирующего основной белок оболочки в Vibrio cholerae . Молекулярная микробиология, 1998, 29: 235-246.
186. Эллиот, С.Дж., Л.А. Уэйнрайт, Т.К. Макдэниел, К.Г. Джарвис, Ю.Денг, Л.К. Лай, Б.П. Макнамара, М.С. Донненберг и Дж. Б. Капер. Полная последовательность локуса исчезновения энтероцитов (LEE) из энтеропатогенной E. coli E2348 / 69. Молекулярная микробиология, 1998, 28: 1-4.
187. Капер, Дж. Б. EPEC доставляет товар. Тенденции в микробиологии 1998 6: 169-172.
188. Хикс, С., Г. Франкель, Дж. Б. Капер, Г. Дуган и А. Д. Филлипс. Роль интимина и пучкообразующих пилей в энтеропатогенной адгезии Escherichia coli к кишечнику детей in vitro.Инфекция и иммунитет 1998 66: 1570-1578.
189. Сперандио В., Дж. Б. Капер, М. Р. Бортолини, Б. К. Невес, Р. Келлер и Л. Р. Трабулси. Характеристика локуса поражения энтероцитов (LEE) у различных энтеропатогенных серотипов Escherichia coli (EPEC) и E. coli (STEC), продуцирующих токсин Shiga. Письма FEMS Microbiology 1998 164: 133-139.
190. McGrath, D., D. W. K. Acheson, J. B. Kaper, and G. T. Keusch. Защитный иммунитет к токсину шига (Stx1) 1 после пероральной иммунизации B-субъединицей Stx 1, продуцирующей V.cholerae CVD 111. Отправлено.
191. Перна, Н. Т., Г. Ф. Мэйхью, Г. Посфаи, С. Эллиот, М. С. Донненберг, Дж. Б. Капер и Ф. Р. Блаттнер. Молекулярная эволюция острова патогенности от энтерогеморрагической Escherichia coli O157: H7. Инфекция и иммунитет. 1998 66: 3810-3817.
192. Невес, Б. К., С. Кнуттон, Л. Р. Трабулси, В. Сперандио, Дж. Б. Капер, Г. Дуган и Г. Франкель. Молекулярная и ультраструктурная характеристика EspA из различных энтеропатогенных серотипов Escherichia coli .Письма о микробиологии FEMS. 1998, 169: 73-80.
193. Вилер, Л. Х., А. Шваниц, Э. Вилер, Б. Буссе, Х. Штайнрюк, Я. Б. Капер и Г. Бальер. Вирулентность штаммов штаммов Escherichia coli (STEC) серогруппы O118, основной группы патогенов STEC у телят, продуцирующих токсин Shiga . Журнал клинической микробиологии, 1998 г., 36: 1604-1607.
194. Коллингтон, Г. К., И. В. Бут, М. С. Донненберг, Дж. Б. Капер и С. Кнуттон. Энтеропатогенные Escherichia coli гены вирулентности, кодирующие секретируемые сигнальные белки, необходимы для модуляции транспорта электролитов клеток Caco-2.Инфекция и иммунитет. 1998, 66: 6049-6053.
195. Франкель, Г., А. Д. Филлипс, И. Розеншайн, Г. Дуган, Дж. Б. Капер и С. Кнуттон. Энтеропатогенные и энтерогеморрагические Escherichia coli : более подрывные элементы. Молекулярная микробиология. 1998, 30: 911-921.
196. Trucksis, M., J. Michalski, Y. Kang-Deng, and J. B. Kaper. Геном Vibrio cholerae содержит две уникальные кольцевые хромосомы. Труды Национальной академии наук США. 1998, 95: 14464-14469.
197. Караолис, Д. К. Р., С. Сомара, Д. Р. Маневаль, мл., Дж. А. Джонсон и Дж. Б. Капер. Бактериофаг, кодирующий остров патогенности, пилус IV типа и рецептор фага в эпидемическом вирусе Vibrio cholerae . Природа. 1999, 399: 375-379.
198. Меллис, Дж., С. Дж. Эллиотт, В. Сперандио, М. С. Донненберг и Дж. Б. Капер. Per регулон энтеропатогенной Escherichia coli : идентификация регуляторного каскада и нового активатора транскрипции, локуса сглаживания энтероцитов (LEE) – кодируемого регулятора (Ler).Молекулярная микробиология. 1999, 33: 296-306.

индийских судов могут только отменить или поддержать арбитражное решение

пятница, 10 сентября 2021 г.

Судебная коллегия Верховного суда Индии по делу Проект Директор, Национальное управление автомобильных дорог Индии против М. Хакима и Анр., ¹ , в состав которого входит судья Р.Ф. Нариман и Джастис Б. Gavai, вынес решение в пользу минимального судебного вмешательства, а постановил, что суды не могут изменять, пересматривать или изменять арбитражное решение в соответствии с разделом 34 Закона об арбитраже, то есть процедурами отмены арбитражного решения.